В середине октября 1920 года Центральный Комитет партии демобилизовал Ф.Э. Дзержинского, поскольку военные действия на польском фронте заканчивались, и снова направил его на работу в ВЧК. И. К. Ксенофонтов целиком сосредоточился на исполнении своих прежних обязанностей заместителя председателя ВЧК.
В конце ноября Феликс Эдмундович предложил Ксенофонтову выехать на Кавказ для ревизии и инспектирования чрезвычайных комиссий.
— Чрезвычайные комиссии на Северном Кавказе еще не окрепли, — сказал он. — Им нужна большая помощь и кадрами и советами. Вам следует на месте выявить их проблемы и, если возможно, разрешить.
3 декабря коллегия ВЧК признала желательным образовать Центральное управление всеми органами ЧК на Кавказе. Ксенофонтов должен был изучить и этот вопрос. Кроме того, ему поручили договориться с особым отделом Кавказского фронта об организации особого отдела по охране границы.
Поездка была длительной. В Ростове-на-Дону Ксенофонтов провел ревизию районной ТЧК и Донской ЧК, затем посетил Новороссийск, Екатеринодар, Пятигорск, Владикавказ. Он внимательно анализировал работу чрезвычайных комиссий, интересовался состоянием дисциплины, взаимоотношениями ЧК с партийными и советскими органами.
Вернувшись в Москву, Иван Ксенофонтович доложил Дзержинскому о результатах поездки. Чрезвычайные комиссии Северного Кавказа, рассказывал он, в основном справляются с задачами. Кубано-Черноморская ЧК разгромила несколько законспирированных врангелевских организаций. Новочеркасская ЧК вместе с Донской ЧК ликвидировала белогвардейский «Штаб спасения России», арестовала его руководителя князя Ухтомского. Им удалось удачно внедрить в штаб своего человека. Чекисты раскрыли связи Ухтомского с белогвардейской бандой Назарова, с десантами Врангеля.
Дзержинский слушал внимательно, иногда что-то записывал в блокнот. О наиболее крупных операциях чекистов ему в общих чертах было известно, но многое он узнал впервые.
— Скажите, Иван Ксенофонтович, какие трудности испытывают чрезвычайные комиссии? Какие недостатки в их работе? — спросил он.
— Основная трудность — это нехватка работников. Особенно это чувствуется в транспортных ЧК. Я им рекомендовал установить более тесный контакт с партийными комитетами, с профсоюзами, просить у них пополнение. Транспортные ЧК слабо связаны с территориальными чрезвычайными комиссиями. Серьезный недостаток в работе всех ЧК — неумение выбрать главное направление. Много занимаются борьбой с мелкой спекуляцией, регистрацией нетрудовых элементов вместо того, чтобы бросить все силы на выявление законспирированных белогвардейских групп.
В конце разговора Дзержинский поручил Ксенофонтову подготовить приказ, который бы обобщил деятельность чекистских органов на Кавказе и сформулировал задачи по улучшению работы чрезвычайных комиссий и особых отделов. В феврале 1921 года приказ был разослан на места.
По возвращении из командировки Ксенофонтов снова с головой ушел в повседневную работу. Почти ежедневно он проводил заседания президиума ВЧК. На них рассматривались самые разнообразные вопросы: об организации чрезвычайных комиссий в автономных республиках, охране границы, увеличении ставок сотрудников, обследовании мест заключения, о помощи Наркомпросу в борьбе с детской беспризорностью, награждениях отличившихся чекистов, о перемещениях сотрудников ВЧК и т. д.
Одной из неотложных и важных задач ВЧК в тот период была борьба с политическим бандитизмом, прежде всего с бандами Махно на Украине и антоновщиной в Тамбовской губернии. Центральный Комитет партии придавал быстрейшему разгрому банд первостепенное значение. Против них были посланы регулярные части Красной Армии и войска ВЧК, образованные в январе 1921 года.
6 февраля Ксенофонтов провел расширенное заседание президиума ВЧК. В нем приняли участие члены коллегии и заведующие отделами ВЧК. Ксенофонтов сообщил, что мятеж Антонова в Тамбовской губернии разрастается, его банды совершают опустошительные набеги в Воронежскую, Пензенскую, Саратовскую губернии:
— Центральный Комитет партии, товарищ Ленин, — говорил Иван Ксенофонтович, — требуют как можно быстрее покончить с антоновщиной. Скоро наступит весна, и тогда, после полевых работ, бандитизм примет еще более опасные масштабы. Сейчас же, до весенней распутицы, имеется возможность сравнительно легкой переброски войск, окружения и уничтожения банд. Наша задача — обеспечить разведку. Мы должны знать состав и численность банд, их главарей, местонахождение штабов, источники снабжения оружием и боеприпасами, их планы и намерения. В этих сведениях крайне нуждается командование частей Красной Армии и войск ВЧК.
Президиум ВЧК принял решение послать в Тамбовскую и другие охваченные восстаниями губернии опытных чекистов, улучшить сбор разведывательной информации о мятежниках.