Юношей выработал в себе Миклухо-Маклай органическое пренебрежение ко всякого рода «общепринятым» условностям и правилам «светскости», решительное нежелание тратить время, силы, внимание на дела суетные, пустые; предельную скромность и строгое самоограничение во всем, что касалось личных желаний и потребностей; неизменную внимательность к интересам и заботам других.
Люди подобного склада представляли характерный тип русской демократической молодежи 60-х годов. Из них выходили общественные деятели, писатели и публицисты, врачи, ученые, революционеры… Новые люди нужны были во всех сферах жизни. Миклухо-Маклая нетрудно вообразить и участником "хождения в народ", и членом подпольной революционной организации, и земским врачом… Глубокая внутренняя работа, совершавшаяся в нем в годы пребывания в Иене, привела его к бесповоротному решению — посвятить себя науке: той науке, которая, по словам Писарева, способна будить общественное мнение и направлена на благо человечества; науке, которая требует не повторений сказанного уже кем-то, не толкования фактов, извлекаемых из чужих книг, а самостоятельных наблюдений и анализа фактов, добытых собственноручно.
Путешественник-ученый — этот тип деятеля науки более всего увлекал Миклухо-Маклая; проникать в неизведанные места, открывать самому новое, наблюдать и наблюдать, собирать факт за фактом и самому их анализировать, сопоставлять, обобщать, опровергая кабинетные конструкции ученых, шаг за шагом воссоздавать мир, дотоле неведомый или искаженный ошибочными теориями.
Почему он выбрал Новую Гвинею?
Главное он сам сказал в статье, которую писал на борту «Витязя»: Новая Гвинея составляла почти не затронутую современной цивилизацией область первобытного мира. На первом плане Для него было — "выяснить антропологическое отношение папуасов к другим расам" и "определить распространение этой расы сравнительно с остальными племенами Тихого океана". Успешное решение этих задач Миклухо-Маклай видел не только в проведении собственно антропологических исследований, то есть в изучении папуасов со стороны физической, но и в широких исследованиях этнографических, то есть в сравнительном изучении всей культуры коренного населения.
О Новой Гвинее было написано уже немало — но как же отрывочны, неполны и ненадежны были знания о ней! О папуасах даже вроде бы серьезные ученые говорили подчас совершенно фантастические вещи. В тогдашних учебниках по антропологии можно было прочитать, что папуасы имеют якобы такие расовые признаки, каких нет у людей других рас (например, волосы у них будто бы растут пучками), и по этим признакам их следует ставить где-то между обычными людьми и их животными предками. Подобные теории были на руку работорговцам и охотникам до колониальных захватов. Между тем Миклухо-Маклай принадлежал к убежденным сторонникам единства человеческого вида; все люди, как бы ни разнились они по расовым признакам, от природы одинаковы и равны. Только ради того, чтобы фактами доказать правоту этих гуманных идей, Миклухо-Маклай готов был прожить на Новой Гвинее сколько понадобится.
Комплексная программа его исследований была рассчитана, во-первых, на многие годы и, во-вторых, на стационарную экспедиционную работу. Сначала Миклухо-Маклай намеревался фундаментально изучить папуасов одной части острова, затем для сравнения и проверки своих наблюдений и выводов побывать в других частях; после этого ему предстояло провести исследование других темнокожих народов, живших в глухих местах Малаккского полуострова, на Филиппинах и заселявших обширный район Океании — Меланезию. Ученый надеялся, что ему удастся также выяснить картину взаимодействия их с соседствующими народами Юго-Восточной Азии и Океании.