Вступая в Самаипату, никакой долгосрочной военной цели Че перед собою уже не ставил: сил у него было слишком мало не только для того, чтобы удержать городок, но даже для того, чтобы перерезать шоссейную дорогу. Очень расстроен он был тем, что ни в аптеке, ни в больнице Самаипаты не нашлось адреналина и ингалятора: приступы удушья учащались.
После ухода Че Хоакин долгое время держался вблизи условленного места воссоединения, делая короткие переходы и устраивая дневные привалы в зарослях. Однако появление в окрестностях Белья-Висты солдат заставило его отойти. Вертолеты выслеживали его отряд с воздуха, самолеты бомбили сельву в тех местах, где партизан видели местные жители. Голодные, босые, с ногами, сбитыми в кровь и обмотанными тряпками, бойцы Хоакина хотели купить у крестьянина теленка и, оставив ему деньги, отошли на дневной привал в ближний лес. Как только они скрылись из виду, крестьянин рассказал о пришельцах капитану армии Варгасу Обдумав положение, капитан приказал ему провести гостей к броду. Своих солдат смышленый капитан расположил в зарослях на противоположном берегу и стал ждать.
Когда отряд переправлялся по реке, по нему открыли огонь. Погибли все, включая Таню, спрятался в прибрежных кустах (и позднее был взят в плен живым) лишь боливиец Пако. Тело Тани было найдено лишь через неделю. Хоронили ее в Валье-Транде, на скромной христианской церемонии присутствовал сам президент Рене Баррьентос, лично знавший разведчицу герильи.
Че Гевара со своим отрядом подошел к этому месту на следующий день. Никаких следов кровавого побоища не осталось. Бойцы, посланные на разведку, обнаружили, что дом пуст, хозяева оставили муку, масло, соль, в загоне было несколько козлят. Это дало отряду возможность устроить себе ночное пиршество. Ничто не возбудило подозрений Че Гевары, и в полном неведении о происшедшем он покинул эти места.
Услышав несколько дней спустя в испаноязычной программе «Голоса Америки» о разгроме отряда Хоакина, Че Гевара долго отмахивался: «Верх надувательства, наглая ложь». Но вскоре по отдельным подробностям ему стало ясно, что это правда.
В своем стремлении ускользнуть из ловушки Че Гевара завел свой отряд в горы провинции Валье-Гранде. Здесь не было ни дичи, ни скота, ни посевов, а редкие обитатели этих мест при виде чужаков старались поскорее скрыться. В местечке Альто-Секо, из пятидесяти дворов, состоялся последний митинг Че Гевары.
«Инти выступил возле школы (там всего-то два класса) перед полутора десятками пугливых, угрюмых и молчаливых крестьян, объясняя им достижения нашей революции. Учитель был единственным, кто вышел с вопросом: верно ли, что мы ведем бои прямо в населенных пунктах? Это разновидность хитрого лиса-крестьянина, грамотного и простодушного, как дитя; он задал нам кучу вопросов о социализме».
Из Альто-Секо отряд пришел в деревню под красивым названием Санта-Элена. Там бойцы и остановились на свой последний спокойный ночлег. Выслеженные с воздуха, загнанные в глубокий овраг, окруженные со всех сторон армией, семнадцать партизан затаились в густом кустарнике.
«День прошел без следа солдат, только несколько коз в сопровождении пастушьих собак прошли через наши позиции, и собаки залаяли… Урбано слышал, как несколько крестьян, проходивших по дороге, говорили про нас: "Вон те, которые разговаривали ночью…" Весь день мы провели в молчании, только в темноте спустились за водой и приготовили кофе, который был великолепен, несмотря на горький вкус воды и на маслянистость котелка, в котором он был сварен…»
Наутро Че Гевара обнаружил себя в ловушке. Отряд находился на дне оврага, а на холмах, окружавших овраг со всех сторон, расположились солдаты.
Солдат было около трех тысяч, и семнадцать партизан серьезного сопротивления оказать не могли. Че Гевара был ранен в ногу, боливиец Вилли пытался помочь ему подняться по склону холма, чтобы укрыться в кустах, но солдаты заметили это и стрельбой преградили им путь.
Боливийские военные уверяют, что с плененным вождем обращались очень бережно: поскольку он не мог самостоятельно передвигаться, его положили на одеяло и четверо солдат несли его несколько километров до Игеры, а капитан Гари Прадо шел рядом, и они миролюбиво разговаривали. По другим источникам, Че Гевара шел сам, опираясь на плечи двоих солдат, по следам его мокасин из сыромятной кожи уцелевшие партизаны (в живых из семнадцати осталось шестеро) добрались до школы в Игере, где и оборвалась жизнь их командира.
В школе капитан Прадо передал пленника полковнику Селничу. При передаче пленного была проведена опись предметов, при нем находившихся. В вещмешке Че Гевары были обнаружены два дневника, записная книжка и книжка кодов, толстая тетрадь с переписанными от руки стихами и еще три или четыре книги.