Когда Яков VI Шотландский прибыл в Лондон, чтобы стать Яковом I Английским, то сразу же столкнулся с двумя проблемами, требовавшими безотлагательного решения. Первая из них имела отношение к религии. Хотя и англичане, и шотландцы являлись протестантами, Яков получил пресвитерианское воспитание, тогда как его будущие подданные исповедовали англиканство. Вторая трудность заключалась в том, что весь аппарат Вестминстера целиком состоял из англичан, и шотландцам, родившимся до восхождения Якова на престол, путь на государственную службу был закрыт.
После множества безуспешных попыток взять управление Шотландией в свои руки, английский парламент с целью овладения собственностью скоттов применил обходной маневр, задуманный, вполне возможно, еще до приглашения на королевский престол Якова. Поскольку Якову предстояло взойти на троны обоих королевств, заранее был заготовлен план реализации давнишних устремлений, заключавшийся в следующем: (а) будущие короли Британии, в целях ограничения политического влияния шотландцев даже в делах самой Шотландии, должны были пребывать в Лондоне; (б) Вестминстер имел право в любое время распустить трехпалатный шотландский парламент; (в) в благоприятный момент Стюарты могли быть дискредитированы и низложены; и (г) на их место по выбору английского парламента мог быть в этом случае посажен во всем послушный воле Вестминстера монарх-марионетка. Ожидаемым итогом такого рода стратегии должно было стать воплощение в жизнь властных устремлений, лелеемых со времен Эдуарда I Плантагенета, — полное подчинение Шотландии власти Лондона. Так оно в точности и случилось в 1688 году, когда заговорщики из числа парламентариев и духовенства насильственно отрешили от власти и отправили в изгнание короля Якова II.
Еще раньше, в 1560 году, государственной религией Шотландии было провозглашено пресвитерианство, в котором главенствующее место было отведено скорее церковным старостам, чем епископам. Через три года, после одобрения королевой Елизаветой «Тридцати девяти статей», определивших религиозную доктрину, к югу от Адрианова вала была учреждена англиканская церковь. Предполагалось, что после того как Стюарты станут монархами обоих королевств, они будут поддерживать в равной степени оба главных религиозных направления, сосуществовавших без взаимных претензий. Такая задача оказалась невыполнимой, в частности, по той причине, что монарх считался главой англиканской церкви. Для достижения компромисса Стюарты учредили в Шотландии епископальную церковь, по структуре своей являвшуюся полнейшим аналогом англиканской церкви. Но теперь, когда король был обязан поддерживать и третью церковь, положение осложнилось еще больше. В довершение ко всему возникла также и другая проблема. Кроме того, что Стюарты являлись королями Британии, они также были и государями Ирландии (независимость которой была провозглашена лишь в 1921 году) и имели определенные обязательства перед ирландским народом, который по традиции исповедовал католичество.
Елизавета I, не особенно считавшаяся с мнением парламента, оставила после себя огромный государственный долг. Вследствие этого король Яков был вынужден увеличить размеры налогов. Одобрив данную меру, парламент, тем не менее, настоял на том, что монарх не должен копировать диктаторский стиль правления Елизаветы. Ограничив его деятельность целым рядом оговорок, депутаты, по сути дела, лишили короля какой бы то ни было личной власти. Яков отреагировал заявлением о том, что согласно шотландским традициям, он не подотчетен парламенту и несет ответственность только перед Богом и своим народом. Он утверждал, что долг его состоит в том, чтобы от имени народа следить за соблюдением писаной конституции Шотландии и, если возникнет необходимость, выступить с конституционных позиций против церкви и парламента. В отличие от Шотландии, у Англии не было (как и нет в настоящее время) своей писаной конституции, а поэтому люди не могли защитить своих прав и свобод. Существовали только сохранившиеся с феодальных времен традиции, облекавшие властью высшие слои общества.
На протяжении всего времени правления династии Стюартов на первый план неизменно выходили противоречия между соперничавшими фракциями христианской церкви. Силой проводя в жизнь постановление парламента «о религиозном единообразии», касавшееся единого чина богослужения, Яков VI (I) вывел из душевного равновесия католиков и способствовал тем самым возникновению «порохового заговора». Кроме того, насаждая принятый англиканской церковью свой авторизованный перевод Библии, он дал повод протестантам обвинить себя в сговоре с Римом. У королей из рода Стюартов не было другой возможности угодить англичанам, пресвитерианам и католикам, как только проявлять ко всем им полную терпимость. Главная трудность, однако, была в том, что состоявший из англикан парламент не реагировал должным образом на проявления такого рода чувства, в особенности если дело касалось евреев.