Такой институт был создан в октябре 1945 года на базе научных отделов ЦИЭМ, нескольких лабораторий Всесоюзного института экспериментальной медицины (ВИЭМ) и клинического отделения московской больницы им. С. П. Боткина, а реорганизованное научно-исследовательское учреждение получило название Институт эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней АМН СССР. При этом производственный сектор ЦИЭМ остался самостоятельной организацией — крупнейшим в стране научно-производственным учреждением, но в 1949 году он тоже был присоединен к академическому институту. Так был образован Институт эпидемиологии и микробиологии АМН СССР (НИИЭМ АМН СССР), которому в 1949 году было присвоено имя почетного академика Н. Ф. Гамалеи.
Институт эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи АМН СССР стал руководящим теоретическим и методическим центром страны по борьбе с инфекционными заболеваниями, решению важнейших теоретических и практических проблем инфекционных патологий и проведению фундаментальных и прикладных исследований в области микробиологии, эпидемиологии и вирусологии. На протяжении нескольких последующих десятилетий институт являлся важнейшим научным центром по разработке и производству профилактических, диагностических и лечебных препаратов: к началу 1960-х годов специалистами института было разработано более 70 % всех выпускаемых в стране бактерийных препаратов. В дальнейшем по мере развития производственной деятельности в других институтах страны производство ряда препаратов перевели в другие научно-производственные учреждения, а НИИЭМ им. Н. Ф. Гамалеи АМН СССР переключился в основном на экспериментальную разработку и производство новых препаратов.
Новое время
После распада СССР Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи РАМН сумел не только сохранить научный потенциал и кадровый состав учреждения, но и продолжить научную и научно-производственную деятельность.
В 2014 году к НИИЭМ имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи был присоединен Научно-исследовательский институт вирусологии имени Д. И. Ивановского. Так образовался Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии, который с 2017 года стал Федеральным государственным бюджетным учреждением «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» Министерства здравоохранения Российской Федерации (НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи).
В настоящее время НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи является ведущим научно-исследовательским учреждением в мире в области эпидемиологии, микробиологии и вирусологии. Центр обладает одной из уникальных в мире коллекций вирусов, а также имеет собственную линию по производству вакцин.
С 1997 года директором Института, преобразованного в 2014 году в Федеральный научно-исследовательский центр, является академик РАН Александр Леонидович Гинцбург — советский и российский микробиолог, лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и технологий за 2020 год, присужденной за разработку и внедрение в практику отечественного здравоохранения эффективных рекомбинантных вакцин против лихорадки Эбола и новой коронавирусной инфекции COVID-19, а также за разработку технологии конструирования вирусных систем доставки кассет со вставкой гена гликопротеина вируса Эбола и гена S-белка SARS-CoV-2.
На страже здоровья россиян
На протяжении всей 130-летней истории НИЦЭМ им. Н. Ф. Гамалеи его деятельность всегда была и остается сфокусированной на обеспечении биологической безопасности страны и защите населения от особо опасных и социально значимых инфекционных заболеваний. Фундаментальные разработки специалистов института внесли неоценимый вклад в борьбу с различными инфекционными заболеваниями. Вся 130-летняя история центра — это история создания в нашей стране основ вакцинопрофилактики инфекционных заболеваний, история разработки, испытания и внедрения в клиническую практику вакцинных препаратов, многие из которые до сих пор не имеют аналогов в мире.
За долгую и удивительно плодотворную историю этого научно-исследовательского учреждения в нем работали многие выдающиеся ученые, которые внесли огромный вклад в развитие отечественной и мировой медицинской вирусологии, разработали и запустили в производство множество препаратов для профилактики, диагностики и лечения инфекционных заболеваний, создали всемирно известные научные школы и направления в области микробиологии, эпидемиологии и медицинской вирусологии, признанные как в нашей стране, так и за рубежом.