С первых дней и до настоящего времени история НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи является историей создания в нашей стране основ вакцинопрофилактики инфекционных заболеваний, историей создания, испытания и введения в клиническую практику вакцинных препаратов, некоторые из которых до сих пор не имеют аналогов в мире.
За время существования НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи его специалисты исследовали многие неизвестные ранее инфекции, определили возбудителей и разработали препараты для диагностики, лечения и профилактики различных инфекционных заболеваний. Деятельность Центра всегда была и остается направлена прежде всего на обеспечение биологической безопасности нашей страны и защиту населения России от самых опасных и социально значимых инфекционных заболеваний. Фундаментальные разработки и практическая реализация открытий и достижений, сделанных учеными НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи, внесли огромный вклад в борьбу с различными инфекционными заболеваниями: оспой, гриппом, арбовирусными инфекциями, коронавирусом COVID-19 и другими.
В настоящее время ученые Центра занимаются фундаментальными и прикладными исследованиями и решением актуальных проблем в области эпидемиологии, медицинской и молекулярной микробиологии, генетики и молекулярной биологии бактерий, инфекционной иммунологии, клеточной микробиологии и инженерии, а также разрабатывают средства диагностики и профилактики инфекционных заболеваний с использованием самых современных биотехнологий и инновационных достижений нанотехнологий. На базе лабораторий НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи функционируют девять центров Минздрава России, большинство из которых являются единственными в России специализированными медицинскими лабораториями соответствующего профиля.
НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи активно и плодотворно сотрудничает с крупными зарубежными научными центрами, проводит совместные программы исследований и занимается совместными разработками в рамках изучения и решения актуальных проблем медико-биологической науки. Руководители лабораторий Центра работают в составе соответствующих международных подкомитетов по таксономии вирусов, действующих в составе Международного комитета по таксономии вирусов[14]
. Сотрудники Центра участвуют в подготовке международных конференций под эгидой ВОЗ.Филиал «Медгамал» НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи, преобразованный в 2003 году из Предприятия по производству бактерийных препаратов НИИЭМ им. Н. Ф. Гамалеи РАМН, является одним из старейших предприятий в России в области производства медицинских иммунобиологических препаратов. На этом предприятии выпускаются сертифицированные препараты, которые соответствуют установленным требованиям по качеству. Продукция предприятия используется в отечественном здравоохранении на протяжении многих десятилетий и широко применяется для диагностики, профилактики и лечения инфекционных и соматических заболеваний.
В 1919 году национализирован и преобразован в Государственный (позже — Центральный) бактериологический институт Наркомздрава РСФСР.
В 1931 году на базе Центрального бактериологического института создан Центральный Институт эпидемиологии и микробиологии (ЦИЭМ) Наркомздрава РСФСР.
В 1941 году на период военного времени были созданы филиалы ЦИЭМ в Алма-Ате и Свердловске, и большая группа специалистов была направлена для работы в Казань.
В 1944 году на базе ряда лабораторий ЦИЭМ создан Институт бактериологии, эпидемиологии и инфекционных болезней АМН СССР.
В 1945 году к учреждению были присоединены несколько лабораторий Всесоюзного института экспериментальной медицины (ВИЭМ) и клиническое отделение больницы им. С. П. Боткина с образованием Института эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней АМН СССР.
В 1948 году Институт эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней АМН СССР был объединен с ЦИЭМ Минздрава СССР с образованием Института эпидемиологии и микробиологии АМН СССР, который в 1949 году получил имя почетного академика Н. Ф. Гамалеи.
В 1966 году учреждение получило статус Научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи АМН СССР (с 1992 года — Российской академии медицинских наук).
С 1997 года директором учреждения является академик РАН, профессор Александр Леонидович Гинцбург.
В 2014 году к НИИ им. Гамалеи был присоединен Научно-исследовательский институт вирусологии имени Д. И. Ивановского с образованием ФГБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФНИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи).