Отказался Даль и от размещения слов по общему корню (так построен был «Словарь Академии Российской») — во главе гнезда ставится самый корень, затем следуют слова, от него произведенные. Тут иная крайность — пришлось бы объединять слова, строить гнезда в словаре примерно так: ЛОМ — ломать — ломкий — вламываться — выламывать — надлом — обломиться — перелом — разломить — сломать — уламывать и т. д. (Или — пример Даля — «не только брать, бранье, бирка и бирюлька войдут в одну общую статью, но тут же будет и беремя, и собирать, выбирать, перебор, разборчивый, отборный».) Даль в ужасе: этак «в каждую статью, под общий корень войдет чуть ли не вся азбука»! Но того мало: читатель должен быть превосходно образован — найти корень слова не всегда легко, есть корни устаревшие, иноземные, есть корни, происхождение которых темно и неясно, Даль объясняет: «…Способ корнесловный очень труден на деле, потому что знание корней образует по себе уже целую науку и требует изучения всех сродных языков, не исключая и отживших, и при всем том основан на началах шатких и темных, где без натяжек и произвола не обойдешься; сверх сего порядок корнесловный, при отыскании слов, предполагает в писателе и в читателе не только равные познания, но и одинаковый взгляд и убеждения на счет отнесения слова к тому либо другому корню».
После долгих раздумий Даль избрал средний путь. «Вглядываясь в эти бесконечные столбцы слов» не по-кабинетному — по-человечески вглядываясь, он узрел в них не только «мертвый» азбучный порядок и не только «коренной», тоже по-своему формальный (то бишь «с соблюдением околичностей по установленному порядку»), — он узрел соединение слов «целыми купами» и в них «очевидную семейную связь и близкое родство».
Тут опять, в объяснении Даля, удивительно человечное отношение к слову как к живому — «семья», «родство». Даль приводит пример: «Никто не усомнится, что стоять, стойка и стояло одного гнезда птенцы». Птенцы! И от этих «птенцов» самое слово «гнездо», кроме ученого, приобретает сразу новый оттенок — живой, природный! Неожиданное слово «купа» тоже очень точно употреблено: купный — «совокупный, вместный, совместный, соединенный» («Купное старанье наше», — приводит пример Даль) — слова купно стараются обнаружить, раскрыть себя и послужить человеку.
Даль избрал путь средний; слово «средний» имеет для него значение не только сухое, формальное, но и житейское — «между крайностями».
Внешне словарь построен по алфавиту, но слова не отрываются одно от другого «при изменении на второй и третьей букве», не «томятся в одиночестве» (!) — они собраны в купы, в гнезда, все одного гнезда птенцы. В каждом гнезде — слова, образованные от одного корня; за исключением тех, что образованы с помощью приставок (приставочные образования помещены под теми буквами, с которых они начинаются). Теперь глагол ЛОМАТЬ возглавляет большое гнездо — в нем пятьдесят семь слов. Тут слова, всем известные: ломаться, лом, ломка, ломать. И слова, мало кому известные: ломаник, что по-псковски означает — силач; ломыхать, что по-новгородски значит — коверкать, ломать со стуком; ломзиться, что значит по-тверски — стучаться. Тут и любопытные значения известных, казалось бы, слов: ломовая дорога — крайне дурная, ломовая пушка — осадная, ломовая работа — тяжелая, ломовой волос — поседевший от забот и трудов. Слова, произведенные «от того же корня с помощью приставок, нужно искать уже не на «Л», а, допустим, на «О» (обламывать, отламывать) или на «П», (переламывать). Там обнаружим новые гнезда, как бы дополняющие главное (перелом, переломный, переломок), узнаем, например, что перелом: по-воронежски — вторичная вспашка, по-владимирски — глазная болезнь, а на языке любителей охотничьей роговой музыки — смена мотива, колено.
Теперь живут рядом слова-близнецы ездить и ехать (у Даля они в последнем томе на букву «ять»). Дружно вылетают из одного гнезда на окрепших крыльях бывалый, быль, быть — и с ними большая их родня: былина, быт, былой, бывальщина. И ерш колючий, если к епископу или еретику касательство имеет, то потому лишь, что, кроме названья рыбы, означает также строптивого, сварливого человека (а стать ершом значит «упереться», «противиться», ерши по телу пробежали значит «мороз пробежал, гусиной шкурой подернуло»; можно также ершить гвозди — «делать насечку, зазубрины»).