Оставив Бухару в руинах, Чингисхан по долине Согдианы направился к Самарканду. Предатели открыли ему ворота и без боя сдали город. Так же поступили и в городе Балхе. Но ни в том, ни в другом случае добровольная сдача не спасла жителей города от насилия и грабежа. Дальше Самарканда Чингисхан не пошел, но отправил Тули с семидесятитысячной армией взять Хоросан, а два летучих отряда во главе с Джебе и Субедеем–багатуром преследовали Мухаммеда, который скрылся в Нишапуре. Проигравший войну и не имеющий поддержки Мухаммед бежал к Каспийскому морю, где в прибрежной деревушке Астара и умер от приступа пневмонии, передав власть своему сыну Джелал–ад–Дину. Тем временем Тули вместе со своим войском вошел в провинцию Хоросан и взял штурмом Нессу, после чего появился перед крепостными стенами Мерва. Воспользовавшись изменой жителей города, монголы захватили его и по свойственной им манере разграбили и сожгли город. Из Мерва Тули отправился в Нишапур, где столкнулся с чрезвычайно упорным сопротивлением. Четыре дня жители отчаянно сражались на стенах и улицах города, но силы были неравные; город был взят, и, за исключением четырехсот ремесленников, оставленных в живых и отправленных в Монголию, остальные мужчины, женщины и дети были зверски убиты. Герат избежал судьбы Мерва и Нишапура, открыв свои ворота монголам. На этом этапе своего продвижения по городам Азии Тули получил приказ от отца присоединиться к его армии в Бадахшане. Чингисхан собирался после небольшого перерыва, во время которого он захватил Газни, возобновить преследование Джелал–ад–Дина. Получив подкрепление, Чингисхан настиг Джелал–ад–Дина, который со своими турками укрепился на берегу реки Инд. Хотя войска Чингисхана сильно превосходили армию Джелал–ад–Дина по численности, турки фанатично защищались. Только когда монголы разгромили их наголову, фактически уничтожив почти всех, оставшиеся в живых в смятении бежали. Джелал–ад–Дин, видя, что битва проиграна, вскочил на свежего коня, погнал его к реке недалеко от поля битвы и бросился в воду. С восхищением смотрел Чингисхан на этот отчаянный поступок своего врага и без сожаления увидел, как вынырнувший всадник выбрался на противоположный берег. Некоторое время спустя Чингисхан снова пошел по следам Джелал–ад–Дина, бежавшего на этот раз в Дели, но, поняв, что тот неуловим, монголы вернулись в Газни, по дороге опустошив провинции Лахор, Пешавар и Меликпур. Здесь Чингисхану сообщили о том, что жители Герата свергли правителя, которого назначил Тули, и на его место поставили своего человека. Чтобы подавить восстание, Чингисхан отправил армию в восемьдесят тысяч человек. После шестимесячной осады Герат был взят. Целую неделю не прекращались убийства, пожары и грабежи. По свидетельству очевидцев, 1 600 ООО человек были замурованы в стены города. Отомстив, Чингисхан вернулся в Монголию через Балх, Бухару и Самарканд.