Власти спешили привести приговор в исполнение, так как в городе бастовали рабочие и были охвачены брожением стоявшие в Ревеле Царицынский, Иркутский и Новочеркасский пехотные полки. Солдаты этих полков заявили, что не будут выполнять обязанности палачей. Для расстрела осужденных назначили казаков, а исполнением казни руководил жандармский ротмистр. На рассвете 5 августа осужденных одели в парусиновые лохмотья и связали им руки. Матросы протестовали, но напрасно. Во дворе тюрьмы, когда матросов привязали друг к другу, они запели похоронный марш. Звуки марша разбудили заключенных, начался шум, крики, камера за камерой — вся тюрьма стала петь похоронный марш. Просыпался и город. Палачи заторопились и под усиленным конвоем повели матросов к месту казни в губернаторский сад. У городского собора между двух столбов был протянут канат. Осужденных начали привязывать к канату. В это время один из них крикнул: „Товарищи, надо прощаться, ведь больше“. Не имея возможности пожать друг другу руки, матросы произносили простые и трогательные слова: „прощай. прощай. прощай“. Резкий окрик жандармского ротмистра прервал прощание. Дежурный офицер спросил, не хочет ли кто–нибудь сообщить что–либо духовному пастырю. Но все осужденные отвергли услуги священника. Когда осужденным хотели завязать глаза, этому воспротивился Коптюх. Его поддержали товарищи.
Начали читать приговор. Но докончить его не удалось. Коптюх крикнул казакам: „Цельтесь в нас лучше, мы умираем за вас и за весь народ! Когда–нибудь и вы вспомните о нас!“ Другие матросы кричали „Довольно читать! Знаем! Зачем издеваться! Стреляйте! Стреляйте хорошо, в самое сердце! Стреляя в нас, вы стреляете в народ, в революцию!“ Раздались залпы. Люди повалились на землю. Но многие оказались только ранеными. Город просыпался. Убитых и раненых второпях свалили на телегу, прикрыли рогожами и повезли к гавани. Здесь трупы погрузили на баржу, и буксир „Карлос“ увел ее к острову Нарген, где тела казненных бросили в море».
По другой версии, казненные были закопаны в безымянных могилах. Впрочем, вполне возможно, что история с утоплением расстрелянных в море — это лишь специально пущенный слух, чтобы пресечь поиски могил единомышленниками мятежников. Отметим, что практика захоронения преступников в безымянных могилах применяется и сейчас. И в советское, и в постсоветское время тела приговоренных за преступления к смертной казни никогда не выдавались родственникам. Так же поступают и сейчас российские власти по отношению к убитым в ходе спецопераций террористам и боевикам. Так что сетования наших историков на отсутствие торжественных похорон убитых и казненных мятежников совершенно напрасны. Это вовсе не изощренное надругательство, как это пытаются представить, а общемировая практика.
Остальные наказания распределились так: 12 человек к каторжным работам, на сроки от 6 до 12 лет, 13 матросов разослали по дисциплинарным батальонам и тюрьмам, 15 присудили к дисциплинарным наказаниям, 34 матроса были оправданы. Учитывая опасность вооруженного мятежа на боевом корабле и большое число жертв (более двух десятков убитых и полсотни раненых), следует признать, что приговор суда мог быть куда более суровым.
Восстания на кораблях казались правительству значительно более опасными, чем восстания на берегу. Восстание могло перекинуться с одного корабля на другие; с восставшими кораблями труднее вести борьбу: они могут в любом пункте Приморья поднять на борьбу население, могут, наконец, уйти за границу, как это сделали потемкинцы.
Трудно поверить, но даже тогда, когда стало возможным тщательно изучить все обстоятельства событий на Балтике в 1906 году, этого никто не сделал. Почему? Ответ на этот вопрос лежит, прежде всего, в политической плоскости. Во–первых, никто из историков не желал оспаривать оценки В. И. Ленина о событиях 1906 года, даже если они и не соответствовали истине. Во–вторых, все фантастические рассказы о зверствах царской власти служили оправданием тех реальных зверств, которые творили сами мятежники. Вот типичный образчик откровенной лжи из книги С. Найды «Революционное движение в царском флоте»: «О позиции правительства и морского командования газета „Казарма“ писала: „Морское начальство, узнав о восстании на крейсере „Память Азова“, так перепугалось, что снарядило против крейсера целую эскадру: броненосцы „Слава“, „Цесаревич“ и крейсер „Богатырь“. Судам этим был дан приказ расстрелять и потопить восставший крейсер. Такой же приказ дан фортам крепости Кронштадт. Тут правительство не разобрало, кто за него, кто против, и те матросы „переменного состава“, которые в Ревеле предали своих товарищей правительству, так же были бы расстреляны потерявшим голову от страха и злобы правительством, как и восставшие за свободу всей России матросы“».