Еще через день в новой телеграмме Троцкий подтвердил, что войска хороши, дерутся добросовестно. Отдельные части, хотя и потеряли более половины состава, но сохранили боеспособность. Троцкий сообщил о создании авиационного отряда и высказал свои соображения по поводу гражданской войны в целом: "Нужно эту войну сделать популярной. Нужно, чтоб рабочие почувствовали, что это наша война".
"Нельзя строить армию без репрессий..." - писал Троцкий в "Моей жизни". И это было важнейшим руководящим принципом его действий.
4 июня 1918 г. Троцкий отдал распоряжение отрядам, сражавшимся против чехословацких мятежников: "Мною разрешено командующим фронтами принимать парламентариев от чехословацких эшелонов. Обязательным условием переговоров является полная сдача чехословаками оружия. Не сдающих добровольно оружия, согласно ранее отданному приказу, расстреливать на месте. Насильственно разоруженные эшелоны должны заключаться в концентрационные лагеря".
В этом же духе составляет телеграмму от 21 августа 1918 г.: "Предположение, будто я щажу Казань, неосновательно". Чтобы ни у Ленина, ни у кого другого не возникло сомнений в его недостаточной твердости, Троцкий в течение двух недель августа издал ряд распоряжений, которые и сегодня поражают бессмысленной жестокостью. "Предупреждение трудовому населению Казани. Необходимо временно выехать из города. После захвата Казани чехо-белогвардейскими бандами Казань стала гнездом контрреволюции. Это гнездо должно быть разорено. При дальнейшем сопротивлении контрреволюционные кварталы будут срыты до основания... Необходимо как можно скорее удалить из города детей".
Концентрационные лагеря Троцкий стал насаждать в массовом порядке. В приказе от 8 августа Троцкий извещал: "Назначенный мною начальник обороны железнодорожного пути Москва - Казань, тов. Каменщиков, распорядился о создании в Муроме, Арзамасе и Свияжске концентрационных лагерей, куда будут заключаться темные агитаторы, контрреволюционные офицеры, саботажники, паразиты, спекулянты, кроме тех, которые будут расстреливаться на месте преступления или приговариваться Военно-Революционным Трибуналом к другим карам".
Никакой пощады Троцкий не давал даже тем, кто не принимал участия в боевых действиях на стороне противника, но занимался пособничеством ему. Во время чехословацкого мятежа была распространена листовка, в которой объяснялось, что никто не должен ссылаться на насилие завоевателей и оправдание изменнических действий против власти рабочих и крестьян. Все, кто во время "господства чехо-белогвардейцев" оказывал им содействие, подвергались расстрелу.
По распоряжению Троцкого репрессиям подвергались не только офицеры-перебежчики из Красной Армии, но и члены их семей. В приказе, изданном 30 сентября от имени Председателя Реввоенсовета Республики, на члена Реввоенсовета Аралова возлагалась ответственность "по задержанию семейств перебежчиков и предателей".
Троцкий первым начал расстреливать коммунистов, бросать их в концлагеря и тюрьмы. В августе 1918 г. Красную Армию и партию потрясло известие о расстреле двадцати бойцов, комиссара и командира Петроградского рабочего полка, прибывшего на Восточный фронт. Троцкий был начисто лишен элементарного сострадания к людям. Он первым стал фабриковать политические процессы против своих противников.
Не все шло гладко на фронтах, руководимых Троцким. В частях наблюдались разболтанность и самоуспокоенность, недопонимание остроты ситуации.
Во избежание дальнейшего обострения обстановки Совет Обороны отозвал Троцкого в Москву. Это был для него самый худший период во всей войне. Троцкий показал неспособность к овладению ситуацией на Восточном фронте, выступив против преследования Колчака. Еще ему предстояло держать ответ по поводу своих действий на Украине.
На состоявшемся 3 июля 1919 г. экстренном заседании ЦК РКП(б) принял ряд решений, усиливших руководство военным ведомством со стороны ЦК и Совета Обороны. Полевой штаб Реввоенсовета Республики перенесли из Серпухова в Москву. Ознакомившаяся с его работой комиссия ЦК доложила о неспособности штаба руководить масштабными военными операциями. Большие перемены затронули личный состав Реввоенсовета. Вместо Главкома Вацетиса был назначен С. Каменев, Реввоенсовет сократили с 8 членов до 6. Всех сторонников Троцкого - И. Смирнова, Розенгольца, Раскольникова заменили Смилгой, Гусевым, Рыковым и С. Каменевым. В Реввоенсовете с Троцким остался только Склянский.