Протест князей церкви был удовлетворен римской курией. Папа заставил «Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии» признать, по примеру прежних меченосцев, свою ленную зависимость от рижского архиепископа. Более того! В соответствии с установившейся со времен меченосцев традицией, рижский архиепископ отныне получал две трети, а орден Девы Марии лишь треть покоренных земель – впрочем, это касалось лишь завоеваний в собственно Ливонии (территории, населенной племенами ливов, а также латгалов и леттов – предков современных латышей) и Земгалии (Семигалии). В Курляндии (населенной языческим племенем куронов, или куршей) епископ имел право претендовать на треть, а Тевтонский орден – на две трети завоеванных земель (как в Пруссии).
Взаимные претензии между церковными и орденскими властями в этом и других вопросах послужили основной причиной длительных и многочисленных конфликтов между христианами в Прибалтийском крае, вылившихся, в конце концов, в форменную «войну всех против всех» и полное отсутствие внутриполитической стабильности в данном регионе, что ослабляло его перед лицом внешней угрозы. В ходе христианизации и освоения прибалтийских земель к XVI в. на территории будущих Эстляндской, Курляндской и Лифляндской губерний Российской империи сложился целый ряд вполне самостоятельных духовных княжеств:
1) архиепископство Рижское,
2) епископство Дерптское (Дерпт=Юрьев=Тарту),
3) епископство Эзель-Викское (Эзель=остров Сааремаа),
4) епископство Курляндско-Пильтенское,
которым фактические противостоял Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии. Каждое из этих феодальных мини-государств имело свои знамена, печати и эмблемы. Самым обширным из государственных образований в Ливонии (как обычно обобщенно именовалась вся Восточная Прибалтика) был местный филиал Тевтонского орденского государства, пользовавшийся наибольшей самостоятельностью и наибольшим влиянием во всем Балтийском крае.
Если во времена ордена меченосцев носителем высшей власти на христианизированных прибалтийских землях считался Рижский епископ, то после включения остатков этого ордена в состав тевтонского орденского государства положение кардинальным образом изменилось. В 1226 году тевтонский Верховный магистр Герман фон Зальца получил от римско-германского императора Фридриха II Гогенштауфена грамоту на владение
Пруссией (еще не завоеванной) и «всех других земель, которые ордену удастся, с Божьей помощью, завоевать». А в 1234 г. папа римский Григорий IX официально взял все владения Тевтонского ордена под защиту папского престола. Вероятно, имелись в виду орденские владения «тевтонов» в Пруссии.
Но после распространения власти Тевтонского ордена на бывшие владения меченосцев в Ливонии, Верховные магистры «тевтонов» стали истолковывать содержание папской грамоты «расширительно», утверждая, что и орденские земли в Ливонии также попадают под юрисдикцию папских грамот. Рижская епископская кафедра, разумеется, никак не могла согласиться с подобным «расширительным» толкованием и вступила с орденом в ожесточенную борьбу, бомбардируя Рим непрерывными жалобами на дерзость, наглость и самоуправство тевтонских рыцарей. В этой борьбе папский престол старался лавировать, не принимая однозначно сторону ни того, ни другого жалобщика.
В 1245 г. рижский (упорно именовавший себя на печатях и в документах «ливонским»!) архиепископ был возведен папой в сан «Архиепископа Ливонского, Эстонского и Прусского» (а в 1255 г. дополнительно утвержден папой в сане Архиепископа Рижского). Но это «повышение» нисколько не снизило накала борьбы за лидерство в регионе. В 1347 г. Дом Святой Марии Тевтонской в Ливонии был – папской буллой! – освобожден от всякой ленной зависимости от рижского архиепископа. А с конца XIV в. он – параллельно с общим усилением Тевтонского ордена, достигшего пика своего могущества в Пруссии и Прибалтике – стал фактически хозяином и вершителем судеб всего Прибалтийского края (хотя рижская кафедра, по старой памяти, еще долго оказывала сопротивление непомерно возраставшему могуществу «тевтонов»). Со временем руководство ордена Девы Марии в Ливонии добилось положения, при котором даже епископы в соседние (не орденские!) епархии назначались только из числа тевтонских «братьев-священников» (это называлось «инкорпорацией»).
В соответствии с Уставом Тевтонского ордена, «братьям-рыцарям» запрещались всякая личная переписка и использование личных (родовых) печатей. Однако должностные печати в ордене существовали. Они являлись символом полноты власти члена Тевтонского ордена, вступившего в должность. При получении подобной печати орденский рыцарь наделялся полномочиями в полном объеме, безо всяких ограничений. Если же комтур, фогт или иное орденский чиновник не получало соответствующей печати (как знака отличия его должности), это означало, что он был ограничен в своих правах должностного лица (например, не мог самочинно продавать или отдавать в залог орденскую собственность, и т.п.).