Советское руководство стремилось укрепить войска, действовавшие на востоке России. 13 июня 1918 года председатель Совнаркома Владимир Ленин и нарком по военным делам Лев Троцкий подписали декрет о создании Революционного военного совета, который должен был управлять войсками на Урале и в Поволжье. Командующим Восточным фронтом был назначен левый эсер Михаил Муравьев, членами Реввоенсовета стали нарком путей сообщения Петр Кобозев и комиссар Георгий Благонравов. 20 июня из войск саратовско-уральского направления была сформирована Особая армия, командующим которой назначили бывшего офицера Александра Ржевского. В ее состав вошла и Армия Саратовского совета. Ржевский начал спешную реорганизацию вверенных ему войск из партизанских отрядов в регулярные части. Николаевские полки включили в бригаду Николаевских полков, насчитывавшую более трех тысяч штыков и сабель, 65 пулеметов, восемь орудий и бронемашину. Ее командиром назначили Василия Чапаева. Комбриг регулярно требовал укомплектовать свои части не только людьми, но и современной техникой: бронемашинами, автомобилями, аэропланом и мотоциклом. Стремление получить автомобиль или мотоцикл с коляской было продиктовано не соображениями престижа, а состоянием здоровья: как уже отмечалось, после ранений Чапаеву было трудно ездить верхом, а передвигаться в экипаже по территории, где регулярно появлялись казачьи разъезды, было небезопасно. «Стальной конь» требовался энергичному комдиву для быстрых перемещений вдоль фронта и поездок в штаб армии. Сначала Чапаеву выделили «паккард», но тот оказался слишком тяжелым для проселочных дорог, поэтому впоследствии его заменили на «форд». Рассказы соратников о несущемся в атаку «на лихом коне» начдиве и соответствующие кадры кинофильма — колоритный вымысел рассказчиков и следовавших за ними режиссеров.
Особая армия оказалась в сложном положении: ее командование, выполняя указания Москвы, готовило наступление на Уральск, одновременно красноармейцы помогали железнодорожникам восстанавливать разрушенные казаками пути. Группировка для нового наступления формировалась, хотя штаб Саратовской армии не имел достоверных сведений об обстановке в Самаре, а также в Сызрани, оставленной чехами, но вскоре занятой добровольческим отрядом подполковника Владимира Каппеля.
Реввоенсовет Восточного фронта 20 июня приказал срочно наступать на Самару и Бузулук совместно с оренбургской группой. И одновременно — «надавливать на Уральск», удерживая занимаемую территорию и восстанавливая железную дорогу. 21 июня бригада Николаевских полков получила распоряжение вернуть важную станцию Семиглавый Мар.
Советская власть формировала новые войсковые части, но до поры до времени не отказывалась от переговоров с Уральским войсковым правительством. Вероятно, в казачьем отделе ВЦИКа надеялись, что уральские казаки, отличавшиеся от других казачьих войск более демократичным общественным устройством, охотнее других поддадутся их агитации. В апреле в Уральск была направлена первая делегация для переговоров с уральским правительством под руководством казака Ивана Ружейникова. Войсковое правительство выслало делегацию из пределов области. В начале июня Совнарком направил в Саратов новую делегацию для заключения перемирия с уральскими казаками. Кроме Ружейникова в нее входили казак Филипп Неусыпов и иногородний Иван Ульянов. Делегацию снабдили большим количеством экземпляров обращения ВЦИКа «К трудовому казачеству», в котором руководители РСФСР обещали казакам сохранить за ними право на традиционное устройство и занятия в случае признания советской власти. Однако переговоры после майских боев оказались невозможными. 18 июня Неусыпов и два его ординарца пересекли линию фронта, но вскоре были схвачены. Неусыпова подвергли пыткам и 25 июня казнили. Двух красноармейцев, сопровождавших посланца советского правительства, казаки отпустили после издевательств, избиений и банального грабежа: их раздели до нижнего белья и отобрали лошадей. Убийство парламентера, что противоречило всем обычаям и правилам войны, не прибавило авторитета руководителям Войскового правительства и командованию Уральской казачьей армии. Ожесточение войны нарастало.
Чапаевцы тем временем предприняли успешную атаку на Семиглавый Мар. 22 июня штаб Особой армии доносил в Реввоенсовет: «Казаки были взяты в кольцо выставленной нами артиллерией… Предполагалось концентрическим наступлением захватить казаков в пехотное кольцо. Казаки избежали полного разгрома лишь благодаря крайней пересеченности местности и бегству, имевшему панический характер. Урон со стороны казаков под действием нашего артиллерийского ураганного огня — огромный. Со стороны казаков было выставлено до 16 сотен. Станция Семиглавый Мар нами занята… Настроение в войсках отличное». Обращает на себя внимание то, что Чапаев намеревался окружить конных казаков пехотным кольцом — это действительно новое слово в военном искусстве.