Кроме трат на одежду, еду, жилье (мы помним, что командный состав был обязан или строить свои дома, или нанимать квартиры за собственные деньги) военное законодательство XVIII века опутывало офицеров еще и довольно густой сетью вычетов на разные нужды. Уходящим корнями в практику XVII века был в первом периоде Северной войны вычет у русских офицеров «за каждый двор, которым они владели в принадлежащих им поместьях». Нетрудно увидеть в этом рудимент старой, поместной системы оплаты «труда» боевых слуг государства. Вычет этот был неравномерным и увеличивался соответственно старшинству чинов. Прапорщик, к примеру, отдавал с каждого двора по 30 копеек, а капитан — 45. Позднее установили равный для всех вычет — 20 копеек за каждый двор. Часто в казну уходили такие суммы, что офицер из богатых помещиков служил совсем без жалованья. Но, повторяем, вычет за дворы существовал недолго.
К числу постоянных отнесем вычет на медикаменты, введенный в практику в первые годы Северной войны и существовавший все столетие. В инструкции под названием «Что надлежит к лекарствам немощным и к плате лекарств» (1706 год) говорилось о необходимости отчислять из годового жалованья каждого полковника 12 рублей, подполковника — 6, майора — 4, капитана — 3, поручика — 2 и прапорщика — 1,5 рубля в год. А в 1731 году решили брать на медикаменты по 1,5 копейки с каждого рубля офицерского жалованья.
Другой вычет из офицерского оклада был вызван необходимостью бороться со злом Северной войны да и позднейшего времени — солдатскими побегами. Уже в первые годы века, чтобы побудить командиров к более тщательному присмотру за нижними чинами, за каждого дезертира с его непосредственного начальника взимается штраф. С полковника брали 1,5 рубля, у подполковника и майора высчитывали 0,5 рубля, у капитанов за каждого беглого — как у командиров рот — забирали 1,5 рубля, с сержантов брали 10 копеек, а у солдат того капральства, в котором служил дезертир, удерживали по 1 копейке с каждого человека. Таким образом за беглого отвечали денежным штрафом не только его командиры, но и «братья» рядовые — круговая порука. Однако в том случае, если пойманный дезертир объяснял на допросе свой поступок тем, что «бежал от налог офицерских или от принуждения к собственным их работам и от другой какой несносной нужды», то офицер, послуживший причиной к побегу, мог быть предан суду. В качестве меры, способной предупредить произвол офицера, существовал указ, запрещавший под страхом штрафа в 10 рублей использовать подчиненных в работах для собственных нужд.
Часто командиры были совершенно неповинны в дезертирстве солдат, но тяжкая служба, постоянная угроза смерти гнали бывших крестьян как можно дальше от полков. «Худели» воинские части, «худели» и офицерские кошельки, и малопоместные, особенно же беспоместные, офицеры, жившие только на жалованье, буквально бедствовали, разоряемые штрафами за побеги подчиненных. В 1712 году генерал Аникита Иванович Репнин доносил царю о том, что «штабе-, и обер-, и ундер-офицеры, и солдаты, и протчие чины просят милосердия о вычетных денгах за беглых, чтоб ради нынешней трудной службы и дорогова провианту не вычитать». Никакого ответа Репнин тогда не получил, но штраф за беглых, как нам известно, взимался до 1731 года, пока его не упразднила Инструкция генеральному кригскомиссариату, предписавшая штрафовать лишь тех офицеров, кто был лично повинен в дезертирстве солдат. И отмена этого штрафа стала возможной лишь потому, что по окончании Северной войны с постепенным упорядочением всей системы довольствия армии, более гуманным отношением командиров к подчиненным количество дезертиров значительно уменьшилось.
В 1716 году издается указ за подписью царя, повелевавший высчитывать у каждого повышенного в чине офицера его новое месячное жалованье. Авторы указа, надо полагать, считали, что произведенные офицеры должны отблагодарить казну за повышение таким вот образом. Была найдена и статья расхода для изымавшихся при производстве офицеров денег — они шли на содержание «шпиталей», то есть госпиталей. В 1725 году Военной коллегией была сделана попытка отменить положение об отчислении месячного жалованья на госпиталь, однако окончательная ликвидация петровского указа произошла лишь в 1762 году, когда «благодарная» Екатерина освободила офицеров от необходимости платить в казну столь значительные по размеру пени. Но вычеты за изготовление патента — документа, удостоверяющего присвоение офицеру нового звания, — остались. Печатался патент на пергаменте, и майор, например, платил за него 1 рубль, потом оплачивал типографские работы — 27 копеек и пошлину — 1 рубль 6 копеек.