Роль флотилий в военных действиях зависела от величины озер и рек, экономической важности прилегающих к ним районов, а также от продолжительности периода ведения боевых действий.
В конце августа противник овладел Пушкиным, Гатчиной, Красным Селом и вышел к Финскому заливу между Лигово и Петергофом. Ему также удалось занять Мгу, находившуюся южнее Ладожского озера. Таким образом, была перерезана последняя железная дорога, соединявшая Ленинград со страной.
В начале сентября немецкие войска заняли Петрокрепость и вышли на южный берег Ладожского озера, отрезав все сухопутные подступы к городу. Началась блокада Ленинграда.
25 июня 1941 г. приказом наркома ВМФ была сформирована Ладожская военная флотилия, принявшая активное участие в боевых действиях.
5 июля 1941 г. в состав флотилии вошла отдельная стрелковая рота морской пехоты в составе трех стрелковых взводов, одного пулеметного и одного минометного взводов (всего 194 чел.).
В это же время флотилии была передана формирующаяся 4-я отдельная бригада морской пехоты, пятый батальон которой закончил формирование в середине августа. К 13 августа этот батальон занял остров Коневец. Ладожская флотилия получила задачу: содействовать Южной оперативной группе 7-й отдельной армии.
Корабли флотилии в ходе боев 23 и 24 июля вели артиллерийский огонь по проходившей вдоль берега дороге, воспрещая передвижение по ней войск противника. После отхода частей Южной оперативной группы корабли заняли позицию в устье р. Тулокса. Высадка десанта в сложившейся обстановке была нецелесообразной вследствие значительного превосходства сил противника, поэтому она была отменена.
С целью нанесения удара в тыл противника зам. главнокомандующего войсками Северо-Западного направления приказал высадить десант на остров Лункулансари. 24 июля на остров был высажен 1-й батальон 4-й отдельной бригады морской пехоты. Противник оказал десанту слабое сопротивление и начал отходить в глубь острова. Однако на следующие сутки он перебросил свои силы на остров по наведенным с материка переправам и оттеснил десант на участок высадки, где его остатки были сняты кораблями флотилии. 26 июля была произведена высадка 2-го батальона 4-й бригады морской пехоты на остров Мантсинсари. Высадка батальона осуществлялась на двух участках. 1-я и 2-я роты с командованием батальона, двумя пулеметными взводами и четырьмя 45-мм орудиями высадились в заливе Лонкайп-лахти, 3-я рота с пулеметным взводом и двумя 45-мм орудиями — в заливе Руско-лахти. В течение двухдневных боев десант проявил исключительное упорство. Однако слабое управление, отсутствие опыта и неблагоприятные метеорологические условия помешали ему выполнить поставленную задачу. Основными причинами неудачных действий десанта явилось отсутствие взаимодействия с 7-й армией и кораблями флотилии и, как следствие этого, отсутствие артиллерийской поддержки действий десанта на берегу. Сказалась также неподготовленность личного состава к боевым действиям в условиях сильного противодействия противника и неудовлетворительное тыловое обеспечение.
Тем не менее, действия десанта вынудили противника направить для борьбы с ним значительные силы, что облегчило положение Южной оперативной группы, позволив ей закрепиться и удержать рубеж р. Тулокса.
Военный Совет Северо-Западного направления, учитывая неблагоприятно складывающуюся обстановку, значительно усилил Ладожскую флотилию. С 3 по 8 августа в ее состав были переданы: тральщик, канонерская лодка «Сестрорецк», 2 сторожевых катера «КМ», 6 бронекатеров и 20 сторожевых катеров типа «МО». Кроме того, во флотилии был сформирован отряд транспортов в составе 10 единиц и увеличена авиаэскадрилья до 24 самолетов (9 СБ, 9 И-155 и 6 МБР-2). Остров Валаам с прилегающими к нему Боевыми и Крестовыми островами, а также острова Хейнесинма и о. Коневец были заняты частями 4-й отдельной бригады морской пехоты со средствами усиления, переброшенными флотилией из Шлиссельбурга.
Следует отметить, что в составе Ладожской флотилии, как и на всем флоте, отсутствовали специальные десантно-высадочные средства для перевозки и высадки (выгрузки) личного состава, орудий, танков и другой боевой техники. Поэтому 12 августа в Приозерске саперами 19-го стрелкового корпуса под руководством флагманского механика флотилии было начато оборудование восьми барж. Несколько барж с настилами были переоборудованы на о. Валаам силами личного состава 4-й ОБРМП.
31 августа командующий флотилией приказал перебросить часть сил 4-й ОБРМП с о. Валаам для обороны Петрокрепости. Перевезенный кораблями флотилии 4-й батальон бригады был сразу же направлен для обороны южных подступов к Петрокрепости, где уже заняла основные позиции батарея 122-мм гаубиц.
7 сентября 4-й батальон 4-й ОБРМП был передан в подчинение командира 1-й дивизии НКВД. На следующий день части дивизии, прикрываемые батальоном, отошли к Синявино, а затем к Назии.
В этих боях батальон 4-й ОБРМП проявил стойкость и мужество, понес значительные потери, но выполнил поставленную задачу.