В Сибири у Муравьевых рождается дочь Софья (Ноннушка) – первый ребенок у политических ссыльных, любимица всех декабристов. Ей недолго довелось ощущать заботу матери. 22 ноября 1832 г. Александра Григорьевна Муравьева умирает, не дождавшись выхода декабристов с каторги на поселение. Она просто истаяла, взвалив на себя непосильную ношу забот не только о своей семье, но и обо всех, окружавших ее. Когда в Петербурге узнали о кончине Муравьевой, то разрешили, чтобы жены «государственных преступников не жили в казематах и чтобы мужья отпускались ежедневно к ним на свидания». Даже смертью своей Александра Григорьевна облегчила участь друзей, реально помогла им.
Деревянный и свинцовый гробы сделал для нее Н. Бестужев. Над могилой поставили памятник и часовню с лампадой. Как свидетельствовал И. Горбачевский, не пожелавший уезжать из Петровского после амнистии, лампада светилась даже 37 лет спустя после смерти Муравьевой. В 1849 г. он встретил на могиле Александры Григорьевны молящегося человека. Тот представился генералом Черкасовым и сказал: «Счастлив, что имел возможность преклонить колени перед могилой, где покоится прах женщины, перед которой я давно в душе преклоняюсь».
Доброта и святость… Может быть, это и в самом деле синонимы.
В повседневной жизни Иван Дмитриевич был прямодушен и доверчив, как ребенок. Он никогда не жаловался на обманы окружающих, оправдывая их слабостями человеческой натуры, прощал и более серьезные прегрешения знакомым и незнакомым людям. Единственное, чего он не терпел и не спускал окружающим, так это подлости и взяточничества. И еще, как бы это мягче выразиться, упрямством Иван Дмитриевич обладал редкостным. В Ялуторовске он 20 лет прожил на прескверной квартире, оставаясь в ней именно потому, что все наперебой советовали ему переменить местожительство. Так же обстояло дело и с купанием в Тоболе до ноября. Якушкин личным примером пытался убедить товарищей, что зимнее купание приятно и полезно, пока жестокая горячка не прервала этот опасный эксперимент. Видимо, в те годы время «моржей» еще не пришло.
Это, конечно, не главное. Но он и в занятиях более серьезных был так же настойчив, особенно интересуясь техникой и естествознанием. Здесь, в Ялуторовске, он даже написал учебник по географии. Этому в немалой степени способствовало то, что в библиотеках декабристов к тому времени насчитывалось до 6 тысяч книг, а они выписывали еще и 22 периодических издания. Якушкин был прекрасным физиком, математиком и, конечно, лучшим ботаником среди ссыльнопоселенцев. С местным населением отношения складывались трудно, даже из-за мелочей, как вспоминала А.П. Созонович: «…за катанье на коньках в отдаленной от города местности за р. Имбирею, так как он, позднею порой, при лунном свете, неожиданно вылетал стрелой из развалин водяной мельницы и исчезал из вида случайных наблюдателей. При подобной обстановке, в высокой, почти остроконечной шапке, в коротенькой шубейке, перетянутой кожаным ремешком, весь в черной одежде, при его худобе, он должен был казаться народу колдуном, стремительно летевшим на пир или на совет к нечистой силе». В Ялуторовске во дворе своего дома он построил достаточно сложный прибор – ветромер, после чего прослыл среди местных жителей “чернокнижником”. Однажды ему даже грозили расправой, так как, по мнению горожан, машина Якушкина отпугивала тучи, усугубляя засуху.
От родных Иван Дмитриевич получал достаточное содержание и поэтому мог жить в Ялуторовске, при тогдашней дешевизне, ни в чем себе не отказывая. Но Якушкин довольствовался только необходимым, смеясь над непостоянством и, зачастую, бессмысленностью моды. Сам он всегда ходил в одежде неизменного покроя, может быть, и в этом проявляя свое редкостное упрямство. В личной жизни Иван Дмитриевич не был счастлив. В Европейской России осталась его жена с двумя маленькими детьми, и он не знал, увидит ли их когда-нибудь еще (оба сына посетили отца в Сибири). Услышав о приговоре мужу, Анастасия Васильевна решали ехать за ним в Сибирь. В 1828 г. она даже получила разрешение на это, но он, представляя трудности жизни здесь жен и детей ссыльнокаторжных, запретил ей и думать об этом. К началу 1840-х гг. одиночество стало давать о себе знать особенно часто и остро.