Сначала войска 3-го и 2-го Белорусских фронтов должны были согласованными концентрическими ударами отсечь восточнопрусскую группировку врага от его основных сил и прижать к морю.
Затем войска 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов должны были окружить вражеские войска и уничтожить их по частям. При этом из 3-го Белорусского в 1-й Прибалтийский фронт, а из 2-го Белорусского в 3-й Белорусский передавалась часть войск. Ставка посылала на эти фронты дополнительные войсковые усиления из своего резерва. Предполагалось, что в ходе операции 2-й Белорусский фронт в тесном взаимодействии с 1-м Белорусским будет перенацелен для действий на основном направлении - через Восточную Померанию на Штеттин. В соответствии с произведенными Генеральным штабом расчетами, операция должна была начаться в середине января 1945 года.
12 ноября 1944 года Г. К. Жукова назначили командующим 1-м Белорусским фронтом, К. К. Рокоссовского - 2-м Белорусским. Руководство операциями всех Белорусских фронтов, а следовательно, руководство подготовкой и проведением Восточно-прусской операции перешло непосредственно к Верховному Главнокомандующему. Поэтому командующие войсками фронтов для согласования принятого Ставкой плана операций вызывались непосредственно к Верховному. Мне не пришлось быть участником этих встреч, так как я находился в Прибалтике. О ходе подготовки операции и руководстве фронтами со стороны Ставки рассказывают следующие директивы командующим. Директивой командующему 3-м Белорусским фронтом от 3 декабря приказывалось: провести наступательную операцию с целью разгрома тильзитско-инстербургской группировки противника и через 10-12 дней овладеть рубежом Немониен, Жаргиллен, Норкиттен, Даркемен, Голдап. Затем, прочно обеспечивая главную группировку фронта с юга, развивать наступление на Кенигсберг по обоим берегам реки Прегель, имея главные силы на ее южном берегу.
Главный удар силами четырех общевойсковых армий и двух танковых корпусов фронт, согласно директиве, должен был нанести из района севернее Шталлупенен, Гумбиннен в общем направлении на Маллвишкен, Ауловенен, Велау.
Во втором эшелоне фронт должен иметь одну армию (2-ю гвардейскую) с танковым корпусом и использовать ее после прорыва для наращивания удара на главном направлении.
Действия главной группировки войск Ставка предписывала обеспечить с севера со стороны Немана - обороной одного стрелкового корпуса 39-й армии и наступлением ее главных сил в направлении Тильзит; с юга - обороной 28-й армии южнее Вальтеркемен и наступлением части ее сил из-за левого фланга участка прорыва в общем направлении на Даркемен. 31-я армия должна была прочно оборонять занимаемый ею фронт к югу от Голдап. Танковые корпуса приказывалось использовать для развития успеха после про рыва на главном направлении.
Командующий 2-м Белорусским фронтом директивой Ставки от 28 ноября обязывался подготовить и провести операцию по разгрому пшаснышско-млавской группировки противника и не позднее 10-11 дня наступления овладеть рубежами Мышинец - Вилленберг - М. Бежунь - Плоцк, в дальнейшем наступать в направлении на Ново-Място, Мариенбург. Главный удар наносили 3 общевойсковые, 1 танковая армии и 3 корпуса от Ружан через Млаву в направлении на Лидзбарк; во втором эшелоне фронта находилась одна армия, которая вводилась после прорыва с ружанского плацдарма. Она должна была свернуть оборону противника перед правым крылом фронта и обезопасить главную группировку от удара врага с севера. Второй удар 2 общевойсковые армии и 1 танковый корпус наносили южнее с сероцкого плацдарма, в направлении на Плоньск и Бельск. Кроме того, содействуя 1-му Белорусскому фронту в разгроме варшавской группировки противника, часть сил левого крыла 2-го Белорусского фронта должна была наступать в обход Модлина с запада, чтобы не допустить отхода варшавской группировки на Вислу, и форсировать Вислу западнее Модлина. Краснознаменному Балтийскому флоту (командующий адмирал В. Ф. Трибуц, член военного совета вице-адмирал Н. К. Смирнов, начальник штаба контр-адмирал А. Н. Петров) Ставка приказывала всемерно содействовать войскам фронтов, наступавшим вдоль морского побережья.