Однако реализация соглашения в Лина-Маркусси натолкнулась на серьезные трудности. Считая его условия для себя невыгодными, Гбагбо попытался изменить баланс сил в свою пользу. Хотя 10 февраля 2003 г. он и назначил премьер-министром близкого к оппозиции беспартийного бизнесмена Сейду Диарра, сформировавшего многопартийное правительство с участием пяти представителей повстанцев, ему удалось добиться того, что посты министров обороны и внутренних дел были отданы не им (как требовало соглашение), а «политически нейтральным лицам». Режим инициировал пропагандистскую кампанию против Франции, которую проправительственные СМИ стали обвинять в пособничестве повстанцам. С начала января 2003 г. в Абиджане периодически происходили антифранцузские демонстрации с требованием вывода корпуса «Единорог», и совершались акты насилия, организаторами которых была гбагбистская молодежная милиция «Молодые патриоты», – нападения на французские учреждения (посольство, школы) и французских граждан, в том числе и журналистов. 23 октября 2003 г. ивуарийский полицейский застрелил корреспондента МФР Жана Элена, 16 апреля 2004 г. исчез франко-канадский журналист Ги-Андре Кьеффер, тело которого так и не было найдено. Уже в январе 2003 г. МИД Франции призвал всех французских граждан, «чье присутствие не является необходимым», покинуть Кот-д’Ивуар, а в конце года были закрыты все французские школы.
Режим неоднократно нарушал соглашение о прекращении огня. В начале марта 2003 г. армия возобновила военные действия против ИНДВЗ и ДСМ и 7 марта попыталась овладеть городом Банголо. Бои на западе утихли только после подписания 3 мая общего соглашения о прекращении огня между правительством и повстанцами. Хотя 6 августа парламент принял закон об амнистии за политические преступления, уже в конце августа власти арестовали группу видных противников режима по обвинению в подготовке покушения на президента. 23 сентября три группировки повстанцев, объединившиеся в движение «Новые силы», вышли из правительства, обвинив Гбагбо в блокировании мирного процесса.
Оппозиция настаивала на скорейшем установлении даты президентских и парламентских выборов, тогда как сторонники Гбагбо требовали быстрейшего разоружения повстанцев. В стране царило насилие и беззаконие; от 800 тыс. до 1,5 млн ивуарийцев стали беженцами. Международные организации сообщали о многочисленных случаях массовых и бессудных казней, пыток, изнасилований, незаконных и тайных арестов, исчезновениях людей, преследовании независимых журналистов как на севере, так и на юге. В правительственной зоне в этих преступлениях оказались замешаны лица из ближайшего окружения Гбагбо, в том числе его жена Симона; вооруженная милиция совершала нападения на мигрантов из других стран Западной Африки, полиция и армия неоднократно использовали огнестрельное оружие для разгона оппозиционных демонстраций. В повстанческой зоне периодически вспыхивали бои между различными вооруженными группировками.
Некоторое ослабление политической напряженности в конце 2003 – начале 2004 г. оказалось недолговечным. 25 марта 2004 г. армейские подразделения расстреляли в Абиджане мирную демонстрацию оппозиции; было убито не менее 120 человек, 274 было ранено. Это вызвало новый политический кризис: все оппозиционные партии и «Новые силы» приостановили свое участие в правительстве; в июле было сорвано принятие нового закона о гражданстве. Только под давлением ЭКОВАС и Африканского союза 30 июля в Аккре было подписано новое соглашение, установившее «календарь политических реформ»: принятие всех необходимых законов до конца августа 2004 г., начало процесса разоружения и демобилизации повстанцев и всех полувоенных и милицейских формирований до 15 октября 2004 г., проведение выборов президента в октябре 2005 г., восстановление нормальной деятельности Правительства национального примирения в течение недели. Это позволило возобновить в начале августа деятельность коалиционного правительства. Однако в сентябре парламент не принял ни одного из 10 запланированных законов, а Гбагбо категорически выступил против изменения Гл. 35 Конституции. В ответ 13 октября «Новые силы» отказались приступить к разоружению. 28 октября Соро объявил на севере чрезвычайное положение и призвал представителей «Новых сил» покинуть правительство.