В марте 1918 г. в связи с организацией в Харбине Штаба Российских войск на Дальнем Востоке под командованием генерала от кавалерии М.М. Плешкова45 Охранная стража вошла в подчинение этому штабу, в каковом и оставалась до его расформирования в декабре 1918 г. После ухода воинских частей, ранее подчиненных Штабу Российский войск, в Приморье в конце 1918 г. Охранная стража осталась единственным русским вооруженным подразделением в полосе отчуждения.
В конце 1918 г. главный начальник Охранной стражи генерал Самойлов выдвинул инициативу увеличить численность стражи до 22 тыс. человек, сформировав в полосе отчуждения три пехотные бригады трех-полкового состава, кавалерию из четырех сотен и артиллерию в составе артиллерийской бригады (три дивизиона), конно-горного дивизиона и двух гаубичных батарей. Предполагалась набирать стражников не из вольнонаемных, а из военнообязанных, тем самым увеличив численность личного состава и сократив оклады для рядовых и унтер-офицеров46.
Возможно инициатива Самойлова имела определенную поддержку в Омске. Так, в начале января 1919 г. Будберг в своем дневнике со слов того же генерала Самойлова указал, что отделы Охранной стражи предполагается развернуть в дивизии [Будберг, 1924, т. 12, с. 276]. В апреле 1919 г. приказом генерала Хорвата, Верховного уполномоченного Омского правительства на Дальнем Востоке, чинам Охранной стражи было присвоено окладное содержание чинов Российской Армии. В состав стражи было включено Управление коменданта Харбина, а также городская и линейная милиция [ГАРФ, ф. Р-6081, оп. 1, д. 153, л. 19].
В июле 1919 г. Омское правительство объявило о восстановлении Заамурского округа пограничной стражи в составе двух дивизий. Для этого в Харбин был направлен Генерального штаба генерал-лейтенант С.Н. Люпов47, служивший в 1906–1912 гг. в составе Отдельного корпуса пограничной стражи. Командующим Заамурского округа был назначен все тот же генерал Самойлов. Однако реализовать задачу создания в полосе отчуждения дивизий пограничной стражи не удалось. Катастрофически не хватало личного состава, все мобилизационные компании 1919 года оказались провальными. Единственно, осенью 1919 г. в составе Охранной стражи был создан железнодорожный отдел под руководством генерала Дориана. В его подчинение отошел формировавшийся на базе Отдельной Заамурской железнодорожной роты 1-й Заамурский железнодорожный батальон. Кроме того, был организован Отряд Особого назначения КВЖД [Там же, л. 60, 91].
Китайские власти отнеслись к воссозданию Заамурского округа резко негативно, требуя совместного управления охранными войсками в полосе отчуждения. В результате выросло число эксцессов на линии с участием китайских солдат. В своем докладе Хорвату от 20 сентября 1919 г. генерал Самойлов привел сводку наиболее характерных бесчинств и нарушений порядка китайскими военнослужащими в полосе отчуждения – захваты русских казарм и офицерских квартир, стрельба, драки с японскими солдатами, связи с хунхузами [Там же, л. 32]. Все это повышало требования к русским охранным войскам.
По распоряжению генерала Хорвата, в ноябре 1919 г. Генерального штаба генерал-лейтенанту Н.Г. Володченко48, являвшемуся в свое время генералом для поручений при Верховном уполномоченном на Дальнем Востоке, было поручено произвести инспекционный осмотр Охранной стражи. Осмотр показал крайне неудовлетворительное состояние подразделений стражи в Харбине. Были выявлены не вызванный ничем сверхкомплект штаба [это была общая проблема всех штабов белого Восточного фронта и его тыла – С.С.], большой недокомплект частей стражи, полная неподготовленность пулеметной команды; дурное состояние вооружения, обмундирования и вообще снабжения; отсутствие занятий со стражниками, плохое несение караульной службы; неудовлетворительное ведение денежной отчетности [Там же, л. 2]. Более того, были обнаружены случаи хищения имущества с артиллерийского склада и неподчинения стражников своему начальству [Там же, л. 1].
Ситуация требовала срочного вмешательства командования Заамурского округа, однако развал Восточного фронта, падение Омского правительства и начавшаяся эвакуация гражданских и военных учреждений из Сибири в полосу отчуждения выдвинули на первый план другие проблемы. В марте 1920 г. китайский Главноначальствующий в полосе отчуждения генерал Бао Гуйцин вынудил администрацию Хорвата уйти в отставку. Было объявлено о ликвидации Охранной стражи КВЖД и передаче ее функций особому Бюро железнодорожной полиции, созданному распоряжением Пекинского Министерства внутренних дел. Официальной датой расформирования Охранной стражи стало 15 июля 1920 г.