С августа 1937 года И.С. Исаков – командующий Балтийским флотом. В 1939–1946 годах – 1-й заместитель наркома ВМФ, в 1941–1943 годах – начальник Главного Морского штаба.
Осенью 1941 года И.С. Исаков под Шлиссельбургом контужен авиабомбой, теряет слух на левое ухо. В конце октября 1941 года, когда уже немцы перешли к осаде Ленинграда, Исаков отозван в Москву и послан Ставкой в Тбилиси для помощи командованию Черноморского флота и Закавказского военного округа в организации десантной операции на Керченский полуостров. Но в связи с нападением японцев на Пёрл-Харбор 8 декабря 1941 года отозван в Москву и послан на Дальний Восток для проверки боеготовности Тихоокеанского флота и его связи с фронтом. Затем (начало марта 1942 года) Исаков назначен в Краснодар – замкомфронта и членом Военного совета к маршалу Буденному.
Задача заключалась в координации действий Черноморского флота и фронта (включая оборону Севастополя и его питание из Новороссийска и Туапсе) и в руководстве 3 оперативной деятельностью Азовской военной флотилии, которая была подчинена непосредственно Краснодару.
С ликвидацией Северо-Кавказского фронта Исаков назначен в августе 1942 года на ту же должность в составе Закавказского фронта. Здесь прибавилось подчинение Каспийской военной флотилии и наблюдение за коммуникацией на Красноводск, через который шло питание не только фронта, но и Черноморского флота.
Морскую группу штаба Исаков имел в Тбилиси, но находился больше на кавказском побережье, сначала в Геленджике, а затем в Туапсе.
В мае 1943 года раненый адмирал был перевезен из Тбилиси в Москву и опять приступил к исполнению обязанностей 1-го заместителя наркома ВМФ.
…Хуже всего для нас той осенью 1942-го сложилось положение на центральном участке. Альпийские отряды немцев заняли перевалы Клухор, Санчаро, Марухский и кое-где прорвались на их южные скаты. В районе Эльбруса части дивизии «Эдельвейс» захватили Приют Одиннадцати, Чипер-Азау, Хотю-Тау. Создалась угроза прорыва противника к морю через высокогорные перевалы, так как центральный участок был прикрыт очень небольшими силами.
Следует сказать, что в этом была немалая доля вины командования и штаба Закавказского фронта, опрометчиво решивших, что перевалы сами по себе недоступны противнику. Лишь вмешательство Ставки исправило эту ошибку. В течение нескольких недель и здесь был создан решительный перелом. Этому способствовала произведенная перегруппировка. Войска, прикрывающие на важнейших направлениях перевалы, тропы, были усилены специальными высокогорными отрядами. Была налажена прерванная связь между отдельными отрядами, действующими в изолированных районах, налажена работа по снабжению войск боеприпасами, продовольствием и специальным высокогорным обмундированием. Благодаря этим и другим принятым мерам наши отряды отбросили немцев на север, а горные перевалы стали недоступными для врага.
Бои за отдельные тропы, плато и высоты приняли затяжной характер. Враг, везде наталкиваясь на упорное сопротивление, метался из стороны в сторону. Здесь обнаружился грубый просчет немецкого командования. Их попытка одновременно наступать на новороссийском, туапсинском, гудаутском, сухумском и грозненском направлениях, причем каждое, в свою очередь, распадалось на несколько дополнительных, привела к распылению сил немцев на тысячекилометровом фронте.
Здесь хотелось бы сказать о тактических приемах, применявшихся немцами на перевалах Кавказского хребта. Наиболее характерными из них, на мой взгляд, были
– продвижение вперед небольшими отрядами (взвод, рота, редко батальон), действовавшими самостоятельно;
– активная разведка на широком фронте в поисках проходов и обходных путей на фланги;
– наступление стремительное и, как правило, сопровождающееся охватом флангов и заходом в тыл нашим боевым порядкам;
– оборона – многоярусная, подковообразная. Огневые точки располагались на скатах высот, обращенных в нашу сторону, особенно на фланги. На перевальных точках хребтов и на тропах устанавливались станковые и ручные пулеметы, причем станковые – обыкновенно за вершинами высот или на самых вершинах, ручные же пулеметы – по скатам. Как те, так и другие имели укрытия каменной кладки;
– снайперы строили свои огневые позиции на внешних скатах ниже ручных пулеметчиков, а автоматчики – непосредственно у подножия высот, там же располагались дежурные стрелки;
– отдыхающие смены укрывались на обратных скатах;
– огонь открывали по отдельным бойцам только снайперы, редко – автоматчики, по мелким группам – дежурные пулеметы, на наступающие подразделения обрушивалась вся масса огня.
В обороне немцы широко применяли инженерные заграждения, преимущественно минирование.
Выброска воздушных десантов на перевалы широкого применения у них не имела. Из-за туманов самолеты могли летать через хребет очень редко. Кроме того, противник на опыте убедился, что эти десанты ничего реального не давали. Мы их быстро обнаруживали и уничтожали. Так было, например, с парашютным десантом до 40 человек в районе перевала Доу.