2 октября 1939 года правительство в изгнании Э. Бенеша заключило договор с правительством Франции, согласно которому предполагалось создание чешских подразделений на территории Франции. Воинские части были созданы в конце января 1940 года. Летом 1940 года в связи с осложнившейся ситуацией они были перенесены в Великобританию. В составе ВВС Великобритании сражались четыре чехословацких эскадрильи: 310‑я, 311‑я, 312‑я и 313‑я.
В 1941 году в Каире был создан II региональный штаб SOE Special Operations Executive — британская разведывательно-диверсионная служба, в составе которой был отдел, отвечавший за деятельность английских спецслужб на территории Чехословакии. С помощью английских спецслужб были подготовлены и сброшены на территорию Чехословакии несколько разведывательных, диверсионных и организаторских групп.
Сопротивление оккупационным властям выражалось в самых разных формах, в том числе пассивного сопротивления: бойкота, забастовок, саботажа. В 1941 году на ряде крупных предприятий, в шахтах прошли забастовки. Возникла настоятельная потребность лучшей координации деятельности антифашистских сил. С этой целью в сентябре 1941 года был создан Центральный национально-революционный комитет Чехословакии, объединивший коммунистов, социал-демократов, профсоюзных и общественно-политических деятелей. Стали возникать национально-революционные комитеты — подпольные организации, координирующие деятельность антифашистских групп. Подпольные группы Компартии Чехословакии в сентябре 1942 года начали создавать первые партизанские отряды. В декабре 1943 года коммунисты Чехословакии и ряд других подпольных организаций подписали соглашение о совместной деятельности, был организован Словацкий национальный совет.
В августе 1944 года вспыхнуло Словацкое национальное восстание. Предварительно в июле 1944 года на территорию Словакии десантировались группы партизан числом более четырехсот человек. В восстании участвовали 15 тысяч партизан из Чехословакии, 3 тысячи партизан из СССР, 60 тысяч военных словацкой армии, антифашисты ряда европейских стран. В руки восставших попало 43 единицы бронетанковой техники.
20 сентября 1944 года советские войска достигли довоенной границы Чехословакии. На оккупированной немцами территории активировалась партизанская и диверсионная деятельность.
Чехословацко-советское военное сотрудничество
18 июля 1941 года СССР и правительство Э. Бенеша заключили соглашение о восстановлении дипломатических отношений и взаимопомощи в борьбе с Германией. В соглашении предусматривалась организация чехословацких вооруженных сил в СССР.
27 сентября 1941 года было подписано чехословацко-советское военное соглашение.
5 января 1942 года в Бузулуке началось создание первой воинской части — 1‑го пехотного батальона. Заместителем командира стал Людвиг Свобода, сыгравший важную роль не только в военный период борьбы Чехословакии с фашизмом, но и в дальнейшие годы. 1 марта 1943 года батальон отправился на фронт. 5 мая 1943 года на основе батальона возникла 1‑я Чехословацкая пехотная бригада.
В течение 1943 года были сформированы 1‑я отдельная чехословацкая истребительная авиаэскадрилья и 2‑я чехословацкая парашютно-десантная бригада. В 1944 году — 1‑й Чехословацкий армейский корпус, 1‑й Чехословацкий истребительный авиаполк (32 самолета), 1‑я отдельная Чехословацкая танковая бригада (65 танков, три танковых и один мотопехотный батальоны).
Граждане Чехословакии участвовали в партизанском движении на территории Советского Союза, занятой немцами. На сторону СССР с начала войны (июня 1941 года) и до конца 1943 года перешло около 4 тысяч военнослужащих-чехословаков. Так, 15 мая 1943 года в ряды советских партизан влился начальник штаба 101‑го пехотного полка капитан Я. Налепка с группой офицеров и солдат. 18 мая этого же года в партизанском движении под командованием А. Н. Сабурова был сформирован отдельный отряд из чехов и словаков. В конце 1943 года в Крыму вместе с советскими партизанами сражалась группа солдат-чехословаков, которой командовал И. Белко.
12 декабря 1943 года в Москве был заключен договор между СССР и Чехословакией, в соответствии с которым был начат переход ряда советских партизанских отрядов на территорию Чехословакии. 17 июня 1944 года было принято постановление Политбюро ЦК КП(б)У «Об оказании помощи чехословацкой Компартии в организации партизанского движения на территории Чехословакии», в соответствии с которым Украинский штаб партизанского движения начал обучение чехословацких курсантов и подготовку советско-чехословацких партизанских организаторских групп для деятельности на территории Чехословакии.