Среди высланных и погибших во время восстания были и гергебильцы. Что касается шейха Мухаммада-хаджи Кикунинского (1835/36–1913), духовного преемника Абдурахмана-хаджи Согратлинского (из с. Согратль ныне Гунибского р-на РД), вставшего тогда во главе отряда гергебильцев, то после поражения восстания он скрывался в горах. Однако 29 сентября 1889 г. был схвачен царскими властями и препровождён в крепость Гуниб. 11 октября 1889 г. его отправили в пожизненную ссылку в город Иркутск. В ссылке Мухаммад-хаджи Кикунинский женился на Хаве, вдове одного из участников восстания – уроженке селения Гергебиль. Оказавшись беспомощной на чужбине, с ребёнком на руках, женщина, как гласит предание, сама попросила Мухаммада-хаджи взять её в жёны. Когда в 1893 г. мюриды устроили ему побег из ссылки, шейх вернулся в Дагестан вместе со своей семьёй.
Однако возвращаться в родное селение было рискованно, и Мухаммад-хаджи некоторое время остался жить в соседнем с. Гергебиль. Там он некоторое время жил в родительском доме жены. Возможно, причина выбора убежища заключалась в том, что большинство мюридов и доверенных лиц шейха проживало в близлежащих селениях – в самом Гергебиле, Кикуни, Хаджалмахи, Аймаки и др. Из Гергебиля также было легче поддерживать связь со своими односельчанами и родными.
Сохранились воспоминания старожилов о том, каким уважением пользовался шейх Мухаммад-хаджи среди гергебильцев (вплоть до того, что каждое утро подметалась дорога, по которой он ходил в джума-мечеть, и т. д.). Существует также множество преданий о его караматах (чудесах, сверхъестественных способностях), свидетелями которых становились люди, окружавшие шейха.
Вскоре после побега из Сибири накшбандийский шейх Мухаммад-хаджи со своими родственниками и мюридами нелегально переправился в Турцию, где вместе с племянником Шарапуддином Кикунинским, ставшим позже не только зятем, но и его преемником, основал крупное поселение дагестанских мухаджиров (переселенцев) – Гюней-кёй. Оба этих шейха в архивных документах и работах, посвященных эмиграции дагестанцев в страны Османской империи, указываются как одни из главных агитаторов переселенческого движения горцев конца XIX – начала XX вв. Среди эмигрировавших за Кикунинскими шейхами были и гергебильцы, в том числе жена и дочь самого шейха Мухаммада-хаджи, нелегально «скрывшиеся» в Турции 28 октября 1899 г.
В Гергебиле до сих пор стоит дом, в котором жил шейх Мухаммад-хаджи после побега из сибирской ссылки. В настоящее время в жилом доме проживает семья внучатого племянника жены шейха Мухаммада-хаджи – Курахмаева Долгата.
В 1886 г. в Гергебиле проживало 1193 человека (по данным посемейных списков населения Дагестанской области 1886 г.), а в 1890 г. – 1241 (из отчета об обеспечении народного продовольствия по Гунибскому округу).
В конце XIX – начале XX вв. гергебильцы, как и их предки, в основном были заняты садоводством, а урожай свой продавали на местных базарах (в самом Гергебиле, Казикумухе, Левашах, Гунибе, Согратле и др.). В большинстве случаев виноградные лозы и плодовые деревья выращивались по окраинам пахотных участков, на искусственно сооруженных террасах, в виде живых изгородей.
Часть винограда использовали для производства местного крепкого спиртного напитка под названием «джаба». В вышеуказанном отчете об обеспечении народного продовольствия по Гунибскому округу за 1890 г. указывается, что «лучшая «джаба» выделывается в селениях Кикуни, Гергебиль и Маали». В процессе приготовления «джабы» виноградный сок кипятили до испарения определенного количества жидкости, а после брожения, закупорив, хранили в керамической посуде. Этот способ приготовления вина в настоящее время в Гергебиле практически забыт.