Михаила Сергеевича настораживало то обстоятельство, что некоторые сотрудники Военного контроля рассматривали борьбу с иностранным шпионажем против Красной Армии как чисто военно-техническую задачу, не придавали должного значения его классовой природе, не усматривали в нем враждебного политического содержания, часто не связывали организуемый контрреволюцией и иностранными военными интервентами военный шпионаж с их действиями по свержению Советской власти. Кедров понимал, что это происходит от того, что кадровый состав ряда отделов Военконтроля не имел необходимой прослойки коммунистов. Среди военных специалистов в Военконтроле были даже сторонники «беспартийной», стоящей «вне политики» военной контрразведки.
Центральный Комитет РКП (б), В.И. Ленин, коллегия ВЧК, Реввоенсовет Республики и реввоенсоветы фронтов видели слабости Военконтроля и настоятельную необходимость обеспечить более надежное ограждение красных частей от вражеского шпионажа и усилившихся тайных подрывных действий против них белогвардейской контрреволюции и антисоветских партий меньшевиков и эсеров. По предложению В.И. Ленина вся система подразделений Военного контроля была подвергнута строгой ревизии.
Была еще одна проблема, которая волновала М.С. Кедрова, — подотчетность подразделений Военконтроля. Они существовали при соответствующих штабах и подчинялись командованию и начальнику штаба. Из-за специфики деятельности Военконтроля военные комиссары соответствующих штабов не имели достаточной возможности осуществлять действенный политический контроль за этими подразделениями, В силу этого создавалась опасность использования столь острого средства в ущерб интересам революции. Ряд вскрытых злоупотреблений в системе Военконтроля подтверждал обоснованность таких опасений.
Между тем своевременное пресечение шпионажа и решительная борьба с тайными происками контрреволюции в частях и учреждениях Красной Армии становились все более жизненно важными вопросами военного строительства. В некоторых частях и штабах, как это было, например, в штабах командовавших объединениями Красной Армии предателей Сорокина и Муравьева, накапливались группы контрреволюционных офицеров, которые путем организации предательства должны были отвлечь силы с фронта и распылить их.
Михаил Сергеевич хорошо понимал политическую остроту ситуации. Ведь предательство состоявших на службе в Красной Армии некоторых бывших офицеров, шпионаж и вредительство неблагонадежных элементов, разложение и переход на сторону белогвардейцев отдельных воинских подразделений и даже частей наносили 'огромный вред боеспособности советских войск, подрывали моральный дух красноармейских масс, усиливали трудности строительства вооруженных сил молодого пролетарского государства, вооруженной защиты завоеваний революции.
Разобравшись в обстановке, Кедров убедился, что все то, что не мог сделать и не делал Военконтроль по защите Красной Армии от тайных происков контрреволюции, вынуждены были брать на себя органы ЧК. Вот почему на наиболее опасных участках фронтов, где заговоры и мятежи контрреволюционных элементов наносили особенно ощутимый ущерб, Центральный Комитет РКП (б) и Советское правительство разрешили создание фронтовых, а позже и армейских ЧК. Так была образована, например, чрезвычайная комиссия на Восточном фронте. В постановлении Совета Народных Комиссаров, специально принятом по этому вопросу 16 июля 1918 года, говорилось:
«Для успешной борьбы с возрастающей контрреволюцией на Восточном внутреннем фронте в связи с чехословацким выступлением Совет Народных Комиссаров поручает товарищу Лацису организовать при Совете Народных Комиссаров Чрезвычайную комиссию по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте.
Все комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Советах прифронтовой полосы непосредственно подчиняются ей».
Этот чекистский орган провел в короткий срок большую и полезную работу, способствовавшую стабилизации фронта, повышению боеспособности войск. Благодаря активным действиям чрезвычайной комиссии Восточного фронта были нанесены ощутимые удары по белогвардейской и меньшевистско-эсеровской контрреволюции, разгромлен и обезглавлен ряд ее подпольных организаций, устранены последствия предательства Муравьева.