Но до жаркого и кровавого лета 1918-го было еще несколько месяцев, для тех мятежных времен — целая вечность. В конце февраля 1918 года антисоветское восстание вспыхнуло в селе Липовка и вскоре охватило всю Липовскую волость. Восставшие, которых назвали кулаками и контрреволюционерами, убили нескольких председателей советов и ревкомов, сами советы были распущены или переизбраны. 1 марта Совнарком Николаевского уезда издал приказ, объявивший район Липовки на военном положении. Вся власть в мятежной волости передавалась в руки военного комиссара Чапаева. Он получил полномочия арестовывать всех, кто отказывается подчиняться его требованиям, и передавать их уездным властям, а участников восстания — расстреливать на месте. Для подавления мятежа была мобилизована Красная гвардия Липовской волости. Литовское восстание было достаточно крупным, для его подавления и восстановления советской власти потребовалось десять дней и мобилизация всех вооруженных сил уезда.
Подавление крестьянских и городских волнений было прелюдией к длительной и жестокой гражданской войне в Поволжье и Приуралье, продолжавшейся вплоть до весны 1922 года, когда Красная армия и войска внутренней службы разгромили последнюю серьезную антибольшевистскую силу — повстанческую «Армию Правды» Василия Серова.
Чапаев готовил вооруженную силу для будущих боев. Со второй половины марта он занимался формированием 1-го Николаевского полка, используя вооружение, обмундирование и другое имущество расформированного 138-го запасного полка. Сам Чапаев утверждал впоследствии, что полк формировался из добровольцев на основании январского декрета Совнаркома РСФСР. Желающие вступить в полк, по его словам, приезжали в Николаевск сами, на собственных лошадях, готовые жертвовать жизнью и имуществом ради победы советской власти. Однако уездный военком приукрашивал действительность. В отличие от Красной гвардии, своего рода усиленной милиции, действовавшей в родных местах, служба в Красной армии предполагала, что ее боец может оказаться далеко от дома. Добровольцев, желавших воевать вне пределов своей волости или уезда, особенно среди недавно вернувшихся с фронта и из запасных полков солдат, было немного: все хотели забыть о войне и заняться личным хозяйством или перераспределением имущества. Уже 9 апреля 1918 года уездный Совнарком «ввиду нападения казаков» отдал распоряжение о мобилизации 470 человек в селе Сулак и городах Балаково и Баронск. Мобилизованные красноармейцы получали паек и жалованье. Обеспечивать семьи мобилизованных и помогать им в сельскохозяйственных работах должны были местные власти.
Более масштабная мобилизация понадобилась очень скоро из-за нараставшего конфликта между советской властью и Уральским казачьим войском. Уральское войско выделялось из других казачьих объединений своей демократичностью. Его атаманам и старшинам не удалось добиться привилегий, которыми пользовалась верхушка в других казачьих войсках. Основным источником существования казаков было не возделывание земли, а рыбная ловля. Кроме того, Уральское войско было самым бунтарским. За 200 лет, в 1670–1874 годах, на его территории произошло десять крупных восстаний, не считая мелких волнений. Местные казаки были активными участниками и ударной силой восстаний Степана Разина и Емельяна Пугачева. После подавления Пугачевского восстания войско за «бунташность» переименовали из Яицкого в Уральское. Кроме того, уральским казакам запретили нанимать иногородних и иметь собственную артиллерию.
Сопротивлявшиеся царскому самодержавию казаки не приняли и новую власть с ее стремлением к всеобщему имущественному и сословному равенству. До конца февраля на территории области сохранялось двоевластие: не признавшие большевистского переворота Войсковой съезд и Уральский совет действовали независимо друг от друга. В конце октября 1917 года съезд провозгласил автономию — вплоть до решения политических вопросов Учредительным собранием. 14 февраля 1918 года в Уральск прибыла делегация из Саратова во главе с Михаилом Усановым, которая потребовала объявить в области советскую власть. Войсковой съезд не мог выполнить эти условия из-за неизбежного бунта, но, не имея достаточных сил для противодействия Красной гвардии соседних губерний и областей, уральцы вели переговоры с большевиками, стремясь оттянуть военный конфликт. В начале марта 1918 года Войсковой съезд получил от председателя военно-революционного комитета в Оренбурге комиссара Самуила Цвиллинга ультиматум: в два дня признать советскую власть, разоружить и распустить казачьи полки. В случае невыполнения условий Цвиллинг грозил начать боевые действия: «Будут двинуты силы из Оренбурга и Саратова, и тогда ни один юнкер и офицер не останется в живых. Казакам предлагаем немедленно сдаться».