Известно, что церковь находилась здесь в 1638 г., а по книге 1657 г. она названа каменной, но со временем пришла в ветхость. Новое здание церкви было выстроено женой окольничего И. И. Чирикова Евдокией Абрамовной, дочерью Абрама Никитича Лопухина. Она, «сетуя безутешно о кончине дочери своей Неонилы, в цвете лет своих скончавшейся, заложила 1696 года апреля 1-го ныне видимый нам храм и на отстроение оного употребляла изготовленное для замужества дочернее приданое», — рассказывает историк А. Ф. Малиновский. В трапезной — придельные храмы Владимирской Божьей Матери (одновременный храму) и Дмитрия Ростовского, освященный в 1757 г.; колокольня относится к середине XVIII в. Это типичный образец «нарышкинского барокко» с его композицией восьмериков на четверике, сочетанием белых орнаментальных деталей и кирпичных стен, резных наличников, угловых колонок.
По словам автора «Очерков Москвы», опубликованных в «Историческом журнале» в 1893 г. Д. А. Покровского, в прошлом веке Троицкая церковь славилась своей феноменальной бедностью, ибо приход ее был небольшой, да в нем жило и немало иноверцев: «Митрополит Филарет, до тонкости знавший материальные обстоятельства подведомаго ему духовенства, обнаружил и в этом отношении редкую находчивость, и даже этим печальным фактом церковно-приходского обнищания сумел воспользоваться ради административно-епархиальных целей: наметив несколько таких убогих приходов в разных уголках столицы (кроме Троицкого Хохлов ского, подобною же нищетою славились приходы: Рождества в Симонове, Николы в Котельниках, Покрова в Голиках, Климента на Пятницкой, Рождества в Лужниках (Девичьих), — он надумал обратить их как бы в исправительные колонии для тех членов своего клира, которые своею жизнию и поведением или какими-либо служебными проступками навлекали на себя его начальническое неудовольствие. Чуть в чем-либо проштрафился священник или дьякон какого-либо богатого прихода, но уж ненастолько, чтобы стоило принимать относительно его радикальные меры, митрополит тотчас прописывал ему паллиатив в форме перевода в какой-нибудь из таких вот приходов. Лекарство в большинстве случаев действовало отлично: сразу заметив, что за его единоличные грехи расплачивается вся семья, наказанный образумливался, начинал вести примерную жизнь и, помаявшись годик-другой на голодном положении, у того же митрополита перепрашивался на другое, более доходное место. Не один факт подобного рода знаем мы из тогдашней жизни московского духовенства».
Троицкая церковь дожила до советского времени, и только в мае 1935 г. ее передали Музею антропологии МГУ для размещения больших остеологических и археологических коллекций. Впоследствии в здании находились различные учреждения, а в 1991 г. там возобновили службы. В ходе реставрации над куполом поставлен прекрасной работы крест, восстановлены наличники, вновь засияли изразцы, выполненные, возможно, знаменитым мастером Степаном Полубесом.
На противоположной стороне переулка сохранился любопытный памятник XVII в. — каменные палаты (№ 7), выстроенные «глаголем» (то есть в виде буквы «г»), принадлежавшие дьяку Емельяну Украинцеву, известному дипломату петровского времени, возведенные им, по всей вероятности, в конце 1680-х — начале 1690-х гг.
Он еще молодым стал приказным дьяком, потом перешел на дипломатическую службу, где проявил недюжинные способности: он выполнял множество важных поручений, отправляясь в Швецию, Польшу, Данию, Голландию. В 1681 г. Украинцев получил один из высших чинов в Московском государстве — думного дьяка и долгое время руководил внешней политикой. В 1689–1699 гг. он управлял Посольским приказом. В «Дневнике путешествия в Московское государство… в 1698 г.», который вел секретарь посольства Иоганн Корб, «Емельян Игнатьевич Украинцев, думный дьяк Посольского приказа, тайный советник и канцлер… вырос на поприще государственной деятельности, был послом при правительстве голландских чинов и везде оставил по себе следы особенного благоразумия. Ведя дела счастливо и похвально, Украинцев так прославился мудростью, что тем возбудил зависть соперников. По гнусным клеветам государю на Украинцева со стороны некоторых его противников жизнь Украинцева неоднократно подвергалась опасности; но, по Божией милости, Украинцев избегнул расставленных ему сетей и когда ясно доказал, что поступками его руководило благодушие, то государь (Петр I. —
Позднее Украинцев стал главой Провиантского приказа, но, как многие его коллеги в то время, был уличен в злоупотреблениях и, несмотря на 60-летний возраст, подвергнут телесному наказанию.