Хотя крестьянский съезд в Никольске-Уссурийском показал, что у движения за автономию есть потенциал в сельской местности, революция вскоре была подавлена. 31 декабря 1905 года отряд уссурийских казаков разогнал солдатский митинг в Хабаровске, несмотря на то что местный Народный союз, созвавший этот митинг, был в контакте с полицией. Андрей Николаевич Селиванов, сменивший Казбека в декабре 1905 года, заявил, что солдатские организации во Владивостоке являются нелегальными, и арестовал эсеровского активиста Владимира А. Шпера и других руководителей солдатских организаций. 10 января 1905 года войска, верные Селиванову, расстреляли вооруженную процессию в честь Кровавого воскресенья из пулеметов, убив около тридцати человек, в том числе и Л. А. Волкенштейн. Но на следующий день в ходе пулеметного обстрела восставшими солдатами был ранен сам Селиванов. Командование освободило пленных, и при посредничестве Шпера конфликт был разрешен мирно[171].
Окончательному примирению помешала позиция центрального правительства. По инициативе Витте две карательные экспедиции отправились по Транссибирской магистрали, со стороны Европейской России под командованием Александра Николаевича Меллер-Закомельского и со стороны Харбина под командованием Павла Карловича Ренненкампфа. На всем протяжении железной дороги было введено военное положение. На Владивосток двинулись казачьи отряды Павла Ивановича Мищенко. В январе – начале февраля 1906 года революционные движения во Владивостоке, Чите, Никольске-Уссурийском, Благовещенске и Хабаровске были подавлены. В январе 1906 года был разгромлен и меньший по размеру солдатский бунт в окрестностях Николаевска. Войска Ренненкампфа вошли в Читу 22 января 1906 года. Хотя все местные организации сдались без сопротивления, Витте обратился к царю с просьбой отдать под трибунал всех повстанцев и всех тех, кто не подавил революционные движения до отправки экспедиций[172].
В период с 16 января по 21 мая 1906 года в Забайкальской области военные суды Ренненкампфа вынесли 77 смертных приговоров, отправили пятнадцать человек на каторгу, а восемнадцать приговорили к тюремному заключению. Во Владивостоке Приамурский военно-окружной суд приговорил к смерти 85 человек, в том числе 48 штатских. Хотя некоторые смертные приговоры были в конечном счете отменены, число казненных в Северной Азии исчислялось десятками, а число заключенных в тюрьму, сосланных или уволенных со своих постов – сотнями. В сельских районах Приморской области по-прежнему встречалось неповиновение властям; крестьяне в знак протеста против репрессивной политики забирали свои сбережения из государственных банков. В ответ на это власти арестовали Кирилова и ряд активистов-крестьян; в феврале 1906 года комитет Южно-Уссурийского крестьянского союза был арестован в полном составе. Уже в январе 1906 года солдаты Меллер-Закомельского убили Бабушкина без суда и следствия вблизи Байкала; Костюшко-Волюжанич был казнен. Холщевников был освобожден от должности и заключен в тюрьму. Путята тоже был уволен. Многие местные газеты были закрыты, как и большинство организаций. За участие в революционном движении оказались под стражей несколько будущих депутатов Государственной думы – Шило, агроном Забайкальского казачьего войска Николай Константинович Волков, врач из забайкальских казаков Авив Адрианович Войлошников и служащий Забайкальской железной дороги Аристарх Иванович Рыслев[173]; некоторые из них оставались под стражей на протяжении месяцев.
Кудржинский и несколько других активистов уехали в Японию. В Нагасаки расположился Восточный автономный заграничный комитет партии эсеров. Оржих возглавил редакцию газеты «Воля», вскоре ставшей партийной газетой. Курнатовский, сбежавший с каторги, тоже прошел через Японию. Размышляя о том, почему революция кончилась неудачей, «Воля» обвиняла социал-демократов в том, что они якобы не позволили создать в Забайкальской области полноценную революционную республику[174]. Тем временем Судзиловский подверг критике Кудржинского и других владивостокских активистов за то, что они «проворонили такой блестящий случай положить основание Сибирским Соединенным Штатам»[175].