1-я глава начинается с того, что Бог повелевает Ионе встать, идти в Ниневию и проповедовать ей. Когда же Иона действительно встает (Иона 1, 3), как мы и ожидали бы от послушного пророка, то лишь для того, чтобы бежать в противоположном направлении, в Фарсис, возможно, в Южную Испанию, на другой конец света. В ответ Бог дает волю природным стихиям, чтобы вынудить его вернуться. На корабле находится языческая команда, которая пытается понять, что происходит. Моряки распознают причину постигшего их горя в Ионе, ищут ответа, почему и видят в шторме руку Божию. Они изо всех сил стараются спасти Иону. Его просьба бросить его за борт может рассматриваться как акт самопожертвования ради них или свидетельство его собственного желания умереть, хотя правильным ответом для него была бы просьба отвезти его назад в Яффу. Однако своей просьбой бросить его за борт, вместо того чтобы просто прыгнуть в море самому, он повергает их в новое затруднение. Оказавшись перед выбором между бездействием, а значит, потоплением, и выбрасыванием Ионы за борт, а значит, смертной карой за пролитие неповинной крови, они молятся Богу, Который Один в силах развязать этот сложный узел. В конце концов они бросают Иону за борт и шторм утихает.
Затем моряки приносят жертвы и дают обеты Богу Израилеву, а возможно, как предполагает позднейшая еврейская традиция, в результате обращаются в веру Израиля.
Во 2-й главе мы видим Иону, спасенного от потопления огромной рыбой (в Славянской Библии – «кит великий») и молящегося Богу из ее чрева. Бог отвечает ему, и рыба извергает его наружу.
«
В 3-й главе рассказывается о втором призыве Ионы почти в тех же выражениях, что и в 1-й главе, с использованием тех же трех слов: «встань», «иди» и «проповедуй». На этот раз Иона полностью повинуется, он встает, идет в Ниневию (Иона 3, 3) и проповедует (Иона 3, 4). Его немногие слова к ниневитянам, еще одному языческому сообществу, подобному морякам, приводят их к покаянию. Несмотря на то что приговор Ионы не дает никакой надежды, их царь провозглашает, что Бог может передумать в ответ на перемену в их поведении, если они обратятся от злых путей своих и насилия рук своих. Его надежда выражается в тех же словах, что и у капитана: «
4-я глава рисует раздраженного Иону, снова молящегося Богу, как и в главе 2, хотя здесь ответ Бога приводится более подробно и в форме диалога, состоящего из слов, перемежающихся действиями. Бог повелевает еще трем природным силам воздействовать на Иону. В результате желание Ионы умереть из-за прощения Ниневии сменяется желанием умереть в силу страданий физических (ср. Иона 4, 3–4 и 4, 8–9). В финальном вопросе Бог предполагает, что Иона сожалеет о растении, которое давало ему тень, хотя ранее этого не было сказано о его фактических переживаниях, и, конечно, в состоянии понять, по аналогии, почему Бог смилостивился над Ниневией с множеством жителей и скота. Книга заканчивается этим самым вопросом.