Особое доверие к доктору со стороны военного руководства армии сохранялось и в последующие годы. Летом 1827 г. он лечил главнокомандующего 2-й армией П. Х. Витгенштейна от контузии[1048]
. В марте 1828 г. по его протекции Шлегель вновь назначается на должность помощника генерал-штаб-доктора 2-й армии, с правами и жалованием корпусного штаб-доктора, в июле производится в чин статского советника. После начала военной компании с Турцией он находится при главнокомандующем действующей армии И. И. Дибиче, исполняя обязанности главного медика действующей армии[1049]. В ходе боевых действий кампании 1828–1829 гг. Шлегель лично проводит операции, перевязывает раненых, устраивает военные лазареты, не раз проявляет свою распорядительность и опытность военного врача. В сентябре 1829 г. за заслуги в ходе военной кампании он был пожалован в почетные императорские лейб-медики[1050].В это же время в Валахии (Бухарест), на балканском фронте русско-турецкой войны, произошла третья встреча Шлегеля с чумой[1051]
. В продолжение 1828–1829 гг. Шлегель вел журнал, в который заносил сведения, отражавшие его многостороннюю и разнообразную деятельность военного медика, фиксировал распоряжения по борьбе с уже третьей эпидемией чумы. Вместе с тем на этот раз он не имел полномочий, достаточных для решительных действий по преодолению эпидемии, что вызвало у него большое огорчение и чувство неудовлетворенности: он вошел в конфликт с генерал-штаб-доктором 2-й армии Виттом. За самоотверженные труды и «неутомимую деятельность» по прекращению чумной эпидемии в 1829 г. Шлегель был награжден орденом св. Владимира 3-й степени[1052].В том же 1829 г. М. С. Воронцов ходатайствовал о приглашении Шлегеля на места доктора при Новороссийском и Бессарабском генерал-губернаторе и инспектора Одесской врачебной управы. В августе 1829 г. император положительно разрешил эту просьбу. В октябре Шлегель прощается со своими товарищами и «благоволившим» к нему военным начальством, покидает Главную квартиру 2-й армии, с которой сроднился за многие годы службы, и направляется в Одессу для заведования местными госпиталем и лазаретами. По словам биографа, «вся Главная квартира… любила и уважала Шлегеля» и крайне «неохотно рассталась с ним»[1053]
.Однако уже через год, в декабре 1830 г., Шлегель был откомандирован обратно и, вместе с Главной квартирой 2-й армии, отправился в Белосток, в связи с развернувшимися военными действиями против польских повстанцев. Шлегель назначается на пост главного доктора действующей армии в Польше и принимает участие в польской кампании 1830–1831 гг. В 1831 г. Шлегель переходит на должности главного доктора военных госпиталей в Варшаве и председателя Варшавского медицинского совета[1054]
.В начале 1831 г. в Польше он встретился с другой грозной болезнью – холерой. Будучи начальником военных госпиталей, в том числе действующей армии, Шлегель немедленно приступил к мерам борьбы против нее. В ходе этой борьбы он отказался от распространенного мнения о прямой «заразительности» холеры. За принятые им меры против распространения холеры в войсках по представлению главнокомандующего действующей армией И. И. Дибича Шлегель был награжден чином действительного статского советника (1831) и денежными выплатами[1055]
.Пробыв затем около года в должности генерал-штаб-доктора армии, находившейся в распоряжении наместника Царства Польского И. Ф. Паскевича (с августа 1832 г. по июль 1833 г.), 17 июля 1833 г. Шлегель по собственному желанию назначается старшим доктором (главным врачом) военного госпиталя на своей родине – в Риге. Очевидно, первоначально это его желание было вызвано намерением вернуться на родину и завершить там свою службу, принося пользу родному краю. Однако 14 декабря 1834 г. Шлегель назначается на такой же пост в военный госпиталь в Москве. Возглавляя военные госпитали сначала в Риге, а затем в Москве, он проявляет свои немалые организаторские способности, «строгое выполнение своего долга» и «неусыпную заботливость» о хозяйственном состоянии госпиталей, снабжении их лекарствами и оборудованием и т. д. «За отлично усердную службу при Рижском военном госпитале» он был награжден большой денежной выплатой (4 000 руб.)[1056]
.В 1837 г. Московский военный госпиталь посещает Николай I и высказывает «высочайшее благоволение» за образцовый порядок, который был им найден в госпитале[1057]
. Очевидно, император обратил внимание на почетного лейб-медика как деятельного и опытного врача, на его способности организатора медицинского дела.