Бонапарт из Муравьева не получился. Большевикам удалось распропагандировать главную опору Муравьева — бронеотряд из шести машин. Кроме того, главковерх был настолько уверен в своем успехе, что не позаботился о личной безопасности и минимальной охране. На следующий день, 11 июля, Муравьев пришел на заседание губисполкома один и потребовал передать всю полноту власти фракции левых эсеров. Он даже предположить не мог, что окружен чекистами и латышскими стрелками. Председатель исполкома Иосиф Варейкис обвинил главкома в измене и потребовал его ареста. Муравьев, по одной версии, погиб в перестрелке, по другой — застрелился, увидев направленные на него винтовки.
Так или иначе, мятеж Муравьева дезорганизовал фронт. Для подавления восстаний пришлось отвлечь значительные военные силы, в том числе резервы, которые предназначались для отправки на передовую. Командующие и военачальники были в растерянности: кому подчиняться, Москве или Симбирску, и против кого воевать. Мятеж левых эсеров вызвал брожение во многих частях Красной армии и спровоцировал переход части ее комсостава на сторону противника. Чехословацкий корпус и Народная армия Комуча воспользовались замешательством в стане противника и захватили Сызрань, Бугульму, Мелекесс и Сенгилей. В начале июля оренбургские казаки заняли свою столицу и вскоре соединились под Бузулуком с отрядами Народной армии. 4 июля части Чехословацкого корпуса без боя заняли Уфу, оборону которой дезорганизовал будущий противник Чапаева, перешедший на сторону врага командующий 2-й армией Восточного фронта Федор Махин. 22 июля бригада Каппеля внезапным ударом выбила красных из Симбирска.
Командарм Ржевский объявил себя командующим «Уральским фронтом» и распорядился о начале наступления на симбирском направлении, но его быстро одернул новый командующий Восточным фронтом Иоаким Вацетис. Он приказал переформировать Особую армию в 4-ю и готовиться к наступлению на Самару и Сызрань. Однако противник опередил красное командование. Нашему герою пришлось сражаться на два фронта — против казаков и Народной армии Комуча.
Самарский Комуч намеревался развить свой успех, нанести удар на юг по обоим берегам Волги, чтобы последовательно занять Хвалынск, Вольск и выйти к Саратову. При благоприятном развитии операций Главный штаб Народной армии предполагал соединиться с донскими казаками, наступавшими на Царицын. Николаевский уезд превратился в важный оперативный плацдарм: защищавшая его бригада препятствовала соединению Народной армии с уральскими казаками, а также угрожала ударом во фланг в случае продвижения противника по правому берегу Волги на Хвалынск и Вольск.
Масштабные планы самарских эсеров и меньшевиков столкнулись с сопротивлением Красной армии и нежеланием мужского населения идти на войну. 23 июля командующий Хвалынской группой Народной армии, бывший подполковник Федор Махин доносил в Главный штаб армии: «Наши войска сражаются недурно, но большого порыва нет и страдает командный состав». Это означало, что солдаты спокойно переносили повседневное неустройство военной жизни: длительные переходы, отсутствие горячей пищи — и достаточно стойко вели себя в обороне. Однако они с трудом поднимались в атаку, залегали при более или менее интенсивном огне противника. Чтобы продолжить наступление народоармейцев, офицерам приходилось идти вдоль цепи, становясь удобной мишенью для стрелков и пулеметчиков Красной армии. Заметим: речь идет об июльской ситуации, когда мобилизация в Народную армию только начиналась и большую часть бойцов составляли добровольцы. Еще одной серьезной проблемой вооруженных сил Комуча была плохая управляемость, когда каждый командир отряда предпочитал действовать самостоятельно, без должного взаимодействия с другими отрядами и старался сосредоточить артиллерию, пулеметы и другие ресурсы у себя, за счет соседей. Значительная часть Народной армии лишь номинально входила в ее состав, оставаясь, по сути дела, большим партизанским отрядом, готовым защищать свою волость, город или уезд от большевиков, но не желавшим решать даже тактические задачи за пределами родных мест. Кроме того, как отмечал один из лидеров эсеров Прокопий Климушкин, «между Комучем и офицерством с самого же начала гражданского движения на Волге создалось взаимное непонимание, приведшее потом к полному расхождению».
24 июля Махин просил у Главного штаба содействия в управлении Липовским отрядом, занимавшим село, так как последний встретил его попытку установить связь с Хвалынской группой «почти враждебно». Ранее отряд был выбит чапаевцами из одноименного села, и Махину, чтобы восстановить положение, пришлось выделить роту Народной армии и полуроту чехов.