Уже в следующем году Шлегель по повелению Николая I становится президентом Императорской Медико-хирургической академии (назначение императорским повелением датируется 8 декабря 1838 г., вступил в должность 5 февраля 1839 г.[1058]
) и занимает этот пост до конца жизни. Так Шлегель выдвинулся на один из крупных постов в военно-медицинском ведомстве. Один из биографов подчеркивал: в его распоряжении нет данных, свидетельствующих о том, что Николай I лично знал Шлегеля (несмотря на статус почетного лейб-медика) до посещения императором Московского военного госпиталя – на него произвели огромное впечатление выдающиеся управленческие таланты Ивана Богдановича, а также его опытность в военно-медицинском деле[1059]. Именно эти качества в своей совокупности сыграли определяющую роль в назначении.Возглавив Медико-хирургическую академию, Шлегель провел существенные реформы ее штата, открыл новые кафедры и ввел новые предметы в программу преподавания[1060]
. Он осуществил ряд важных реорганизаций в структуре академии, выступил инициатором объединения академии и 2-го военно-сухопутного госпиталя (1840), а также части Морского госпиталя (1844), под его руководством были учреждены Анатомический институт (1846), кафедры литературы и истории медицины (1840), сравнительной анатомии и физиологии (1841), госпитально-терапевтической клиники и психиатрии (1842), госпитальной хирургии с хирургической анатомией (1842), акушерской и детской клиники (1842), общей терапии и врачебной диагностики (1848). В 1848 г. им основана сверхштатная кафедра общей патологии, общей терапии и врачебной диагностики. Кроме того, был учрежден журнал академии (1840, выходил на русском и французском языках, в 1850 г. его заменили «Акты Медико-хирургической академии»), утвержден новый академический штат, решен ряд важных вопросов, касающихся различных сторон учебного процесса[1061]. В период, когда во главе академии стоял Шлегель, произошло укрепление ее экономического положения, а также госпиталя при академии, который приобрел лучшее устройство. Время руководства Шлегелем академией оценивается как один из периодов, когда это высшее военно-медицинское научное и учебное учреждение развивалось эффективно и быстро[1062]. Будучи президентом академии, Шлегель воспитал несколько поколений учеников – военных врачей, он постоянно и неутомимо вникал в их нужды и потребности[1063].Впоследствии, в 1851 г., в академии были обнаружены некоторые «упущения» по госпиталю, что способствовало обострению болезни Шлегеля и последующей его кончине. Определенную роль в этом сыграл факт наличия в академии оппозиционной Шлегелю «партии», а также некоторые черты его личности. В частности, свойственная ему «деликатность» и мягкость характера, которые выражались в том, что Шлегель в некоторых важных случаях «не умел быть настойчивым». Это, возможно, стало одной из причин обострения отношений внутри академии и ряда конфликтов среди подчиненных ему сотрудников[1064]
. Вместе с тем резко критический взгляд на деятельность Шлегеля как руководителя Медико-хирургической академии, свойственный, например, членам академии профессорам И. Ф. Бушу, Н. И. Пирогову и их биографам, представляется недостаточно обоснованным, поскольку опирается на оценки качеств Шлегеля-врача (по их мнению, «человека, совершенного чуждого и далекого науке», который «три раза держал докторский экзамен»), вступающие в противоречие с оценками других лиц, а также с изложенными выше обстоятельствами его биографии. При этом критика Шлегеля как руководителя академии соседствует с признанием его «недюжинных административных способностей»[1065].Заслуги Шлегеля перед медицинской наукой и образованием, его роль в организации военно-медицинского дела в России были отмечены не только военными наградами, высокими чинами и материальными поощрениями. Он был награжден орденами св. Станислава 1-й степени, св. Владимира 2-й степени, св. Анны 1-й степени, знаком отличия за 40 лет беспорочной службы, назначен членом Медицинского совета министерства внутренних дел, членом Военно-медицинского ученого комитета, избран почетным членом Виленской медико-хирургической академии. Авторитет Шлегеля как специалиста по борьбе с эпидемиями чумы был признан не только в России, но и в целом ряде европейских стран, в частности, Парижской медицинской академией, в которую он также был избран почетным членом. Он стал почетным членом Венского медицинского общества и ряда других ученых медицинских обществ[1066]
.Умер Иван Богданович Шлегель 20 сентября 1851 г. в Петербурге, на посту президента Медико-хирургической академии.