На совещании командного состава Фрунзе уточнил задачи армии: ударами с плацдармов севернее и южнее Уфы окружить и разгромить Волжскую и Уфимскую группы противника. Южнее Уфы наступала Ударная группа армии — 24-я стрелковая дивизия, 3-я бригада 2-й стрелковой дивизии и 3-я кавалерийская дивизия; севернее — 25-я стрелковая дивизия.
К началу июня 1919 года чапаевская дивизия насчитывала 8900 штыков, 882 сабли, 185 пулеметов, 24 легких и восемь тяжелых орудий, ей был подчинен 17-й бронеотряд из трех бронемашин, одной из них был «Гарфорд-путиловец» со штурмовой пушкой. Противостоявшие части 8-й Камской дивизии белых уступали ей в живой силе и в артиллерии примерно в 1,5 раза.
Чапаев, понимавший, что броневики могут оказать существенную огневую поддержку в случае контратак противника и его преследования и воздействовать на его моральный дух, потребовал от командиров бригад тщательно подготовить дороги и мосты для прохода машин, особенно тяжелого «Гарфорда».
В ночь на 7 июня Чапаев отдал подробный приказ о форсировании Белой и дальнейшем наступлении на Уфу. Он поручил саперам 73-й и 75-й бригад и приданным им подразделениям 31-й стрелковой дивизии построить к 19 часам мостки на правом берегу реки напротив Красного Яра для выгрузки пехоты из парохода. Одновременно начдив распорядился подготовить паром для перевозки бронеавтомобилей и укрепить дороги по направлению их движения.
Командиру 73-й бригады Ивану Кутякову было поручено создать ударную группу в составе трех стрелковых полков, сводного батальона, бронеотряда, кавдивизиона и легкого артдивизиона. Вечером она должна была переправиться по заранее построенному мосту, в ночь на 8 июня перейти в наступление и захватить железнодорожный мост через реку Уфу, обойти город Уфу, чтобы помочь частям 75-й бригады при атаке на город. Два батальона 219-го стрелкового полка Сергея Сокола получили приказ «произвести одновременно с действительной переправой на плотах в районе дер. Лавочная демонстрацию так, чтобы она ничем не отличалась от действительной переправы, для чего необходимо иметь вид готовящейся действительной переправы».
Частям 74-й стрелковой бригады предписывалось переправиться следом за ударной группой 73-й стрелковой бригады, занять деревню Нижние Турбаслы, подчинить себе 220-й стрелковый полк и оказать содействие 26-й стрелковой дивизии в овладении Благовещенском. Командир 75-й бригады должен был с началом переправы начать демонстрацию, выбрав на своем участке более подходящее место, начать обстрел города, использовав бронепоезд в районе железнодорожного моста, и позволить белым беспрепятственно покинуть Уфу.
Тем временем форсирование Белой Ударной группой Туркестанской армии было сорвано упорным сопротивлением Волжской группы и частей 4-й дивизии противника. Дмитрий Фурманов, который в донесениях сообщал о частых переходах солдат противника на сторону красных и их сдачу в плен, позже описывал иного, сильного и упорного противника: «Враг ощетинился на высоком уфимском берегу жерлами английских батарей, офицерскими полками, стальной изгородью крепких надежных войск». Действительно, 4-я Уфимская и 8-я Камская пехотные дивизии белых были прочнее других соединений белой армии. Они были сформированы летом и осенью 1918 года из повстанцев, свергнувших советскую власть в Уфимской губернии. Командование старалось пополнять полки этих дивизий уроженцами Уфимской губернии. Но кроме уфимцев и камцев Туркестанской армии противостояли более слабые 11-я и 12-я дивизии, которые понесли большие потери в апрельских и майских боях и в значительной степени утратили боевой дух. Влитые в эти дивизии пополнения также не выказывали большого желания сражаться с красными. 12-я дивизия к моменту начала боев находилась в резерве армии.
Теперь успех Уфимской операции зависел в первую очередь от 25-й дивизии. Чапаев и Фрунзе выбрали удачное место для переправы: река Белая у Красного Яра имела излучину. Правый берег был болотистым, затруднявшим движение и переправу, поэтому белое командование не ожидало форсирования реки в этом месте. Чтобы не тратить силы на прикрытие всего берега, оно не создавало укреплений на берегу реки, основные силы оборонявшихся полков были сосредоточены на позициях, замыкавших изгиб. Кроме того, место переправы находилось далеко от артиллерийских позиций неприятеля. Боевое охранение на берегах было слабым и не обнаружило возведение моста красными. Бригаде Кутякова удалось форсировать серьезную водную преграду при минимальном сопротивлении противника. Пароходы смогли беспрепятственно переправить первый эшелон, вслед за этим саперы завершили наведение мостов. Фурманов впоследствии писал: