В 1990 году апелляционный суд Палермо отменил ряд приговоров и, самое важное, выбил опору из-под «теоремы Бушетты», отказавшись признать членов Комиссии виновными в том, что они, в силу своего положения, несут ответственность за преступления, совершаемые Коза Нострой. Затем материалы «максипроцесса» поступили в кассационный суд, который возглавлял судья Коррадо Карневале, заслуживший обыкновением оправдывать мафиози придирками к мелким юридическим упущениям обвинения прозвище Убийца Вердиктов. (В октябре 2002 года кассационный суд аннулировал решения судьи Карневале по причине его «косвенного соучастия в преступной деятельности мафии». Можно сделать вывод, что Карневале просто-напросто, как он сам всегда утверждал, применял законы с чрезмерной пунктуальностью.)
Фальконе пришлось столкнуться с оппозицией внутри правоохранительной системы. После «максипроцесса» инициатор создания антимафозной команды магистратов Антонино Капонетто решил вернуться во Флоренцию. Фальконе, на прощальном ужине в честь Капонетто не сдержавший слез, был очевидным кандидатом на освободившуюся должность начальника следственного отдела. Но благодаря политическим играм, подковерным интригам и профессиональной зависти, замаскированной нападками на «зарождающийся культ личности», эта должность досталась Антонино Мели, ветерану полиции, дослуживавшему последние годы перед отставкой и никогда не принимавшему участия в расследовании деятельности мафии. Фальконе не просто оскорбился и ощутил себя униженным — он испугался. «Я — труп», — говорил он друзьям, прекрасно понимая, что Коза Ностра наверняка обратит внимание на выказанное ему государством пренебрежение.
Мели (человек, абсолютно неизвестный широкой публике) распределил среди магистратов новые расследования, причем тем, кто раньше работал исключительно с мафиозными преступлениями, достались и преступления обычные. Еще он расширил состав группы, набирая в нее сотрудников по собственному усмотрению, и поручил расследование преступлений мафии в Палермо в том числе и магистратам из других сицилийских городов. Сомнений в честности Мели никогда и ни у кого не возникало, таков уж, как выяснилось, был метод его работы, в корне отличавшийся от метода Капонетто и Фальконе: те были уверены, что, поскольку Коза Ностра представляет собой цельную организацию, расследованием ее деятельности должна заниматься не менее цельная группа.
С тревогой наблюдая за всеми этими событиями из Марсалы, Борселлино в конце концов решил поделиться своими опасениями с публикой. «Ненавижу, когда кто-то пытается повернуть часы вспять», — говаривал он. После интервью Борселлино, опубликованного в газетах, немедленно было созвано совещание высшего состава магистратуры (CSM), на котором постановили внимательно изучить претензии Борселлино. Фальконе представил служебную записку, в которой прямо указал, что с назначением Мели антимафиозное расследование фактически остановилось. Очередное совещание CSM официально считалось закрытым, но то, о чем на нем говорили, быстро стало известно как сторонникам Фальконе, так и его противникам; посыпались новые обвинения в политиканстве и приверженности культу личности, за которыми все как-то быстро забыли, из-за чего разгорелась полемика. Фальконе было подал в отставку, но потом забрал свое заявление. В итоге длительных и деморализовавших магистратуру препирательств CSM распорядилось, чтобы обе стороны уладили возникшие разногласия, то есть еще больше ослабило позиции Фальконе. В эти дни Дворец юстиции Палермо получил прозвище Ядовитый дворец.
История последовавших за «максипроцессом» неприятностей Фальконе, связанных с происками части его коллег-магистратов, есть наглядное подтверждение того, насколько эгоистичны могут быть итальянские органы власти. В глазах многих политиков и их союзников в магистратуре антимафиозная группа была вовсе не чрезвычайно полезным инструментом юридической системы, защищавшим невинных и каравшим виновных. Нет, ее воспринимали как новое «средоточие власти», опираясь на которое возможно влиять на политику государства. Пытаясь обеспечить исполнение законов, Фальконе и Борселлино порой производили впечатление трехмерных людей, которые вынуждены объяснять свое поведение обитателям двумерного мира. Магистраты прилагали максимум усилий, чтобы указать на «третье измерение» законности, однако сам факт существования этого измерения был непостижим для людей, привыкших жить в координатах политических игрищ и бюрократических процедур.