Его сын Николай Николаевич стал одним из самых известных русских археографов и историков, прослужившим в архиве более 50 (!) лет, непрерывно занимавшимся приведением в порядок архивных дел, описанием их и изданием наиболее интересных и ценных. Перед французским нашествием он сумел вывезти сокровища архива, и он же привез их в 1813 г. в сохранившееся здание его. Последние годы он продолжал по-прежнему ходить в архив «для того только, чтобы среди этой сокровищницы восстановлять упадающее здоровье, а с ним погасающую жизнь». Скончался Бантыш-Каменский 20 января 1814 г. О нем сохранились воспоминания служивших в архиве как о замкнутом, авторитарном руководителе, целиком поглощенном своей работой, в которой он видел единственный смысл жизни.
Преемником его на посту управляющего архивом стал Алексей Федорович Малиновский, из образованной семьи священника Троицкой церкви в Троицкой слободе. Он окончил Московский университет, довольно быстро получил должность помощника управляющего и в 1814 г. занял его место. Биографию Малиновского изучила наш известный археограф С. Р. Долгова, опубликовавшая его «Описание Москвы» — ценнейший документ по истории и описанию древней столицы. Малиновский был автором многих исторических сочинений, в том числе «Историческое описание древнего российского музея под названием Мастерской и Оружейной палаты в Москве обретающегося», «К истории Московского главного архива коллегии иностранных дел», «Сведения об увезенной в 1612 г. поляками из Москвы царской короне» и многих других. Он активно участвовал в переводе и издании Слова о полку Игореве, в работе знаменитого «румянцевского кружка» историков, способствовал работе Карамзина над «Историей государства Российского», Пушкина в его изысканиях по истории Пугачевского бунта. Его заслуги были отмечены многими научными русскими и зарубежными обществами.
Малиновский очень ревностно относился к архиву, он считал его своим и, как писали о нем, «Малиновский думал, что драгоценности архива потеряют цену, если сделаются слишком известными, и потому неохотно допускал пользоваться ими».
Семья Малиновских была близка с семьей Пушкиных: сам Алексей Федорович составил пушкинскую родословную, его жена была на свадьбе поэта посаженой матерью со стороны невесты, брат его Павел Федорович дружил с Сергеем Львовичем Пушкиным и был поручителем его на бракосочетании с Надеждой Осиповной Ганнибал, другой брат — Василий Федорович — был первым директором Царскосельского лицея, а его сын Иван дружил с Александром еще с лицея. Сам Пушкин хорошо знал эти старинные палаты — в 1836 г. он приезжал сюда для работы над архивными документами в связи с «Историей Петра».
Архив в начале XIX в. был весьма престижным местом для дворянской молодежи, которая по тем или иным причинам не желала надевать военный мундир. Там служили братья Веневитиновы и Тургеневы, В. Ф. Одоевский, А. И. Кошелев, Д. Н. Блудов, А. К. Толстой, С. А. Соболевский, Константин и Александр Булгаковы, Ф. Ф. Вигель и многие известные впоследствии деятели русской культуры.
Как вспоминал А. И. Кошелев, работа в архиве «главнейше заключалась в разборе, чтении и описи древних столбцов. Понятно, как такое занятие было для нас мало завлекательно. Впрочем, Начальство было очень мило: оно и не требовало от нас большой работы… Архив прослыл сборищем блестящей Московской молодежи, и звание архивного юноши (это прозвище впервые было введено в московскую речь Сергеем Соболевским, остроумцем и другом Пушкина. —
Архив помещался тут до 1874 г., когда его перевели на Моховую. В конце 1875 г. палаты были переданы Московскому отделению Русского музыкального общества для классов молодой еще тогда консерватории, не имевшей собственного здания, а в 1882 г. огромный участок переходит к нотоиздателю П. И. Юргенсону за 130 тысяч рублей серебром.