Осенью 1909 г. В.Ф.Джунковский оказался вовлеченным в борьбу между Московским художественным обществом и Особым комитетом за участок земли на улице Волхонке, недалеко от главного памятника Отечественной войне — храма Христа Спасителя. Поскольку участок официально принадлежал Художественному обществу, собиравшемуся построить на нем училище живописи, ваяния и зодчества, В.Ф.Джунковский поддержал именно эту сторону, считая, очевидно, что одно хорошее дело не должно мешать другому.16
Постоянно участвовать в заседаниях Особого комитета В.Ф.Джунковский стал с 13 февраля 1910 г.17, и это было крайне своевременно. Дело в том, что за два года дело сооружения Музея 1812 года не сдвинулось с места из-за бесконечных споров относительно наилучшего для него места и наиболее подходящего архитектурного проекта. Обстановка значительно осложнялась тем, что председатель Особого комитета генерал В.Г.Глазов, будучи назначен членом Военного совета, уехал в Петербург и все меньше мог уделять времени и внимания делам Комитета. Замещавший его генерал-майор А.П.Воронцов-Вельяминов, по-видимому, в силу миролюбивого характера и не очень хорошего здоровья, не мог убедить своих коллег в необходимости остановиться на каком-нибудь определенном решении (он и сам несколько раз менял свое мнение относительно наилучшего выхода из положения). По-видимому, обеспокоенный сложившейся ситуацией, В.Ф. Джунковский и решил принять личное активно участие в делах Комитета. С этого времени он посещал все заседания (за исключением тех случаев, когда находился в отъезде), энергично высказывал свое мнение по важнейшим вопросам, стараясь добиваться формирования определенной позиции большинством членов Особого комитета. Кроме того, он способствовал комплектованию фондов будущего музея18.
В апреле 1910 г. генерал-майор А.П.Воронцов-Вельяминов попросил В.Г.Глазова сложить с него обязанности заместителя председателя Особого комитета, ссылаясь на личные проблемы и желание уехать из Москвы19. Комитет мог остаться вовсе без главы (В.Г.Глазов, напомним, был более занят делами по своей новой должности и жил в С.-Петербурге). Хотя «душой всего дела» и был полковник В.А.Афанасьев, но столь блистательному собранию сановников и руководителей крупнейших учреждений, каким был Высочайше утвержденный Особый комитет, требовался более авторитетный и влиятельный руководитель. Им стал московский губернатор В.Ф.Джунковский, избранный по предложению В.Г.Глазова его заместителем и председателем Исполнительной комиссии 31 мая 1910 г.20 На этом же заседании утверждена разработанная В.А.Афанасьевым Инструкция Исполнительной комиссии, регламентирующая ее деятельность. Комиссия рассматривала и разрешала по существу все адресованные Комитету бумаги, доклады прочих комиссий и заявления отдельных его членов; назначала заседания Комитета; вела переписку от имени председателя. Она имела право самостоятельно производить расходы в пределах 200 рублей из средств Комитета и приглашать на заседания «сведущих лиц по мере надобности». В состав Исполнительной комиссии входили по должности секретарь Особого комитета, председатель Ревизионной комиссии, хранитель музея, казначей и 5 выборных членов. Заседания должны были проводиться «по мере надобности, но не менее одного раза в месяц»21. Таким образом, у загруженного самыми разнообразными делами московского губернатора появились новые и очень нелегкие обязанности, к исполнению которых он и приступил незамедлительно. На том же заседании обсуждался вопрос о приеме и размещении переданных из Русского музея имени императора Александра III картин В.В.Верещагина. Так как места для этих 22 крупноформатных работ требовалось много, а Особый комитет располагал лишь несколькими небольшими комнатами Потешного дворца в Кремле, В.Ф.Джунковский предложил разместить полотна в генерал-губернаторском доме22. Со времен службы при великом князе Сергее Александровиче он сохранил связи с сотрудниками канцелярии генерал-губернатора и хорошо знал обстановку и возможности этого здания.
Когда В.Ф.Джунковский возглавил Исполнительную комиссию, вопрос о выборе места для Музея 1812 года казался решенным: члены Комитета подчинились воле государя императора, выраженной в письме П.А.Столыпина от 14 января 1910 г. (№ 1157)23, о расположении Музея на площади храма Христа Спасителя, против его западных врат. На первом же заседании Исполнительной комиссии под руководством В.Ф.Джунковского было принято решение об утверждении условий архитектурного конкурса, предложенных Императорским С.-Петербургским обществом архитекторов24, после чего Казначей получил указание председателя Комиссии выслать в адрес общества 6 000 рублей, выделенных Комитетом на проведение конкурса и выдачу премий25.