С началом войны КБ, так и не начав нормально работать, было эвакуировано из Каунаса в Москву. В 1941 году Шахатуни была зачислена в ОКБ А. С. Яковлева, в котором и проработала до 1945 года. В годы войны конструкторским бюро был создан десантный планер, потом – буксировочный планер-биплан («Крылья танка»), предназначавшийся для воздушной перевозки бронированных машин. В этом проекте Елизаветой Шахатуни было рассчитана прочность крыльев и гусениц танка, чтобы те не повредились при посадке.
После окончания войны, в 1946 году, Антонов был назначен главным конструктором проектного бюро в новосибирский филиал, где получил задание создать самолет для нужд сельского хозяйства. Через некоторое время появился биплан СХА-1 (опытный вариант Ан-2), позже названный «кукурузником». Работу по расчету прочности самолета осуществил отдел, которым руководила Шахатуни.
Вскоре КБ, которым руководил Антонов, было переведено в Киев, где было налажено строительство военно-транспортных и пассажирских самолетов. Елизавета Шахатуни, будучи уже профессором и доктором технических наук, выступала ответственной за расчеты прочности этих самолетов.
В 1955 году был создан новый самолет Ан-8, а чуть позже Ан-10 и Ан-12. Расчет их прочности также был произведен коллективом под руководством Шахатуни. Но главным успехом ее отдела явился расчет прочности самолета Ан-22 «Антей», имевшего взлетный вес в более чем 250 тонн, который мог поднять в воздух до 80 тонн груза. Более того, в дальнейшем самолетом был установлен 41 мировой рекорд, включая максимальную грузоподъемность. За создание самолета Шахатуни была удостоена звания лауреата Ленинской премии.
Однако в разгар «холодной войны» рекорд, установленный Ан-22, был побит американским самолетом «Гэлэкси». Взлетный вес воздушного судна превышал 370 тонн, а грузоподъемность доходила до 120 тонн. Проектное бюро под руководством Антонова получило задание еще более увеличить грузоподъемность самолетов. Как результат, в 1982 году впервые в воздух поднялся Ан-124 «Руслан», взлетный вес которого равнялся 405, а максимальная грузоподъемность 171 тонна.
Также Шахатуни принимала участие в работе по созданию самолетов Ан-14, Ан-24, Ан-26, Ан-30, Ан-32 и др. Ей принадлежит изобретение сварки-склеивания конструкции самолета, в результате чего срок эксплуатации самолетов увеличился до 45 тысяч часов.
Елизавета Шахатуни преподавала в Киевском институте инженеров гражданской авиации (КиИГА).
Награждена орденами Ленина, Трудового Красного Знамени и «Знак Почета».
Скончалась 28 октября 2011 года в Киеве.