Яковлев показал три документа, из которых следовало, что он наделен чрезвычайными полномочиями вплоть до расстрела не подчиняющихся ему. На бумагах были подписи Янкеля Свердлова, председателя советского Центрального Исполнительного комитета, и главы государства Ленина. Но этого было недостаточно для того, чтобы убедить охрану, смотревшую на внушительные печати с подозрением. Яковлев не стал создавать проблему, и оставил их, пусть подумают.
При второй встрече он убедил приехавших из Екатеринбурга, настроенных агрессивно против бывшего царя, помириться с командой из Омска, и напряженность уменьшилась.
Руководитель екатеринбургской команды резко выражал протест, ссылаясь на то, что в городе распространились слухи о заговорах с целью спасения царя, и покинул собрание. После этого Яковлев встретился с комитетом, образованным охраной и объявил им о цели своей миссии — вывоз Романовых из Тобольска. После его признания, напряженность, казалось, сильно ослабла, и комиссар договорился о встрече с бывшим императором. Разозленный екатеринбургский представитель послал домой сообщение, в котором рассказал о происходившем в Тобольске.
Попав в губернаторский дом, Яковлев поклонился, назвал Николая «ваше величество» и сказал, что он должен быть готов к отъезду ночью. Бывший царь ответил: «Я отказываюсь ехать». Яковлев предупредил его, что он должен или взять его силой или оставить свой пост: «В этом случае комитет пришлет менее гуманного человека для моей замены. Будьте спокойны. Я отвечаю своей жизнью за вашу безопасность. Будьте готовы, мы уезжаем завтра в 4.00».
Яковлев совершенно ясно дал понять, что время является существенным; хотя маленький Алексей чувствовал себя очень плохо для того, чтобы выдержать поездку, Яковлев все же был настроен ехать немедленно вместе с царем, а за царевичем приехать позже. Он поклонился и ушел. Следующие несколько часов императорская семья провела в мучительных обсуждениях, кто должен ехать вместе с бывшим царем, а кто должен бы остаться с Алексеем, все еще прикованным к постели после последнего его кризиса. Их решение сильно зависело от предположения об истинных намерениях Яковлева, и от указаний, данных ему.
Императорская семья пыталась разгадать эту загадку. Кобылинский отметил, что Яковлев сказал, что он вернется за Алексеем, и подсчитал, что путешествие туда и обратно займет около одиннадцати дней, включая остановку в пути к месту предназначения. Предполагалось, что это должна быть Москва. Тем более что Яковлев сам говорил, что его послала Москва. Царица, подозревая, что увоз царя преследует какие-то политические цели, решила поехать с ним, оставив сына на попечение трех его сестер.
В два часа утра внутренний двор губернаторского дома был заполнен лошадьми, которых запрягали, санями, и солдатами, суетившимися с багажом. В половине четвертого царь, царица и их дочь Мария вышли, одетые в меховые шубы, что бы занять места в санях. Царица хотела сесть вместе с мужем, но Яковлев не разрешил. Он настаивал, чтобы Николай сидел непосредственно с ним, а царицу и ее дочь посадил в другие сани. Все время Яковлев вел себя с большим уважением к царю, чем другие комиссары из тех, которых Романовы видели.
Один из сопровождавших царя позднее вспоминал: «Он не только хорошо относился к императору, он был полон внимания и доброты. Когда он увидел, что царь на сильном морозе был одет только в шинель, он воскликнул: «Как! Вы одеты только в шинель?» «Я всегда ношу только шинель», — ответил царь. «Но это не имеет сейчас никакого значения», — ответил Яковлев, и приказал, чтобы его солдаты принесли шубу и постелили ее на скамье в санях». Когда царь занял свое место, Яковлев приветствовал его.
Ехать нужно было до Тюмени, ближайшей железнодорожной станции. Это была тяжелая 24-часовая поездка, почти без остановок и по подтаявшему снегу. Несколько раз менялись лошади, Яковлев двигался так, как будто за ним гнался дьявол. Он действительно имел врага, того самого руководителя из Екатеринбурга, которого он разозлил; не контролируя Яковлева в пути, он становился все более и более подозрительным к его действиям.
В Тюмени его ждал специальный поезд, под парами, готовый ехать. После того, как Яковлев посадил Романовых в поезд, он пошел на телеграф. Он считал, что его перемещение должно быть секретным, и возил с собой собственного телеграфиста. Мы не знаем, с кем он разговаривал, но, можно предположить, что он разговаривал с большевистским руководством в Москве и рассказал об угрозе из Екатеринбурга. Яковлев разговаривал несколько часов, и когда он вернулся на станцию, объявил о намерении ехать в Москву, но не через Екатеринбург, а через Омск. Это требовало отклонения от намеченного маршрута на 500 миль, а затем нужно было свернуть к линии, которая проходила к югу от Екатеринбурга.