Вскоре произошло еще одно событие, которое отразилось на отношении Чапаева к Гражданской войне и противнику. В бывшем имении помещика Зейферта казаки и восставшие крестьяне перебили членов сельскохозяйственной коммуны. Затем уральцы совершили налет на село Семеновка, в результате которого были убиты десятки советских работников, активистов, красноармейцев, совершены насилия над семьями, убивали даже детей. Трудно понять, на что рассчитывали те, кто расстреливал и пытал мирных жителей, насиловал женщин и мучил детей. Возможно, они надеялись запугать противника. Однако жестокая расправа вызвала обратный эффект. Красные бойцы и командиры ждали встречи с врагом не только ради победы, но и чтобы расквитаться за обиды и унижения своих родных и близких. В отрядах Чапаева находилось 150 человек из Семеновки и окрестных деревень. Красноармейцы и командиры намеревались защитить своих родных и просили разрешения у командира. Чапаев был в затруднительном положении из-за продолжавшегося отхода, но отказывать бойцам не стал. На помощь жителям Семеновки он отправил отряд во главе с Семеном Потехиным. Вскоре наш герой получил донесение: «В 8 часов 18 мая занял село Семеновку и освободил из заключения 500 человек… Жду дальнейших распоряжений». Хоронили жителей села 19 мая. На похоронах присутствовал и Василий Иванович, приехавший со станции Алтата. У братской могилы в скорбном молчании стояли тысячи односельчан. Голос Чапаева срывался, в глазах стояли слезы, когда он призывал к беспощадной борьбе с мироедами и всемерной помощи Красной армии. Над свежими могилами Чапаев и его бойцы поклялись драться с противником до последней капли крови. Под прощальные залпы похоронили погибших. Немало местных жителей вступило в Красную армию, чтобы защитить своих близких и отомстить за убитых и замученных.
Эмоциональную встряску сменили военные будни. 25 мая на совещании командиров отрядов в селе Любитское Чапаев предложил реорганизовать отряды в батальоны и полки регулярной армии. Николаевские отряды были переформированы в одноименные полки, 2-й Николаевский полк возглавил Чапаев. Переформирование полупартизанских отрядов в регулярные воинские части назрело. В Поволжье и других районах Советской России разгоралась Гражданская война. 17 мая вспыхнули волнения чешских солдат в Челябинске, вызванные арестом группы военнослужащих, устроивших самосуд над человеком, который, по их версии, ударил кочергой их сослуживца.
Попытки советской власти изъять оружие из эшелонов Чехословацкого корпуса вызвали мятежи во многих городах, через которые проходили поезда на восток. 18 мая чехи под командованием поступившего на службу в корпус русского подполковника Сергея Войцеховского заняли Челябинск. 25 мая легионеры под командованием капитана Эмиля Кадлеца заняли сибирский город Мариинск. В ночь на 26 мая в Новониколаевске (ныне — Новосибирск) чехи под командованием Радолы Гайды атаковали советский гарнизон. После этого нарком по военным делам Лев Троцкий отдал приказ о полном изъятии оружия у частей корпуса по всему пути их следования. 28 мая попытка разоружения крупной группы эшелонов под руководством Станислава Чечека в Пензе обернулась разгромом местных красногвардейцев и кратковременным свержением советской власти. После этого чехословацкие эшелоны двинулись дальше на восток — через Ртищево к Сызрани. Попытка красногвардейцев остановить чехов не удалась. Восстания чешских солдат нередко вспыхивали вскоре после выступлений местных антибольшевистских сил. Главной целью чехов был Владивосток, порт, откуда они должны были отправиться на Западный фронт. Однако чешские полки и батальоны не раз меняли направление, чтобы соединить разрозненные группы и эшелоны в единое целое. 8 июня 1918 года в результате совместного выступления офицерских дружин и чехов была свергнута советская власть в Самаре, где вскоре был образован Комитет членов Учредительного собрания (Комуч), с войсками которого Чапаеву не раз пришлось столкнуться на полях сражений летом и осенью 1918 года.
Гражданская война, в которой нашему герою предстояло сыграть выдающуюся роль, разгоралась.
Красная против Народной
Серия антибольшевистских восстаний в Поволжье и на Урале обострила ситуацию в обширном регионе, важном в промышленном и сельскохозяйственном отношении. Для советской власти было крайне важно вернуть (или удержать) богатые зерном аграрные районы и промышленные губернии Урала, где находились важнейшие военные предприятия страны. Важнейшей целью операций обеих сторон была также Волга, ключевая транспортная артерия, соединявшая центральные районы страны с Астраханью и через нее с находившимся еще под контролем Советов Северным Кавказом.