Перед смертью своею, желая сохранить главу Крестителя от поругания, которому она могла подвергнуться от неверующих во Иисуса Христа, Иннокентий укрыл ее в землю, в том месте, где обрел. Впоследствии, по смерти Иннокентия, церковь, им устроенная, запустела и развалилась, и таким образом честная глава опять стала никому не известна. Во дни Константина Великого, когда вера христианская воцарилась в мире и благочестивые христиане отовсюду стали ходить ко святым местам на поклонение, двое иноков, пришедшие в Иерусалим на поклонение Животворящему Кресту и Гробу Господню, по откровению и повелению самого Предтечи, явившегося им во сне, обрели его честную главу на горе Елеонской и взяли ее с собою. Возвращаясь с нею в жилище свое, они встретились с одним бедным скудельником, жителем Сирийского города Емесы, шедшим из своего отечества в иную страну, и пошли с ним вместе. Спутнику своему иноки дали понести вретище, в котором хранилась глава Крестителя. Скудельник не знал, что сокрыто во вретище, которое он нес. Ему явился святой Предтеча и повелел удалиться от спутников своих со вретищем, бывшим в руках его. Так Бог за неверие и леность отнял святыню у недостойных иноков, сначала не веривших явлению им во сне Предтечи, а потом не хотевших нести главу его. Удаляясь от иноков, скудельник, по повелению Крестителя, пришел с главою его в свой дом; Бог благословил дом его обилием благ. Веруя, что виновником этих благ является святой Иоанн Предтеча, скудельник с великим благоговением хранил честную главу его. Перед своей смертью он открыл людям о бывшей у него святыне и завещал сестре своей блюсти ее с особенным уважением и потом передать достойнешему из христиан. Долгое время честная глава Крестителя хранима была преемственно среди благочестивых христиан. Впоследствии приобрел это сокровище некто Евстафий — муж, зараженный Ариевой ересью, не имевший страха Божия. Тогда Промыслу угодно было отнять святыню у недостойного и его же рукою сокрыть ее надолго в неведомой для православных пещере. Евстафий, избегая правосудия закона за зловерие свое и принужденный оставить свое жилище и скрываться, утаил главу Предтечи в пещере, чтобы затем тайно взять ее оттуда. Но выгнанный из жилища своего, он не мог уже после возвратиться и снова владеть бесценною святынею. На месте пещеры, в которой скрывалось духовное сокровище, поселись благочестивые иноки и жили, не ведая, какое сокровище таится в их мирном пристанище благочестия.
Прошло много лет; глава Крестителя опять была забыта. Из пристанища иноков в пещере образовался впоследствии монастырь. Благочестивый архимандрит этой обители — Маркелл, который сам повествует о втором обретении главы Предтечевой, сподобился явления Крестителя и извещения от него о честной главе его, сокрытой в пещере монастыря. И таким образом, она вторично была обретена в 452 году по Р. X. и, по повелению греческого царя Маркиана, перенесена была из Емесы в Халкидон, а потом в Константинополь.
Во время гонения на святые иконы в VII веке глава Предтечи перенесена была из Константинополя в Команы, место ссылки и смерти Иоанна Златоуста, и там опять сокрылась и была неизвестна до восстановления православного иконопочитания. В царствование Михаила, в 857 году, честная глава Предтечи в третий раз обретена и вторично перенесена в Константинополь патриархом Игнатием.