До XVII века в казачьих общинах действовали лишь часовни, или молельные дома, в которых богослужением занимались пожилые казаки, неспособные нести тяготы военной жизни. Богослужение, помимо пожилых казаков вели пришлые служители культа, потому что на Дон шло безместное духовенство («крестцовые попы», т. е. находящиеся на распутье). Но это не могло удовлетворить Дон, и поэтому священнослужителей выбирали на кругу. Казенное православие с трудом утверждалось на Дону. Только в XVII в. казачьи земли официально вошли в состав патриарших областей. Первым известным по историческим документам храмом Дона стал деревянный «Собор Воскресенья Христова», который был построен в Черкаске в 1652 г. Каменный собор в Черкаске возведен в 1706 г.
По мнению современного исследователя Б.Н. Проценко, наиболее почитаемым персонажем христианства на Дону была Богородица, о чем наглядно свидетельствуют не только многочисленные «богородичные» храмы на Дону, но и тексты донских заговоров, в которых Богородица упоминается гораздо чаще, чем Иисус Христос и другие святые. Войсковым праздником донских казаков является праздник «Покрова Пресвятой Богородицы», который отмечается 14 октября.
После раскола православной церкви в XVII в. на Дон пошли старообрядцы. В одной из грамот 1675 года упоминается: «На реке Медведице, от Дона реки, в дальнем месте поставлен вновь городок, а в нем старцы с 300 человек, и много у них женок и девок и ружей».
Поэтому во многих станицах, наряду с храмами официальной православной церкви, одновременно функционировали часовни раскольников (староверов). Одна такая часовня действовала, например, в Рыковской станице Черкаского городка в 1687 г. Старообрядчество, в силу своей близости к ценностям донской народной культуры, сумело на Дону пустить очень глубокие корни. Под давлением официальной церкви старообрядцы уходили на юг, на Куму, Кубань и Терек. В начале XVIII в., после разгрома булавинского восстания, около 70 тысяч казаков и их семей под предводительством атамана Игната Некрасова ушли на Кубань, а затем в турецкие владения, чтобы сохранить верность дониконовским обрядам.
На Кубани некрасовцы расселились от устья реки Лабы до Таманского полуострова, основали казачью общину – Войско Кубанское, – имевшую свои законы общественного устройства, своеобразную конституцию, которую называют «Заветы Игната». В Войске Кубанском были две крайне противоположные группы людей по духу и политическим целям. Первые – некрасовцы, участники булавинского восстания, вторые – раскольники (пришли на Кубань с Левкой Монациким в 1688 г.) и позднейшие выходцы из России, принявшие имя некрасовцев. Цель первых – борьба за демократические формы общежития, экономические и политические свободы. Цель вторых – сохранение старой веры. Совместная жизнь обеих групп продолжалась до 1740 г.
Последователи Игната Некрасова держались завета «Царизме не покоряться, при царизме в Росею не возвертаться». Они отклонили несколько предложений царицы Анны Иоанновны (1735–1739) о возвращении в Россию. Тогда императрица послала против них войска под командованием донского атамана Фролова. В сражении с царскими войсками в 1737 г. погиб Игнат Федорович Некрасов. После его смерти и новых походов царских войск начался распад Войска Кубанского, некрасовцы в 1740 г. уходят на Дунай, раскольники остаются на Кубани.
В 80-х годах XVIII в. русские завоевали Крым, Измаил и подошли к Дунаю, где обосновались некрасовцы. Чтобы не лишиться свободы, некрасовцы покидают Добруджинскую область и переселяются на побережье Эгейского моря в устье реки Энс, а также на озеро Майнос (Турция в 30 километрах от Мраморного моря); на Дунае остались кубанские раскольники, которые пришли с Кубани в 1778 г. С этого времени определились две ветви некрасовцев: майносская и дунайская. Некрасовцы дунайской ветви (впоследствии стали называться «дунаками», «липованами») принимали к себе всех, кто бежал от царской и помещичьей неволи. Они ассимилировались с позднейшими выходцами из России и утратили заветы некрасовской общины и ее обычаи. Некрасовцы майносской ветви жили вдали от русских границ, в чуждом окружении, изолированно, замкнуто. Это создавало условия для сохранения общины, какой она была на Дону, культуры и религии предков.
Жили некрасовцы Майноса самостоятельно до 40-х годов XIX в., до тех пор, пока турецкое правительство за отказ их служить в турецкой армии и участвовать в войнах не стало вмешиваться во внутренние дела общины. Незанятые участки правительство стало продавать, что привело к разделению членов казачьей общины на рыбаков и земледельцев. С появлением собственности на землю произошло экономическое и социальное расслоение. Демократические основы рушились, вместе с этим нарушались «Заветы Игната», казак на казака стал работать.