21 января оставшиеся на свободе делегаты земского собрания ударили в набат. По сигналу на соборной площади собралась большая толпа. Ораторы призывали свергнуть узурпаторов-большевиков и восстановить законность. Возмущенные произволом новой власти горожане осмелели и готовились штурмовать Совет. «В этот момент на площади появился Чапаев с автомобилем, вооруженным пулеметами. Без всякого предупреждения он немедленно открыл огонь из пулеметов по куполу каменного собора. Этого было достаточно, чтобы защитники Керенского и Учредительного собрания разбежались…» — писал впоследствии Иван Кутяков.
Это был первый опыт подавления антибольшевистских сил. Пока Чапаев только арестовал противников советской власти и стрелял поверх голов. Но вскоре ситуация изменилась. 24 января 1918 года уездный Совет назначил его комиссаром по военным делам.
Первое антибольшевистское выступление в Николаевском уезде вспыхнуло в январе 1918 года на границе земель Уральского казачьего войска, в 120 километрах от Николаевска, в крупном селе Большая Глушица. Повстанцы под командованием офицеров и местной интеллигенции, сочувствовавшей эсерам, арестовали членов местного Совета, убили многих активистов. Вслед за этим отказались подчиняться советской власти. По поручению Ермощенко военком уезда Василий Чапаев направился туда с отрядом в 400 бойцов. Через двое суток на рассвете отряд атаковал Большую Глушицу с четырех сторон и после небольшой перестрелки занял село.
Чапаев не только восстановил советскую власть, но и основал во всех селах и деревнях по пути следования красногвардейские отряды и выдавал им оружие, отобранное у фронтовиков, выступивших против большевиков. Через десять дней после событий в Большой Глушице против большевиков выступили жители сел Березово и Сулак. Чапаев и его предшественник на посту военкома Бочкарев направились во главе отрядов туда.
В начале февраля против большевиков восстали жители Балакова, где жили родители Чапаева и его младший брат Григорий, бывший военкомом города. Днем 9 февраля на базарной площади собрались противники новой власти. Григорий Чапаев явился на площадь с группой красногвардейцев, и во время выступления перед манифестантами книготорговцы братья Николай и Иван Мушонковы стащили его с трибуны, один из них выстрелил в него в упор. Отец пытался спасти раненого сына, но ожесточившиеся противники большевиков закололи комиссара штыками. Как утверждает Евгения Чапаева, восставшие подняли умиравшего комиссара на штыки со словами: «Собаке — собачья смерть!»
10 февраля известие о восстании пришло в Николаевск. Для подавления беспорядков Совет народных комиссаров Николаевского уезда направил в Балаково отряд Красной гвардии во главе с Чапаевым. Однако сразу выполнить эту задачу ему не удалось: в ночь на 10 февраля в Березове повстанцы разгромили красногвардейский отряд Ильи Топоркова, направленный в село также для подавления восстания. Сам Топорков был взят в плен. Уточнив обстановку, Чапаев стремительно двинулся на Березово, и в ночь на 11 февраля отряд вышел к селу. На рассвете красногвардейцы внезапно атаковали Березово. Израненный и избитый командир Топорков был освобожден и погиб уже летом 1918 года под Уральском.
На следующий день Чапаев направился в Балаково. По дороге он объединил свои силы с отрядом Рязанцева, также отправленного в этот город для восстановления советской власти. 13 февраля объединенный отряд начал наступление с двух сторон — с восточной и южной окраин. С первыми орудийными выстрелами в городе началось вооруженное восстание местных рабочих. Но повстанцы не выдержали атаки, которая велась по всем правилам военного искусства, и отступили из города. Победа далась Чапаеву тяжелой ценой: после подавления мятежа ему пришлось хоронить младшего брата Григория.
Гибель брата ожесточила Василия Чапаева, он стал еще более непримирим по отношению к противнику по другую линию фронта, будь то чехи, самарские народоармейцы, уральские казаки или солдаты и офицеры адмирала Колчака. Борьба с любыми антибольшевистскими силами вне зависимости от их национальной и сословной принадлежности получила для нашего героя оттенок личной мести. И это ожесточение не могло не быть взаимным. Весь 1918 год чапаевцы и казаки не брали пленных. Оказавшегося в руках врага ждала смерть.