Главным художественным акцентом в храме был иконостас (не сохранился). Но уцелевшие иконографические материалы позволяют в его резьбе проследить стилистическую эволюцию украинского искусства, которая идет в направлении все большей легкости и ажурности резьбы и динамичности композиции. Структурой он тесно связан с архитектурой интерьера. Украшая интерьер Троицкого собора, Баптист уделял внимание не только главному — иконостасу, но и второстепенным деталям, вплоть до оформления дверей. На одной из них, ведущей в ризницу, сохранилась древняя оковка (ил. 56). Она выполнена в лучших традициях ювелирного искусства, напоминает своим прорезным орнаментом оклады евангелий и является превосходным образцом кузнечного искусства XVII в. Высокое мастерство в прорисовке и компоновке ажурного рисунка этой оковки заставляет подозревать участие в ее создании самого мастера, возводившего храм.
К югу от Троицкого собора находится трапезная, возведенная в 1677–1679 гг. (ил. 57). В украинской архитектуре тип подобного сооружения выработался, вероятно, уже в XV–XVI вв. В зависимости от наличия опорных столбов в конструкции их перекрытия обширные трапезные палаты бывали бесстолпные, одностолпные или двухстолпные. Главной частью трапезной церкви всегда являлся обеденный зал, к которому примыкала с одной стороны церковь, а с другой — кухня с подсобными помещениями. Подобную планировку имеет и трапезная Троицкого монастыря. Церковь, обеденный зал, сени и часть подсобных помещений расположены в одну линию, благодаря чему одноэтажный корпус получился вытянутым. Статичность его горизонтального объема нарушается двумя вертикалями барочных куполов, венчающих церковь. Архитектура трапезной решена теми же средствами, что и в доме Лизогуба. Здесь с такой же последовательностью и логикой во внешнем убранстве выявлено функциональное назначение каждой части здания. Так, главное помещение — обеденный зал — выделено сильным и выразительным ритмом полуколонок, чередующихся с заглубленными, подобно амбразурам, окнами. Объем церкви имеет другой шаг полуколонок, причем неодинаковый на фасадах апсиды и нефа. Архитектура сеней и подсобных пристроек носит скромный характер: здесь плоские пилястры не сильно выступают за поле стены. Но при всех вариациях в частностях художественный облик трапезной отличается цельностью и большой выразительностью.
В интерьере она скромна и интимна. Это достигается не только благодаря пропорциям, но и деталям. Перекрытый полуциркульным сводом обеденный зал кажется очень просторным. Незамысловатый декор хорошо оттеняет его простоту и уют. Изящные бусинки окаймляют гурты распалубок и картуши на потолке, вокруг которых расположены, чередуясь, розетки и стилизованные солнца — древние символы огня и жизни.
Полуциркульный свод трапезной определил композицию иконостаса, который примыкал к стене с арочными проемами, разделявшими неф храма и апсиду. Он имел всего четыре яруса. Симметричность его усиливалась выделением оси царских врат и главной иконы над ними. Начиная со второго яруса, иконы располагались по изгибу, приподнятому к центру.
Если обеденный зал имеет вид замкнутого, масштабного по отношению к человеку целого, то церковь выглядит внушительнее благодаря высотно раскрытому пространству купола. Впечатление простора усиливается здесь также и тем, что барабан купола равен по ширине всему нефу храма. Поэтому купол, хотя и невелик в абсолютных размерах, кажется огромным.