Власти долго терпели, по русской небрежности. Но не одни ведь русские правили Россией. Были и немцы — Руперт в Сибири, Бенкендорф в Петербурге. Бенкендорф, после доклада царю, распорядился арестовать непокорного «члена оппозиции». Генерал Копылов, замещавший уехавшего в отпуск Руперта, отрядил для этого того самого чиновника Успенского, который донес на Лунина. Его сопровождали жандармы.
Это было 6 марта 1841 года, на Страстной неделе, в ночь на Великий четверг. В два часа ночи Успенский подъехал к дому Лунина. Ворота были заперты, и на стук никто не отозвался. Тогда Успенский приказал жандарму перелезть через забор. На повторный стук вышел, наконец, из двери домика заспанный Васильич, ворча, что барин, мол, спят и не приказали будить, потому что очень устали с охоты. Лунин, действительно, крепко спал и не слышал ни стука, ни бряцания шпор. Его разбудили. Он стал поспешно одеваться, дрожа, как в лихорадке, бормоча несвязные слова. Была ли это физическая усталость или нервное волнение, но человек, не знавший в своей жизни, что такое чувство страха, явил доносчику Успенскому зрелище жалкого растерянного старика. Только одно мгновение, в первый и последний раз в жизни! Но когда кем-то предупрежденный, прибежал Волконский, растерянно спрашивая, не нужно ли ему чего-нибудь, Лунин уже владел собою. В четыре часа утра петербургский культурный чиновник Львов, (композитор, автор «Боже Царя Храни»), водивший знакомство с декабристами и предупрежденный тоже всполошенным ночью Артамоном Муравьевым, поспешил повидаться с арестованным. Он застал его в доме генерала Копылова. Лунин, улыбаясь, ходил по комнате и покуривал трубку. «Генерал пожелал меня видеть, и вот — я здесь! Но его превосходительство заставляет себя дожидаться. А я то второпях забыл дома кисет», — сказал он и попросил Львова дать ему табаку. В пять часов, после первого допроса, его увезли из Урика. Несмотря на ранний час, толпа крестьян провожала его. — «Даст Бог, еще вернешься, Михайло Сергеевич!» — говорили они и обещали молиться за него и охранять его дом.
Когда его увозили в Акатуй, Львов, подкупив жандармов, устроил для ссыльных, друзей Лунина, свидание с ним. Это было в лесу, возле домика декабриста Панова. Как всегда, Лунин весело шутил: «Странно, господа, в России все при ком-нибудь состоят… Львов при Киселеве, Россет при великом князе… а я всегда при жандарме». Но, несмотря на шутки, у него были мрачные предчувствия об ожидающей его участи. «Меня повесят, расстреляют, четвертуют, — говорил он. — Пилюля была слишком горькая». Но он ошибся. С ним поступили более жестоко. Его отправили в Акатуй.
Акатуйская тюрьма — страшная тюрьма. Она расположена в нездоровой, сырой местности, где не редкость болотные лихорадки. Весной бегут по сдавленной горами котловине быстрые, бурные речки, летом пересыхающие от страшной жары; зимою стоят сорокаградусные морозы. Воздух отравлен испарениями серебряных рудников, от которых страдают глаза и легкие. Говорят, что на триста верст кругом от них дохнет птица. И под стать природе был режим в тюрьме: каторжников приковывали к тачкам при работе, а за малейшую провинность приковывали к стене. Провинившихся более серьезно забивали до смерти кнутом.
«Архитектор Акатуйского тюремного замка, несомненно, унаследовал воображение Данта. Мои предыдущие тюрьмы это будуары по сравнению с той, в которой я теперь нахожусь. Меня стерегут, не сводя с меня глаз. Часовые у дверей, у окон, повсюду. Мои товарищи — полсотни душегубов и убийц, разбойничьих атаманов и фальшивомонетчиков. Впрочем, мы прекрасно подходим друг к другу. Эти добрые люди полюбили меня».
Его посадили в маленькую, темную камеру, в которой от сырости покрывались плесенью все стены. Его кормили отвратительно: чай без сахара, хлеб, вода, изредка каша. Но каким-то чудом он сохранял здоровье и физическую силу: купался зимою в проруби, подымал одной рукой девять пудов. Ему не давали книг. За четыре года заключения к нему редко и втайне от тюремного начальства доходили письма. Изредка посещал его католический ксендз, изредка видел он ссыльных поляков. Но он не терял бодрости духа. «Можно быть счастливым при всех жизненных условиях… В этом мире несчастны лишь глупцы».
Он сохранил деятельную любовь к людям. Посетившему его в тюрьме М. И. Пущину (брату декабриста, ревизовавшему в то время места заключения), на вопрос его, чем может он облегчить его участь, Лунин отвечал просьбой за своих прикованных к стене товарищей. В своих тайных письмах к друзьям Волконским он просил о присылке лекарств от ран, причиненных кнутом его «бедным товарищам по заключению». Он с изумительной внимательностью заботился о нуждах старого слуги Васильича, которому он просил отдать деньги, вырученные за продажу его книг и даже о собаках, о верной Варке. Мише Волконскому он писал по-латыни; на языке, который он ему когда-то преподавал: «carissimum varcam meum valde tibi commendo et rogo, ut sit sempercopiose nutritus».