Но, согласно другой версии, Пирогов (1810–1881) ампутировал голову погибшего в ходе штурма Идриса. Как настоящий врач, по свидетельствам современников, Пирогов не делал различия между «своими» и «чужими», оказывая необходимую помощь всем, кто в ней нуждался, включая пленных горцев, найденных в руинах Салта. Но наиба Идриса спасти он не смог. Пирогов вернулся в Петербург с большим багажом. Ученые восторгались блестящими результатами его операцией с применением эфирного наркоза в боевых условиях. А обыватели толпились у анатомического театра, где был выставлен привезенный Пироговым необыкновенный трофей – череп убитого наиба Идриса. Правда, привез он его в совершенно иных целях – для изучения антропологического типа кавказских горцев.
На место Идриса Гергебильского имам Шамиль назначил койсубулинским наибом выходца из селения Чох, участника взятия Гергебиля в 1843 г. Закарью Нахибашева.
Вслед за селением Салта русское командование вновь обратило свои взоры на Гергебиль. В «Истории Апшеронского полка» раскрывается принципиальное значение этого выступления для царского командования: «… Уничтожение Гергебиля, представляющего из себя один из опорных пунктов при вторжениях неприятельских партий в наши пределы, являлось задачей первой важности; но самое главное – необходимо было поднять в горах престиж наш, пошатнувшийся вследствие испытанной неудачи. Правда, вскоре после того мы взяли Салты, но это обстоятельство нисколько не повлияло на умы горцев, гордых сознанием своего успеха под Гергебилем».
Предвидя скорый карательный удар по Гергебилю, имам Шамиль поручил наибу Хаджи-Мураду заняться подготовкой к отражению ожидаемого нападения, также он приказал выбрать позицию между Гергебилем и Кикуни и укрепить её. Такой позицией была выбрана одна из гергебильских гор – Ули (в русскоязычных источниках в основном название этой высоты дается как Улиаб, в данной же статье оно приводится согласно произношению местных жителей). Здесь был поставлен редут с крепостным орудием, а вокруг него 30 укрепленных сакель, в которые были заселены жители селения Кикуни, что вполне объяснимо, так как сами гергебильцы готовились к обороне своего аула. Гергебильская крепость (авар. яз.
Помня прошлогодний неудачный опыт, царское командование на этот раз со всей серьезностью отнеслось к подготовке наступления. 9 июня 1848 г. к Гергебилю подошел князь Аргутинский с двумя батальонами апшеронцев и шамхальской милиции.
Вскоре горцам пришлось оставить сады, свободным остался только один проход из Гергебиля – через Аймакинское ущелье, который вскоре тоже был перекрыт. К 5 июля аул был полностью окружен. На рассвете 7 июля 1848 г. царские войска заняли Гергебиль.
По предложению князя Аргутинского, поддержанного главнокомандующим Воронцовым, было принято решение о его полном разрушении. Через восемь дней после завершения вырубки лесов Гергебиль был полностью разрушен: часть – артиллерийским огнем, а оставшаяся – взорвана минами.
Что касается крепости, построенной наибом Хаджи-Мура-дом на высоте Ули, то во время штурма Гергебиля она осталась в стороне, так как все силы царских войск были брошены по ту сторону реки, на само селение. Да и после его взятия русское командование во избежание потерь не посчитало необходимым штурмовать хорошо укрепленную неприступную крепость. Она стала убежищем для уцелевших защитников и жителей Гергебиля.
Наибом в крепости был назначен Абакар-хаджи, о котором в своих воспоминаниях Абдурахман Казикумухский (из с. Казику-мух ныне Лакского р-на РД) в разделе о дагестанских ученых пишет: «Из мухаджиров в Гергебильской крепости (был) ученый-суфий наиб Абакар-хаджи из Акуша». Также в этом укреплении получило прибежище множество других мухаджиров – выходцев из разоренных войной селений. Около тринадцати лет уцелевшие гергебильцы жили на своей горе Ули, находясь в блокаде. 24 июля 1859 г., незадолго до пленения Шамиля, представители поселенцев Гергебильского укрепления явились к царским властям и объявили о своей готовности сдаться.