Скрипаль, познавший на себе, что такое рыночная экономика, прежде чем сдать своих бывших коллег, решил поторговаться. В конечном итоге они сошлись на том, что ежегодная шпионская ставка должна составить 10 тысяч долларов в год, а особо ценные материалы будут оплачиваться по отдельной статье. В заключение явки ими были обговорены технические приемы зашифровки информации, согласованы способы связи и определено место будущей встречи. Свой выбор они остановили на Мальте. Стивен предложил провести явку 3 июля 2000 года в двенадцать часов в городе Слим. Запасная встреча была запланирована там же на восемнадцать часов. На экстренный случай британский разведчик разрешил Скрипалю воспользоваться телефоном гибралтарской фирмы Идальго. В качестве очередного задания он поручил подготовить более подробную информацию по сотрудникам резидентур СВР и ГРУ в Испании, а чтобы подогреть интерес Скрипаля к работе в качестве аванса выдал две тысячи долларов.
Спустя четыре месяца, 1 июня 2000 года, Скрипаль вместе с супругой и дочерью вылетел на Мальту. Отец-шпион, супруг-шпион цинично использовал своих близких в качестве прикрытия от российской контрразведки, рассчитывая, что семейная поездка не привлечет ее внимания. В то время как жена с дочерью беззаботно предавались отдыху, он, словно заяц, петлял по узким средневековым улочкам города, пытаясь выявить за собой слежку. За два дня ему так и не удалось обнаружить ее следов, и 3 июня 2000 года ровно в полдень шпион засветился на месте явки.
Как всегда, его ждал обед за счет британской разведки и любезный до приторности Стивен. Позволив Скрипалю, с утра нагулявшему аппетит, утолить голод, он перешел к делу: передал 20 листов тайнописной копировальной бумаги, спецблокнот на 80 листов и объяснил, как ими пользоваться. После этого Стивен провел подробный опрос по предыдущей информации, уточнил характер деятельности ряда сотрудников резидентуры ГРУ в Испании. В качестве очередного задания он поручил Скрипалю собрать данные, касающиеся структуры центрального аппарата ГРУ, а также на отдельных должностных лиц одного из управлений, а в завершение беседы предостерег от крупных трат и излишней активности при сборе материалов, которые бы могли привлечь внимание ФСБ.
По возвращении в Москву Скрипаль возобновил шпионскую деятельность. Под различными предлогами он выходил на старые связи в аппарате ГРУ и в беседах с ними пытался получить интересующую британскую разведку информацию. Такая повышенная активность пенсионера, в недавнем прошлом важного секретоносителя, и его дорогостоящие поездки за границу не остались без внимания контрразведки. Не ввели ее в заблуждение и попытки Скрипаля прикрыть свою шпионскую деятельность якобы занятием бизнесом с испанскими партнерами.
В ходе проведения оперативно-розыскных мероприятий, санкционированных судом, контрразведчиками были выявлены новые и весьма любопытные факты: Скрипаль, действительно, имел денежные счета в зарубежных банках, и, что самое любопытное, они были открыты во время прохождения им службы в ГРУ. Но самое интересное контрразведчиков ждало впереди: с 1996 года неизвестный благодетель регулярно перечислял на эти счета 3 тысячи долларов. «Опытные охотники» на шпионов поняли, с кем имеют дело — так оплачивались услуги особого рода.
Этому их предположению вскоре нашлось и материальное подтверждение. При проверке недвижимости, числящейся за семьей Скрипаля, было установлено, что за несколько лет она совершила ряд дорогостоящих приобретений. В частности, в 1999 году для сына была куплена трехкомнатная квартира в Москве, произведен дорогостоящий ремонт в собственной квартире, приобретена дача в Тверской области, а также автомобиль. В то время когда зарплата полковника, пусть даже ГРУ, составляла около семисот долларов. Вероятность того, что эти покупки могли быть сделаны на средства жены и сына, исключалась: их доходы не превышали доходов среднестатистического москвича.
Анализ всей совокупности этих и других данных заставил контрразведчиков предположить, что они имеют дело с агентом, работающим ни один год на иностранную спецслужбу, которая и после увольнения из ГРУ не списала его со своего «шпионского счета».
В октябре 2004 года подозрения в проведении Скрипалем враждебной деятельности еще больше усилила новая оперативная информация. Неожиданно даже для семьи он решил срочно отправиться на отдых в далеко не курортный турецкий город Измир и заказал места в гостинице, расположенной неподалеку от отеля «Хилтон», где традиционно останавливались туристы из Великобритании. Столь поспешный отъезд Скрипаля в Турцию заставил предположить контрразведчиков: МИ-6 срочно вызывает своего агента на явку. И тот, бросив все, кинулся за очередной денежной подачкой. Контрразведчиков не ввел в заблуждение его совместный с женой выезд. Та не подозревала, что ее используют для прикрытия шпионских дел.