«Чапаев» отличался от многих картин, посвященных Гражданской войне, редким для советского кинематографа уважительным отражением противоположной стороны. Белые Васильевых — это не ограниченные самодуры, желающие повесить и расстрелять побольше рабочих и красноармейцев и спотыкающиеся в первом равном бою. Илларион Певцов создал образ жестокого, но тонкого и глубоко переживающего драму войны «старорежимного» офицера, для которого победа революции и большевиков означает крах не только карьеры, но и устоев его жизни. Чапаеву и его соратникам приходится сталкиваться на поле боя не только с мобилизованными крестьянами, легко переходящими на сторону, к которой «клонится счастье боевое». Им приходится сражаться и с убежденными противниками, готовыми, как и чапаевцы, умереть на поле боя во имя своей идеи. Сам Чапаев в фильме отмечает доблесть и боевые достоинства каппелевцев. Такое отношение к противнику через пять лет отразит Константин Симонов в своих халхин-гольских стихах «Да, враг был храбр, тем больше наша слава». Но в середине 1930-х годов, после того как вождь сказал, что «врага надо не изучать, а бить», такое отношение многим казалось по меньшей мере рискованным.
Опасаясь, что партийные кураторы потребуют изменить «мрачные» и «пораженческие» эпизоды, Васильевы сняли три варианта финала картины. Кроме классического, где Чапаев тонет в Урале, они предложили сцену парадного марша чапаевцев по освобожденному Лбищенску, в которой Чапаев говорит раненым Петьке и Анке: «Счастливые, говорю, вы с Петькой. Молодые. Вся жизнь впереди» (заметим: это говорит человек, которому в 1919 году исполнилось 32 года). Третий вариант снимался в яблоневом саду на родине Сталина в Гори: Петька по сюжету командует дивизией Красной армии, а Анка играет с детьми под закадровый голос Чапаева: «Вот поженитесь, работать вместе будете. Война кончится, великолепная будет жизнь. Знаешь, какая жизнь? Помирать не надо!» Но в итоге было решено, что трагическая гибель — это яркая точка, которая не терпит продолжений. «Красивые» варианты киновоскрешения Чапаева остались в истории кинематографа. Альтернативная версия концовки легендарного фильма оказалась востребованной в начале Великой Отечественной войны. В ней Чапаеву удается уйти от преследования белых и их пуль. Герой переплывает Урал и обращается к красноармейцам и командирам с призывом смело сражаться с нацистами и отправляется на фронт.
Во время первого просмотра «Чапаева» с участием высокопоставленных партийных и государственных работников в конце лета 1934 года тогдашний руководитель советского кино Борис Шумяцкий вышел из зала, не пожав режиссерам руки и не сказав им ни слова. Вероятно, он опасался, что фильм вслед за пьесой «Дни Турбиных» обвинят в реабилитации и даже восхвалении белогвардейцев и примут соответствующие оргвыводы. Есть легенда, что «Чапаева» спасла реакция членов ЦК красных конников, председателя Реввоенсовета Климента Ворошилова и командарма Семена Буденного, которые отреагировали на сцену психической атаки словами: «Красиво идут, черти!» Решающим был день 4 ноября 1934 года, когда «Чапаева» показали Сталину, Вячеславу Молотову, Ворошилову и председателю Центрального исполнительного комитета Авелю Енукидзе. «Я волновался отчаянно за оценку всей картины в целом. Мне хотелось пригласить на этот просмотр режиссеров, но, не видя активно положительного отношения к картине, я не рисковал сразу ставить этот вопрос. <…> Начиная с первой сцены “А как думает комиссар”, стала складываться положительная оценка. <…> Когда лента заканчивалась, И. В. поднялся и, обращаясь ко мне, заявил: “Вас можно поздравить с удачей. Здорово, умно и тактично сделано. Хорош и Чапаев, и Фурманов, и Петька. Фильм будет иметь большое воспитательное значение. Он — хороший подарок к празднику”. При представлении И. В. и другие хвалили работу как блестящую, правдивую и талантливую. <…> С. Васильев на это ответил благодарностью, заявив, что они, делая ленту, сильно волновались… Теперь рады, что их усилия не прошли даром», — писал после высочайшего просмотра Шумяцкий. Несмотря на высокую оценку фильма, правка «Чапаева» первыми лицами государства продолжалась и после его выхода на экран. 20 декабря 1934 года во время шестнадцатого (!) просмотра ленты Сталин и Ворошилов попросили вырезать часть реплики главного героя, где тот говорит, что если подучится, то сможет командовать в «мировом масштабе», и ограничить его притязания фронтом. Слаженная и вдохновенная работа режиссеров и актеров помогла создать яркое произведение искусства, признанный шедевр, который вслед за «Броненосцем Потемкиным» стал одной из визитных карточек советского кино.