В эмиграции в Лондоне с началом Второй мировой войны Эдвард Бенеш, второй президент Чехословакии, создал правительство Чехословакии в изгнании. Национальный комитет освобождения Чехословакии был образован в Париже в октябре 1939 года. В 1940 году комитет переместился в Великобританию. На протяжении Второй мировой войны это правительство признавалось законным правительством Чехословакии. Оно выступало за отмену Мюнхенских соглашений, против немецкой оккупации и требовало восстановить республику в ее границах 1937 года.
После аннексии Чехословакии Гитлер продолжил завоевание Европы. Население Чехии и Моравии было мобилизовано для работы на военные нужды Германии. Чешской промышленностью управляли специальные органы. Осенью 1941 года в протекторате были произведены изменения. Заместителем рейхспротектора Богемии и Моравии стал Рейнхард Гейдрих. Был арестован, а впоследствии расстрелян чешский премьер-министр Алоис Элиаш (1890–1942) за его связь с Сопротивлением и чешским правительством в изгнании. К концу 1941 года на принудительные работы в Германию было вывезено 200 тысяч жителей «протектората Богемии и Моравии» и 100 тысяч жителей Словакии.
Гейдрих был в числе главных лиц гитлеровской Германии ответственным за решение «еврейского вопроса», он был причастен к организации геноцида евреев не только в Германии, но и в оккупированных странах. По его приказу в ноябре 1941 года был создан концлагерь Терезиенштадт (чешский город Терезин), где содержали чешских евреев. В мае 1942 года было организовано удачное покушение на жизнь Гейдриха. Эта акция осуществилась благодаря скоординированной деятельности чехословацкого правительства в изгнании и британских спецслужб, исполнителями операции под названием «Антропоид» были Йозеф Габчик и Ян Кубиш.
Покушение произошло 27 мая 1942 года, когда Гейдрих следовал из загородной резиденции к центру Праги. У одного из нападавших заклинило оружие, но бомба, которую метнул второй участник операции, все же взорвалась. Гейдрих получил осколочные ранения, его доставили в госпиталь, сделали операцию, но это не помогло, и через несколько дней он умер.
После смерти Гейдриха нацисты объявили массовый террор против чешского населения. Была уничтожена деревня Лидице: мужчин расстреляли, женщин отправили в концлагерь Равенсбрюк, большинство детей впоследствии погибли в газовых камерах.
В результате предательства одного из участников Сопротивления стало известно место, где скрывались агенты, подготовившие покушение на Гейдриха. Этим местом являлась крипта кафедрального православного собора Святых Кирилла и Мефодия в Праге. 18 июня семь диверсантов в течение семи часов дали бой восьми сотням гестаповцев. Во время штурма собора люди, скрывавшиеся в нем, погибли. Не менее жестокая участь ждала священнослужителей собора, которые были расстреляны. Расстрелян был и епископ Горазд. Вскоре чешская православная церковь попала под запрет, храмы закрывали, священников отправляли под арест.
В июне 1942 года преемником Гейдриха был назначен генерал-полковник полиции, оберстгруппенфюрер СС Курт Далюге. В 1943 году еще около 350 тысяч чешских рабочих были депортированы в Германию.
Движение сопротивления
Движение Сопротивления и создание подпольных организаций развернулось вскоре после немецкой оккупации Чехословакии. 28 октября 1939 года, в день, когда 21 год назад была провозглашена независимая республика Чехословакия, в ряде чешских городов прошли выступления против установленного режима. По демонстрантам был открыт огонь. 15 ноября 1939 года, в день смерти студента-медика Яна Оплетала, раненного 28 октября, прошли демонстрации студентов. Власть ответила репрессивными мерами: начались массовые аресты, закрывались учебные заведения, девять студенческих лидеров были казнены, сотни людей отправлены в концлагеря.
В Польше в марте 1939 года был сформирован легион из военнослужащих армии Чехословакии. Когда началась польско-немецкая война, легион перебазировался на территорию СССР. Впоследствии часть чешских военнослужащих уехала на Запад, остальные занимались формированием воинских частей на территории СССР. Воинские части также создавались в составе английской и французской армий.