На выезде из Москвы Филипп разминулся с всадником. То был опричный воин-гонец. Он мчал в Москву к Басманову с повелением царя Ивана, в коем решалась судьба боярина и конюшего Ивана Фёдорова. Велено было тайно вывезти его в Коломну и там заточить в крепостной каземат под суровый надзор. Филипп ещё не ведал того, что там, в Коломне, по воле Ивана Грозного вовсю зверствовала опричная сотня Григория Ловчикова. И в тот час, когда Фёдорова повезли из Москвы, в его вотчине были схвачены и заключены в казематы крепости кравчий Тимофей Собакин, дьяк Семён Антонов, конюх татарин Янтуган Бахмет и более двадцати челядинцев боярина. Заточили в казематы и сродников Фёдорова: боярина Александра Колина и дьяка Кузьму Владыкина. Все они были обречены Иваном Грозным на лютую казнь.
В четыре часа утра в Тайнинском уже никто не спал. Дымились трубы в поварне, повара готовили трапезу, конюхи чистили царских лошадей, Фёдор Басманов с молодыми псарями травили гусем голодного медведя — всё шло заведённым порядком. Сам царь с думным дьяком Посольского приказа Иваном Висковатым писал литовскому королю Сигизмунду Августу грамоту, в коей уличал его в пособничестве заговору против царского престола России.
Раннее появление митрополита в Тайнинском озадачило Ивана Грозного.
— Что там в Москве случилось, коль прыткий так рано примчал? — спросил царь думного дьяка.
— Да, может, по пустякам себя тешит. Иного-то ему и не дано, — ответил Висковатый.
— Поди так, — молвил царь и лишь через час принял митрополита.
Филипп вошёл в царский покой с уставщиком Ионой Шилиным. Иван Грозный уставился на него с удивлением и, забыв получить от митрополита благословение, зло крикнул:
— Зачем козла-послуха привёл? В шею его выгони!
Иона не дрогнул, смотрел на царя без страха. Филипп же сказал:
— Не обессудь, великий государь. Мы поговорим, а он запомнит, потому как разговор вельми важный. И думный дьяк пусть побудет с нами. Ему тоже суть беседы важно знать.
— Со своим уставом пришёл, владыка. Ан в чужой монастырь так не ходят.
— Владыке, государь, все монастыри подвластны.
— Остер! Говори же, что привело. — Царь нервно ходил из угла в угол покоя и смотрел под ноги, словно что-то искал на персидском ковре.
— Говорю, великий государь. Ведомо мне, что вчера к полуночи взят под стражу в другой раз глава Земской думы, конюший, воевода, боярин Иван Петрович Фёдоров. Он же аки чистый родник, не замутнён крамолой, он верный слуга отечества.
— Но не царя и великого князя всея Руси! — крикнул Иван Грозный.
— Он верный слуга россиян и служит во благо царя и отечества, — твёрдо повторил Филипп. — Потому, государь-батюшка, сын мой, повели своим людям отпустить его с миром. — Митрополит говорил сдержанно и тихо. Но царю всё равно не понравилась речь Филиппа.
— Ты говоришь «чистый родник»? А мне ведомо другое. Он в сговоре с любезным тебе князем Владимиром Старицким и готовил с ним против меня бунт. Потому расправы ни ему, ни всем заговорщикам не миновать. И тебе — тоже! Вижу, ты готов содеять клятвопреступление! Зачем вмешиваешься в мой домовый обиход и дела опричнины?
— Казнь Фёдорова во благо токмо опричникам, но не тебе, великий государь, и не России, — ответил Филипп.
Митрополит лишь значительно позже узнает, какую иезуитскую уловку измыслил Иван Грозный, дабы одним махом избавиться от многих своих явных, а больше мнимых врагов.
Как-то в конце лета Иван Грозный примчал в Старицы, дабы закончить передел Старицкого удела в пользу опричнины. Князь Владимир тому сопротивлялся, но царь был ласков с братом, одарил его волостью под Тверью, сделал богатый вклад в Покровский монастырь и сам попросил князя Владимира отпустить с ним в Москву великосхимника Иова. Потом слёзно пожаловался на горькую судьбу:
— На Руси меня поедом едят бояре. Посему был я, братец Владимир, в Кирилло-Белозерском монастыре и думаю в близкое время уйти от мира да в той славной обители бренные дни дожить. А ежели и там покоя не найду, братец любезный, попрошу королеву аглицкую Елисавету приют мне и чадам моим дать.
— Полно, царь-батюшка, брат мой любезный, печаловаться. Царство под тобой крепко стоит.
— Как же оно может стоять, ежели благожелателей у меня нет? Да и ты не устоишь без них, как оставлю тебе трон.