Напряжённая международная обстановка 1825 года и восстание декабристов были восприняты в Персии как наиболее благоприятный момент для выступления против России. Наследник престола и правитель иранского Азербайджана Аббас-Мирза, создавший с помощью европейских инструкторов новую армию и считавший себя способным вернуть утраченные в 1813 году земли, решил воспользоваться столь удобным, как ему казалось, случаем.
31 июля 1826 года персидская армия без объявления войны перешла границы в районе Мирака и вторглась в пределы Закавказья на территорию Карабахского и Талышского ханств. Основная масса пограничных «земских караулов», состоявших из вооружённых конных и пеших крестьян-азербайджанцев, за редкими исключениями, сдала позиции вторгшимся персидским войскам без особого сопротивления или даже присоединилась к ним.
Основной задачей иранское командование ставило захватить Закавказье, овладеть Тифлисом и отбросить русские войска за Терек. Поэтому главные силы были направлены из Тавриза в район Куры, а вспомогательные – в Муганскую степь, чтобы блокировать выходы из Дагестана. Иранцы также рассчитывали на удар кавказских горцев с тыла по русским войскам, которые были растянуты узкой полоской вдоль границы и не располагали резервами. Помощь иранской армии обещали карабахские беки и многие влиятельные лица соседних провинций, которые поддерживали постоянные контакты с персидским правительством и даже предлагали вырезать русских в Шуше и удерживать её до подхода иранских войск.
В Карабахской провинции русскими войсками командовал генерал-майор князь , по князь Мадатов по происхождению карабахский армянин. В момент нападения его замещал полковник Реут, командир 42-го егерского полка, дислоцировавшегося в районе крепости Шуши. Ермолов потребовал от него всеми силами удерживать Шушу и перевести сюда все семьи влиятельных беков – тем самым предполагалось обеспечить безопасность тех, кто поддерживал российскую сторону, а тех, кто был настроен враждебно, использовать в качестве заложников.
Первый удар 31 июля 1826 года по российской территории нанесла 16-тысячная группировка Эриванского сердара Хусейн Каджара, подкреплённая курдской конницей. Русские войска на границе Грузии, во всём Бобаке и Шираке насчитывали около 3000 человек и 12 орудий – донской казачий полк подполковника Андреева, два батальона Тифлисского пехотного полка и две роты карабинеров. Начальником пограничной линии был командир Тифлисского полка полковник князь Севарсемидзе.
Русские части были вынуждены с боем отступать к Караклису и вскоре оказались окружены. Оборону Караклиса совместно с русскими войсками держали два отряда армянской и татарской борчалинской конницы. Сильные персидские отряды также направились к Балык-чаю, сметая на своём пути разбросанные малочисленные русские посты.
Одновременно Гассан-ага, брат Эриванского сардара, с пятитысячным конным отрядом курдов и карапапахов перешёл на российскую территорию между горой Арагац и турецкой границей, грабя и сжигая на пути к Гумрам армянские селения, захватывая скот и лошадей, истребляя сопротивлявшихся местных жителей-армян. Уничтожив армянское село Малый Караклис, курды приступили к методическим нападениям на обороняющихся в Большом Караклисе.
В середине июля 1826 года сорокатысячная армия Аббас-Мирзы форсировала реку Аракс. Получив известие об этом, полковник Реут приказал отвести все войска, находящиеся в Карабахской провинции, в крепость Шушу. При этом трём ротам 42-го полка под командованием подполковника Назимки и присоединившейся к ним сотне казаков не удалось пробиться к Шуше из Герюсов, где они дислоцировались. Иранцы и восставшие азербайджанцы настигли их, и в ходе упорного боя половина личного состава погибла, после чего остальные по приказу командира сложили оружие.
Гарнизон крепости Шуши составил 1300 человек (6 рот 42-го Егерского полка и казаки из полка Молчанова). Казаки за несколько дней до полной блокады крепости согнали за её стены семейства всей местной мусульманской знати в качестве заложников. Азербайджанцев обезоружили, а ханов и наиболее почётных беков посадили под стражу. В крепости укрылись также жители армянских сёл Карабаха и азербайджанцы, оставшиеся верными России. С их помощью были восстановлены полуразрушенные укрепления. Полковник Реут для укрепления обороны вооружил 1500 армян, которые вместе с русскими солдатами и казаками находились на передовой линии. В обороне участвовало и некоторое число азербайджанцев, изъявивших свою верность России. Однако крепость не располагала запасами продовольствия и боеприпасов, поэтому для скудного питания солдат пришлось использовать зерно и скот армянских крестьян, укрывшихся в крепости.