Коннолли не признал свою вину и был выпущен под залог в 200 тысяч долларов. Обвинители предупредили его, что следствие еще не закончено. Приступая к расследованию, генеральный прокурор Дженет Рено постаралась обойтись без разлагающего влияния бостонского юридического сообщества и назначила ответственным за весь процесс федерального прокурора штата Коннектикут Джона Дархема. Дархем подобрал команду следователей из разных частей страны, и они приступили к выяснению того, как такие ужасы могли произойти.
Рено также инициировала полный пересмотр инструкций по курированию информаторов. Обновленный свод правил был представлен публике в начале 2001 года, когда администрация Клинтона покидала Белый дом. Всячески стараясь избежать повторения бостонского «сценария» и максимально детализировать инструкции, новые правила требовали, чтобы ФБР предоставляло данные о своих информаторах федеральным прокурорам. Особым распоряжением запрещалось внеслужебное общение с информаторами или принятие от них подарков – черты, столь характерные для сделки с Балджером. Разосланные по всей стране, полностью переработанные инструкции на сорока страницах были, по замечанию одного из адвокатов, «самым необходимым и важным последствием» федерального расследования ранее скрытых под грифом секретности методов работы ФБР с информаторами.
Тем временем ряд событий, начавшихся в конце 1999 года, способствовал закату эры Балджера.
Сделка Джона Марторано с правосудием стала достоянием общественности, когда в сентябре 1999 года он появился в зале суда и спокойно, как будто речь шла о чем-то обыденном, признался в заказных убийствах десятерых человек, заказчиками которых он назвал Балджера и Флемми. В обмен на это признание, а также на другие показания против Балджера, Флемми и агентов ФБР прокуроры постановили назначить ему наказание в виде пятнадцати лет лишения свободы. Эту сделку посчитали неоднозначной, нарекания вызвало слишком мягкое наказание, назначенное хладнокровному убийце. Прокурор Дональд Штерн признал, что заключение сделок с убийцами отвратительно, но также отметил, что еще более отвратительно не заключить такую сделку и не получить улики, изобличающие Балджера и Флемми. Марторано обвинил Балджера в трех убийствах, а Флемми – в шести.
Затем, в начале декабря 1999 года, свой вклад внес Фрэнк «Кадиллак» Салемме. Он признал свою вину в организации нелегального бизнеса, которым занимался совместно с бандой Балджера с целью взять под контроль преступный мир Бостона. В обмен на это признание прокуроры согласились снять с него обвинения в убийстве. Сделка не требовала от Салемме никаких дополнительных признаний, но он добровольно выступил на процессе против Коннолли с показаниями, изобличающими бывшего агента ФБР. Вышак и Кардинале подали совместное прошение о том, чтобы назначить Салемме наказание в виде лишения свободы сроком от десяти до тринадцати лет. С учетом пяти лет, которые он отсидел, находясь под следствием, он мог выйти на свободу уже через шесть лет. Судья Вулф удовлетворил это прошение 23 февраля 2000 года. «Он устал сражаться, – скажет потом Кардинале, добавив, что его клиент также хотел наконец избавиться от необходимости видеть Флемми. – Фрэнк больше ни секунды не хотел находиться рядом с Флемми». Адвокат Флемми, Кен Фишман, попытался состроить «хорошую мину при плохой игре» и мрачно пошутил: «Со своей стороны, мы довольны тем, что теперь зал судебных заседаний полностью в нашем распоряжении».
В отсутствие Балджера его банда на глазах теряла контроль над городом, особенно после осуждения двух его «лейтенантов». «Два Кевина»: Кевин Уикс сорока трех лет и Кевин О’Нил пятидесяти одного года были признаны виновными в вымогательстве, получении доли от торговцев наркотиками и нелегальных ставках в течение 20 лет. Они были также признаны виновными вместе с Балджером и Флемми в отъеме магазина алкогольных напитков у семьи Рейксов и вымогательстве у Рэймонда Слингера. Особо отмечалось, что О’Нил в течение долгого времени управлял баром «Три О», который один из журналистов назвал «Кровавой баней». Уикс обвинялся в выполнении приказаний Балджера по осуществлению ежедневной преступной деятельности банды, поскольку Балджер связывался с ним по телефону как в разных местах города, так и в домах их общих друзей.
Кевин Уикс ожидаемо до последнего стоял на стороне Балджера. Он так и остался «парнем с района», даже появившись в смокинге в 1998 году на вечеринке в ресторане «Эл-стрит таверн», чтобы отметить номинацию на премию «Оскар» фильма «Умница Уилл Хантинг», снимавшегося в Саути. Рядом с Кевином в зале суда 18 ноября 1999 года находился адвокат Том Финнерти, старинный друг и деловой партнер Билли Балджера. Уикс не признал себя виновным, а у выхода из зала суда повернулся к колумнисту «Бостон Геральд» Хоуи Карру и сказал ему: «Подобрее, Хоуи. Повежливее».