В следующем году парламентская армия «нового образца» разгромила войско Карла в битве при Нэзби (в Нортгемптоншире). Решающую роль здесь сыграла конница «железнобоких», обрушившаяся на фланг и тыл роялистов. И только после этого солдатам-шотландцам удалось понять истинную натуру своих собратьев по оружию — пуритан. До сих пор скотты видели в них просто представителей другого протестантского течения, родственного их собственному пресвитерианскому направлению. Но теперь они смотрели на вещи широко открытыми глазами. Стало известно, что после битвы при Нэзби круглоголовые жестоко расправились со всеми женщинами-ирландками, обнаруженными в лагере роялистов, зверски изувечили находившихся там же англичанок. Отобрав у шотландцев захваченных ими в бою пленных, они выкололи несчастным глаза, отрезали уши и вырвали языки. На юге Англии подавляющее большинство народа все еще поддерживало дело пуритан, но теперь это аскетичное религиозное течение явило себя в новом свете. Теперь многие видели в нем армию фанатичных преследователей, оспаривавших первенство по жестокости и бесчеловечности у «Святой палаты» католической инквизиции. В недалеком будущем этим самым изуверам суждено было с неистовой мстительностью обрушиться на своих недавних союзников в решимости извести ведьм и колдунов!
Все было кончено, и арест короля Карла являлся лишь вопросом времени. Сдавшись в плен шотландцам, он в 1646 году был близ Ньюарка передан в руки парламента. Бежав в следующем году из парламентского плена на остров Уайт, Карл начал переговоры с приведенной в глубокое замешательство пресвитерианской церковью. Ее руководители признали тот факт, что, приняв сторону пуритан, они активно содействовали крушению своей собственной королевской династии (в отличие от епископальной церкви Шотландии, до конца сохранявшей верность короне). К сожалению, исправить что-то было уже невозможно: выступившая в 1648 году на стороне короля шотландская армия потерпела у Престона катастрофическое поражение. В начале следующего года Карл предстал в Вестминстере перед Верховным судом, который не без колебаний вынес королю смертный приговор. 30 января 1649 года Карл I Стюарт при огромном стечение народа был обезглавлен на площади перед королевским дворцом Уайт-холл. Затем армия пуритан, сметая все на своем пути, ураганом промчалась по Ирландии. По приказу Кромвеля поголовно истреблялись гарнизоны сдавшихся крепостей, а его солдаты тысячами уничтожали ни в чем не повинных мирных жителей. И в этих зверствах огульно был обвинен весь несчастный английский народ.
Отменив законодательным актом королевскую власть, парламент в 1649 году провозгласил Англию республикой. В 1650 году Кромвель возглавил поход на Шотландию и в битве при Денбаре разгромил войско сына покойного короля — принца Уэльского Карла. Несмотря на это, шотландцы в 1651 году короновали принца, провозгласив его королем Карлом II. Новый монарх встретился еще раз с Кромвелем в сражении при Вустере и опять потерпел сокрушительное поражение, вынудившее его искать спасения во Франции.
Два года спустя Кромвель разогнал парламент и учредил республику. Назначив сам себя лордом-протектором, он ввел неприкрытую военную диктатуру — политический режим куда более суровый, нежели все существовавшие прежде. По его распоряжению налагался запрет на богослужение по англиканскому чину, а также празднование в любой форме Рождества и Пасхи. Образование сводилось к минимуму, ограничивалась свобода слова, а собственность подлежала конфискации. Супружеская неверность каралась смертной казнью, а матери-одиночки заключались в тюрьму. Сборища народа разгонялись, запрещались традиционные народные увеселения, а без разрешения государственных надзирателей нельзя было ни открыть таверну, ни произнести проповедь. Любой солдат по своему желанию мог наложить штраф на нарушителей постановлений. Те, кто осмеливался прибегнуть к молитве, молили Господа о скорейшем восстановлении прежних порядков.
Смерть Кромвеля в 1658 году ускорила крушение режима протектората, и диктаторские полномочия унаследовал его сын Ричард. К счастью он не смог долго удержаться на посту протектора. Не обладая ни политическими, ни военными талантами своего отца, Ричард Кромвель с самого начала оказался марионеткой в руках военной клики. В 1660 году собрался новый учредительный парламент — конвент, санкционировавший возвращение к власти Стюартов. Спустя одиннадцать лет после казни своего отца Карл II торжественно вступил в Лондон. Начался период Реставрации.