После короткого отдыха, вызванного недомоганием комиссара, Чапаев и Фурманов выехали в Бузулук, в штаб 25-й дивизии. Здесь между начдивом и комиссаром произошел первый конфликт, не имевший, впрочем, серьезных последствий. Если верить Фурманову, Фрунзе назначил его руководить комиссией по расследованию неудачного наступления 22-й дивизии на Мергеневскую. Чапаев подчеркнуто держался особняком, а когда Фурманов указал ему, что он — храбрый боец, но все-таки слабый стратег, вспылил: «Я скажу вам, что у нас в армии еще не было и нет такого стратега, как я. Подтверждаю, что я лучший стратег, хоть этому по книгам и не учился. А вся эта сволочь, которая меня не считает за стратега, — они просто контрреволюционеры, и больше ничего. Они меня вот и до сих пор все гоняют без дела, а на фронт не пускают. Они подкапываются под меня, вот что». Фурманов, выслушав Чапаева, сказал, что ведь и он не считает его стратегом, и, следовательно, «сволочь», после чего покинул комнату, где шел разбор операции. Вскоре, если верить Фурманову, начдив прислал покаянную записку и они помирились.
Несмотря на неудачу под Мергеневской, Чапаев и Фурманов были уверены, что казаки разгромлены и весной оставшимся на позициях войскам нужно будет лишь добить поверженного противника. Они не представляли, что всего через четыре месяца им придется возвратиться под Уральск и Лбищенск, а для Чапаева эта кампания станет последней в его воинской и полководческой карьере.
Прекращение наступления 4-й армии и оперативная пауза дали казакам долгожданную передышку, во время которой они сумели переформировать армию и восстановить боеспособность растерявшихся от серии поражений полков. Кроме того, белое командование укрепило фронт против 4-й армии за счет южных «гурьевских» полков, сражавшихся прежде на астраханском направлении и отличавшихся большей стойкостью. Среди других полков начались митинги и брожение, которое поддерживалось посланцами с красной стороны, подбивавшими казаков к перемирию.
Чтобы сохранить боеспособность армии и продолжить сопротивление большевикам, руководители казачьего войска пошла на жесткие меры. 11 марта казачий съезд распустил войсковое правительство и передал неограниченную власть генералу Владимиру Толстову. 19 марта в Мергеневской начался митинг о прекращении боевых действий. Делегаты красных и сторонники замирения с советской властью «зашикивали» казаков из учебных и других боеспособных полков. Когда один из красных парламентеров сказал, что атаман пьет кофе с сахаром в Гурьеве, в избу неожиданно вошел сам Толстов и отрезал: «Врешь, мерзавец! Атаман здесь». После этого зачинщиков и главарей собрания, а также делегацию красных расстреляли, рядовые казаки, участвовавшие в митинге, получили по 100 плетей. На следующий день атака красных на Мергеневскую завершилась неудачно, и они вскоре отошли к Лбищенску.
В начале апреля в Уральскую область прибыл отправленный ранее к Колчаку отряд илецких казаков под командованием хорунжего Бородина с ценным для армии транспортом. Кроме того, в апреле Толстов получил через Добровольческую армию от союзников 30 орудий, 15 тысяч винтовок, 100 ящиков снарядов и пять бронемашин. Всего уральцы насчитывали 15 тысяч бойцов, 50 орудий и 170 пулеметов.
Но главной причиной обострения ситуации в Уральской области было не усиление белоказачьей армии, а начатая в области политика расказачивания, которая требовала от местных властей ликвидации казачества как отдельного сословия. 24 января 1919 года было подписано и отправлено на места циркулярное письмо ЦК РКП(б) «Об отношении к казачеству»:
«Последние события на различных фронтах в казачьих районах — наши продвижения вглубь казачьих поселений и разложение среди казачьих войск — заставляют нас дать указания партийным работникам о характере их работы при воссоздании и укреплении Советской власти в указанных районах. Необходимо, учитывая опыт гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления. Никакие компромиссы, никакая половинчатость пути недопустимы. Поэтому необходимо:
1. Провести массовый террор против богатых казаков, истребив их поголовно; провести беспощадный массовый террор по отношению ко всем [вообще] казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью. К среднему казачеству необходимо применять все те меры, которые дают гарантию от каких-либо попыток с его стороны к новым выступлениям против Советской власти.
2. Конфисковать хлеб и заставлять ссыпать все излишки в указанные пункты, это относится как к хлебу, так и ко всем [другим] сельскохозяйственным продуктам.
3. Принять все меры по оказанию помощи переселяющейся пришлой бедноте, организуя переселение, где это возможно.
4. Уравнять пришлых иногородних к казакам в земельном и во всех других отношениях.
5. Провести полное разоружение, расстреливая каждого, у кого будет обнаружено оружие после срока сдачи.
6. Выдавать оружие только надежным элементам из иногородних.